Коканд хандыгынын убагында Кыргызстандын жер астындагы байлыктары жакшы белгилүү болгон. Жергиликтүү таш көмүр, әк таш, темир рудасы ж. б. казылып алынган. Бирок Кыргызстандагы пайдалы казындалар тууралуу так маалыматтар колониялык мезгилде пайда болгон. XIX кылымдын 90-жылдарынын башында Кыргызстандын түштүгүндө көмүр жана нефть кендерин изилдөө жана иштетүү башталган. 1898-жылдан тартып Кызыл-Кийде — Кыргызстандагы кен казуу өнөр жайынын мекенинде — таш көмүр катмарлары иштелип чыккан. Көмүр жана нефть кендери башка аймактарда да табылган, алардын жай-жайдан иштетилиши башталган. Ошол эле учурда маанилүү өндүрүш күчтөрүнүн жоктугу, оор эмгек шарттары, аз төлөмдөр бул тармактын кеңири өнүгүшүнө тоскоолдук кылган.
1890-жылдардан тартып Россиянын жана эл аралык капиталдын үчүн Туркестан, анын бай сырьё жана адам ресурстары менен капитал салуу объектиси катары чоң кызыгууну жараткан. Бирок чет элдик капиталдын Кыргызстан экономикасына кирүүсү Россия тарабынан тыюу салынган. XIX кылымдын 90-жылдарында өнөр жай объектилерин куруу үчүн жер тилкелерин сатып алуу боюнча бир катар өтүнүчтөр четке кагылган. Бирок айрым коомдор жергиликтүү бийликтердин жардамы менен Туркестанда орун ала алышкан. 1900-жылы Бельгияда түзүлгөн "Назаров жана К" Туркестан өнөр жайынын анонимдүү коомдоруна, Туркестан аймагында металл эритүү заводуна, ошондой эле алтын, медь, темир рудасы, таш көмүр жана башка пайдалы казындаларды изилдөө жана иштетүү үчүн финансылык министрликтен уруксат алган. Коомдун негизги капиталы 1,5 млн франк деп белгиленген, 500 франктан 3 миң акцияга бөлүнгөн.
XX кылымдын башында аймакта, өзгөчө Фергана облусунда, жер иштетүүчү жана калк жашаган жерлерде орун алган маанилүү пайдалы казындалар жана нефть кендери табылган. Бул кендер табылган жерлерди ээлеген калк жашаган жерлерди алуу боюнча тиешелүү мыйзамдын жоктугунан, алардын иштетилиши кыйынчылыктарга учураган. Соода жана өнөр жай министрлиги бул маселени мыйзамдык чечүү боюнча өтүнүч берген, бирок жыйынтыксыз калган.