Монгол бийлигинин таасири
Чингиз хан армиясынын бардык кыянаттуу ордолору Фергана өрөөнүндө жана Чыгыш («киргиз») Приферганьда терс роль ойноду. XIII кылымдын башында алардын кол салуусунан кийин шаарлардын жана айылдардын саны кыйла кыскарды. Эгер араб тилдүү авторлор IX—XII кылымдарда бул жерде 40 фергана шаарын (анын ичинде Ош) жана жамааттык мечиттери бар ири айылдарды эсептешсе, XV кылымда булактарда ондон аз шаарлар гана аталат. Өндүрүш күчтөрү төмөндөгөн. Бирок, Ошко келсек, шаар толугу менен талкаланган эмес, анткени анда кээде маалыматтар кездешет. Ошентсе да, монгол бийлиги учурунда Оштун тарыхы дээрлик белгисиз. Бизге болгону бөлөк-бөлөк, кылымдардын отунда күйгөн, тарыхтын беттеринен алынган маалыматтар жетти.
XIII кылымдын экинчи жарымынан тартып Ош аймагы (бардык Фергана сыяктуу) Чагатай улусунун чыгыш бөлүгүнө кирген, андан кийин эки кылымга жакын анын династиясына таандык болгон. Ош жана Узгендеги монета чыгаруучу жайлар Чагатайлар учурунда (687 х. — 1288 ж. оштук чекан) жана Тимурдун жана Тимуриддердин башкаруусунда эпизоддук түрдө иштеп турган, XIII кылымдан калган археологиялык табылгалар Ошто өтө аз. Алгачкы орунга мусулман «святые» деп аталгандардын жерге коюлушу тууралуу маалыматтар чыгат. Кайрактардагы эпитафиялардан көрүнүп тургандай, Орто кылымдарда Оштуктар «ал Уши» («ал Оши») деп аталган нисбу — ысым менен белгиленишкен. Бул Ош шаарынын мурдагы маанилүүлүгүнүн бир жаңырыгы.
XIV кылымдын ортосундагы ирандык акын Шаме ад-дин Фахри Исфахани өзүнүн «Майиор-и Джамали» («Джамилов эталон») аттуу түшүндүрмө сөздүгүндө Ош шаарын айылдарга киргизет («Уш — айыл...»), бул болсо монгол-татар кол салуусунан кийин Ошто шаардык жашоонун төмөндөп кеткенинин түз күбөсү болуп саналат.