Ортолук Азиядагы абал. XVI кылымдын башында феодалдык бөлүнүү Оң Түркестанда гана эмес, Ортолук Азияда дагы күчөдү. Шейбани-хандын өлүмүнөн кийин Узбек хандыгы экиге бөлүндү - Бухара жана Хива хандыктарына. Кийинчерээк бул процесс башка феодалдык менчиктерди да камтыды. Бөлүнүп, алсызданган Ортолук Азия жана Оң Түркестан мамлекеттери өз чектерине коргоо жүргүзө албай калды, бул коңшулардын чабуул коркунучун күчөттү.
Башка кочкул элдер сыяктуу эле, кыргыздардын материалдык жана аскердик-экономикалык ресурстары аз эле, бирок экономика жана маданиятта байкалаарлык жакшыртуулар болду. Албетте, бул кыргыздардын хандык түзүлүшү түзүлгөнгө чейин өз алдынча мамлекеттүүлүккө ээ болгондугуна байланыштуу.
Кыргыз коомунда бул мезгилде феодализация процесси активдүү жүрүп жатты. Саясий активдүүлүк, уруулар аристократиясынын - бийлердин экономикалык күчү өстү. Эл массаларын эксплуатациялоо күчөдү, алар феодалдарга көз каранды болуп, баш ийип жатышты. Патриархалдык-феодалдык мамилелер үстөмдүк кылган шартта, кыргыздардагы бул көз карандылык, Батыш Европа өлкөлөрүнөн айырмаланып, өзгөчө формага ээ болду.
Кыргыздардын Тянь-Шандагы саясий ролу да активдешти. Чингиз-хандын урпактарына - чингизиддерге гана бийлик өткөрүлүп келген мыйзамдын күчү жоюлду. Эми кыргыздар өз элдеринен эмирлерди такка отургузууга мүмкүнчүлүк алышты. XVI кылымдын башында алар өздөрүнүн башкаруучусу Мухаммед Кыргыз деп жарыялашты.
Эгемендүүлүк үчүн күрөш. Мухаммед Кыргызстанды могол хандарынын бийлигинен толук бошотуу үчүн күрөш баштады. Моголистандагы үстөмдүк үчүн талапкерлер ортосундагы чыр-чатактар күчөгөндөн пайдаланып, Мухаммед Оң Түркестандын иштерине активдүү аралашты. Ал алардын бири - Султан-Саидди колдоду. 1514-жылы Султан-Саид Мухаммеддин аскердик күчтөрүнүн чоң жардамында Кашгар, Яркенд жана Хотан шаарларын басып алды. Кыска убакыттын ичинде анын бийлиги Оң Түркестандын бардык аймагына жайылды, ал эми анын менчиктеринин чектери Кучу-Ак-Суу жеринен Куэн-Лунь жана Нань-Шань тоолорунун этегине чейин жетти, Кытай менен чектешти.
Бирок жакында эле ковардуу Моголистандын башкаруучусу өзүнүн мурунку союздаштарына - кыргыздарга каршы аскерлерин жөнөттү. Алардын бай жайыттарга ээ болгон жерлери анын үчүн таттуу кусак болду. 1517-жылы Султан-Саид кыргыздарды исламга болгон урматсыздыкта жана мусулмандар шаарларын тоноодо айыптап, союздук келишимди бузуп, күчтүү армиясы менен күтүүсүздөн кыргыздардын жерлерине басып кирди.
Мухаммеддин туткундашы. Мухаммед шашылыш түрдө аскерлерин чогултуп, Иссык-Кулдун жээгинде, Барскоон жергесинде, анын штабы турган жерде мурунку союздашын тосуп алды. Анын курал-жарагы жана уюшкандыгы моголдорго тең эле, бирок душман саны боюнча артыкчылыкка ээ болчу. Мухаммед казактар менен могол хандарына каршы биргелешип күрөшүү боюнча сүйлөшүүгө аракет кылды, бирок бул аракет ийгиликсиз болду.
Кыргыздар жоокерлеринин жеңилишин баштан кечиришти. Аскердин бир бөлүгү туткунга түшүп, экинчи бөлүгү артка чегинип кетти. Мухаммедди кармап, Кашгар зинданына отургузушту.
Могол ханы бул жеңиш анын Кыргызстанда тынчтыкта башкаруусуна мүмкүндүк берет деп ишенген, бирок жашоо өз жолунан кетти. Хандык наместниктин бийлиги бекем эмес эле. Кыргыздар, жеңилгенине карабастан, түзүлгөн абалга көнгүсү келген жок. Алар моголдорго сокку берүү үчүн казактар менен аскердик союз түзүүгө бардык күч-аракеттерин жумшады. Ошондо Моголистандын башкаруучусу Мухаммедди өз пландарын ишке ашыруу үчүн пайдаланууга чечим кабыл алды. 1522-жылы Султан-Саид аны зиндандан бошотуп, макулдугун алып, Кыргызстандан хандык наместник катары жиберди. Анын менен Тянь-Шанга уулу Рашидди жиберди, ал жерде чыныгы башкаруучу болушу керек эле. Ошол эле учурда Султан-Саид Кыргызстандан могол феодалдарынын чоң тобун көчүрдү: алар Рашидди коргош керек жана моголдордун аскердик бөлүктөрүнүн өзөгүн түзүшү керек эле.
Бардыгы пландагыдай болуп жаткандай көрүндү. Кыргыздардын оң жана сол канатындагы бардык уруулар Мухаммеддин бийлигин таанышты. Бирок чындыгында Мухаммед Рашиддин буйруктарын аткарган жок. Ал жашыруун казактар жана өзбектер менен жакындашуу жолдорун издеп, Рашидди кууп чыгаруу, моголдордун бийлигинен кутулуу максатын көздөдү.
1524-жылы Мухаммед казак султаны Тахир менен союз түздү. Бирок чечүүчү учур келгенде султан Тахир Мухаммедге колдоо көрсөтпөдү. Могол ханы кыргыздар менен казактардын ортосундагы сүйлөшүүлөрдү билди. Мухаммедди кайрадан кармап, Кашгарга жөнөтүштү, ал жерде ал 1533-жылы Султан-Саиддын өлүмүнө чейин зиндандын ичинде отурду.
Султан-Саид Мухаммедди кармап алгандан кийин, кыргыздар Рашиддин бийлигин толугу менен таанууну токтотушту жана Семиречье казактары менен бекем аскердик-саясий союз түзүштү. 1525-жылы могол ханы Рашиддин абалын бекемдеш үчүн Кыргызстанга аскерлерин киргизүүгө мажбур болду.
Кыргыз-казак союз. Хандын негизги аскерлери Кашгарга кайра кеткенде, кыргыздар моголдордун бийлигине каршы кайрадан көтөрүлүштү. Казак султаны Тахирдин аскерлери бул жолу кыргыздарга чоң колдоо көрсөтүштү. 1526-жылы Рашид өзүнүн кеңешчилери жана аскерлери менен Кыргызстандан качууга мажбур болду. Ага жардамга жөнөтүлгөн хандык аскерлер Ат-Башыга жетишти, бирок кыргыздар менен казактардын бириккен күчтөрү менен беттешүүгө батынган жок. Кыргыздар менен кетүүнү каалагандарды Ат-Башыда калтырышты, ал эми өздөрү Кыргызстандан чыгып кетишти. Бош кол кетпеш үчүн, алар кыргыз урууларына таандык 100 миң койду алып кетишти, ошондуктан бул жортуул эл арасында "кой жортуул" деп аталган.
1527-жылы кыргыздар Оң Түркестанга чабуул жасап, моголдордон көп сандагы ат табундарын уурдап кетишти. Султан-Саид бунтарларды жеңе албай, кыргыздарды толук баш ийгизе алган жок.
Моголистанда Султан-Саиддын уулу Рашид (1533—1565) бийлик кылганда, могол феодалдарынын кыргыз жерлерине болгон чабуулдары күчөдү. Моголдор Оң Түркестандагы таасирин сактап, Мавераннахрдын өзбек хандарынан чоң жардам алышты. Ошондуктан кыргыздарга жана казактарга каршы жортуулдарда Рашид-хан көп сандагы аскердик бөлүктөрдү колдонуп, бул анын каршылаштарынын эгемендүүлүгүнө олуттуу коркунуч туудурду.
1537-жылы кыргыздар менен казактар Рашид-хан менен өзбектердин бириккен күчтөрүнө каршы чоң жоокердик кармашка киришти. Анда кыргыздар менен казактар чоң жоготууларга учурашты: көптөгөн кыргыз жоокерлери өлтүрүлдү, Тугум-хандын жетекчилигиндеги казак отряды толугу менен жок болду. Булактарга ылайык, бул кармашта 30 казак султаны өлдү.
Бирок бул Рашид-хандын убактылуу жеңиши эле. Кыргыздар казак ханы Хакк-Назарды өз башкаруучусу катары тааныштырып, моголдорго алардын бийлигин тааный турган ниетте эместигин жана каршылык көрсөтүүнү уланта тургандыгын билдиришти. Рашид-хандын уулу Абд ал-Латиф кыргыздарга каршы бир нече аскердик жортуулдарды жүргүздү. Бир кармашта ал өлтүрүлдү. Кыргыздар менен казактар моголдорго үстөмдүк кылышты.
Бирок жакында кыргыздар менен казактардын ортосунда чыр-чатактар башталды, алардын союзу бузулуп кетти. Түзүлгөн жагымдуу абалды Рашид-хан чеберчилик менен пайдаланды: чоң аскерди чогултуп, кыргыздар менен казактардын күчтөрүнө кол салып, аларды талкалады. Кармашта Хакк-Назар өлдү.
Ошентип, кылымдын ортосунда кыргыз-казак союзунун кулашы болду. Моголдордун күчтүү соккусуна туруштук бере албаган казактар Или жана Сары-Дарья дарыяларына чегинип кетишти. Кыргыздар Тянь-Шанда калып, күрөштү улантышты. Моголдук башкаруучулар аларды баш ийгизе алган жок - кыргыздар өз эгемендүүлүгүн коргоп калышты.