1992-жылдын 29-майында Кыргыз Республикасынын Президентинин жардыгы менен Кыргызстандын юрисдикциясына СССРдин Куралдуу Күчтөрүнүн бөлүктөрү жана бөлүктөрү алынып, улуттук куралдуу күчтөрдү түзүү жөнүндө жарыяланды. Өзүнүн Куралдуу Күчтөрүн түзүүгө түрткү берген нерсе, Кыргызстандын аскердик коопсуздугуна коркунуч жаратуучу негативдүү аскердик-саясий абалдын өнүгүү перспективалары эмес, КМШ өлкөлөрүнүн коопсуздугун камсыздоо келишими боюнча Кыргыз Республикасынын милдеттенмелери болду. Башында алар мамлекеттүүлүктүн милдеттүү атрибуту катары гана кабыл алынган, бул бир нече себептер менен түшүндүрүлөт.
Биринчи, Кыргызстан, көз карандысыз мамлекет болуп, институтционалдык курулуштун зарылдыгы менен бетме-бет келди.
Экинчи, мурдагы экономикалык байланыштардын үзүлүшү өлкөдө терең экономикалык кризиске алып келди, бул калктын жашоо деңгээлин кескин төмөндөтүп, социалдык-экономикалык туруктуулукту камсыздоо милдеттерин биринчи планга чыгарды.
Үчүнчү, Борбордук Азия бирдиктүү экономикалык жана саясий мейкиндик катары кабыл алынууда.
Төртүнчү, СССРдин курамындагы көп жылдык саясий жана экономикалык бирдиктүүлүк чектеш мамлекеттерден аскердик коркунучтарды жокко чыгарды.
Бешинчи, өлкөнүн жетекчилиги аскердик тармакты башкаруу жана жетекчилик тажрыйбасына ээ болгон жок.
Алтынчы, коопсуздук келишиминин түзүлүшү, коопсуздукту камсыздоо системалары аркылуу өзүнүн аскердик коопсуздугун камсыздоо мүмкүнчүлүгү бар экенине ишеним берди. 1994-жылдагы аскердик-борбордук концепцияда: «Кыргыз Республикасы, анын коопсуздугу башка мамлекеттердин коопсуздугунан бөлүнгүс экенин эсептейт. Кыргыз Республикасынын жана Содружествонун жалпы коопсуздугуна эң эффективдүү коргонуу мамлекеттердин биргелешкен аракеттери менен камсыздалат» деп айтылат.
Бул шарттарда өлкөнүн жетекчилигинин институтционализация жана социалдык-экономикалык туруктуулукту камсыздоо боюнча артыкчылыктуу багыттарды тандоосу бир чети негиздүү болду.
Куралдуу Күчтөр 18,5 миңден 12 миңге кыскартылды. Бирок, алардын каржылануы бузулуп жаткан экономика үчүн оор экономикалык жүк болуп калды. Өлкөнүн президенти А. Акаевдин оозунан Кыргызстан куралдуу күчтөрсүз эле жашай алаары тууралуу билдирүү угулду.
Аскердик коопсуздук жаатында жалпы жыргалчылык абалында аскерлер өз кызыкчылыктарын коргоого жана саясатчылар менен конфликтке барууга аракет кылышкан жок. Кээ бир учурларда алар коргонуу потенциалын кыскартууга да көмөктөшүштү. Мисалы, эки эскадрилья эң боепсөздүк жоокерлер мыйзамсыз Россияга жөнөтүлдү.
Кошуна Тажикстанда башталган конфликт Куралдуу Күчтөрдөн баш тартуу мүмкүнчүлүгү тууралуу түшүнүктөрдү жок кылды. Потенциалдуу аскердик коркунучтун пайда болушу аскерлердин аскердик коопсуздукту камсыздоо боюнча аракеттерин стимулдаштырды. Башкы штаб Тажикстандагы куралдуу конфликттин өнүгүшү Кыргызстанга куралдуу формированиелердин киришине алып келиши мүмкүн экенин эсептеди, ал эми Тажикстандагы конфликтте бир тараптын жеңиши болсо, жеңилген тараптар жеңилүүгө көнбөй, Тажикстандан тышкары баш калка издөөгө аракет кылышат. Бул учурда, Кытай четтетилди, анткени, бир жагынан, ал дагы эле душмандык мамиле кылган мамлекет катары эсептелинсе, экинчи жагынан, кытай бийликтери Синьцзян-Уйгур автономдуу районунда дагы бир дестабилизациялоочу факторду киргизүүгө жол бербейт. Өзбекстан Тажикстан менен күчөп жаткан карама-каршылыктардан улам чек арасын толугу менен жапты. Афганистан ички согуштун кесепетинен каалаган баш калка болбой калды. Эң ыңгайлуу аймактар Кыргызстаннын түштүк тоолорунда калды, алар күрөшүүнү улантууга плацдарм боло алат. Кийинки окуялар бул божомолдорду тастыктады.
Өзүнүн күчтөрүнүн жана каражаттарынын жетишсиздигин эске алып, Башкы штаб коргонууга даярдык көрүү максатында башка күч структураларын, айрым жарандык уюмдарды, ошондой эле облустук администрацияларды тартууну сунуштады. Аскерлердин демилгеси саясий жетекчиликтин колдоосун тапты. 1994-жылдын майында Ош шаарында жана Ош облусунун Чон-Алай районунда Коргоо, Улуттук коопсуздук, Ички иштер, Экология жана Чукул кырдаалдар министрликтеринин биринчи биргелешкен машыгуулары өттү, улуттук авиакомпания «Аба Жолдору» жана облустук администрация тартылды. Машыгууларда мамлекеттик чек араны коргоо, куралдуу формированиелерди нейтрализациялоо, качкындарды кабыл алуу жана жайгаштыруу боюнча биргелешкен аракеттер иштелип чыкты.
Эки жыл бою өткөрүлгөн биргелешкен машыгуулар жарандык бийлик менен күч структураларынын ортосундагы өз ара аракеттешүүнү уюштурууга жана практикалык жактан иштеп чыгууга мүмкүндүк берди. Тийиштүү аракеттер планы иштелип чыгып, бекитилди. Бул кийин 1999 жана 2000-жылдардагы мыйзамсыз куралдуу формированиелерди нейтрализациялоодо өз ролун ойноду.
Кечиримсиз, 1995-жылы генерал И. Исаковдун Башкы штабдын жетекчилигинен кетиши менен күч структураларынын ортосундагы өз ара аракеттешүүнү жакшыртуу боюнча иштер токтоп гана калбастан, башкаруу органдарынын жана аскерлердин өз милдеттерин аткарууга даярдыгы да токтоду. Мындай абалдын негизги себептеринин бири финансылык жетишсиздик болду. Бирок, чечүүчү роль жеке факторго, биринчи кезекте Башкы штабдын жаңы жетекчиси Э. Топоевдин профессионалдык сапаттарына жана практикалык көндүмдөрүнүн деңгээлине таандык болду. Мисалы, бөлүктөрдү жана бөлүктөрдү күтүүсүз текшерүү өткөрүү чоң финансылык чыгымдарды талап кылган жок. Ал убакта башкаруу органдары жана аскерлер үчүн бир нече жеткиликтүү окутуу формаларынын бири болгон күтүүсүз текшерүүлөр Башкы штабдын жетекчисинин көңүлүнөн четте калды, алардын өткөрүү пландары системалуу түрдө аткарылган жок. Окутуу процессине да ушундай мамиле байкалган. 1996-жылдын жазында мотострелковая бригада менен беш күндүк командалык-штабдык машыгуу өткөрүү пландалган, бирок ал бир күндүн ичинде тактикалык класста өткөрүлдү.
Машыгуу өткөрүү планы, Башкы штабдын оперативдик башкаруу начальниги В. Дьяур тарабынан иштелип чыккан, 1999 жана 2000-жылдары Исламдык кыймылдын мыйзамсыз куралдуу формированиелери менен күрөшүү боюнча маселелерди иштеп чыгуу каралган.
Ошол эле учурда тажик конфликттери мамлекеттик чек арадан өтпөй калды. Ошол эле учурда Кытай менен чек арадагы эң күчтүү аскердик кошуналар менен чек ара чырларын жөнгө салуу иштери жүргүзүлдү.
1996-жылы Кыргыз Республикасы менен Кытай Эл Республикасы арасында кыргыз-кытай мамлекеттик чек арасы боюнча эки тараптуу келишимге кол коюлду, чек аранын бойунда 100 чакырымдык «ишеним зонасы» түзүлдү. 1997-жылы «Шанхай бештиги» мамлекеттеринин куралдарды өз ара кыскартуу боюнча беш тараптуу келишимге кол коюлду. 1998-жылы алардын ортосунда экономикалык кызматташтыкты активдештирүү процесси башталды.
Мунун бардыгы саясатчылар арасында пацифисттик маанайлардын жаңы жанданышын жаратты. Ошол эле учурда өлкө ичинде социалдык-экономикалык чыңалуу күч алды. Коргоо министрлигинин бюджети туруктуу түрдө кыскарып жатты: 1995-жылы ИДПнын 0,68%ынан 1998-жылы 0,5%га чейин төмөндөгөн.
Доллар менен эсептегенде, бюджет төрт жылда 22,5%га кыскарды. Коргоо министрлигинин суроолору 50%дан азыраак канааттандырылды. 1998-жылы бул көрсөткүч 30%дан аз болду. 1998-жылдын 28-июлунда Кыргыз Республикасынын Коопсуздук Кеңешинин жыйынында аскердик реформаны даярдоо жана өткөрүү маселелери талкууланды. Аскердик курулуштун негизги максаты мамлекеттин аскердик уюмдарын жаңы саясий система жана экономика, аскердик-саясий абал, заманбап куралдуу күрөштүн мүнөзүнө ылайык келтирүү деп жарыяланды. Коргоо тармагындагы реформалар үч кесилишкен багытта жүргүзүлүшү пландалган: аскердик курулуштун саясий негиздерин жакшыртуу; аскердик-экономикалык ишмердик; куралдуу күчтөрдү реформалоо. Компакттуу жана мобилдүү армия түзүүгө басым жасалды.
Бирок, аскердик реформаны өткөрүү боюнча мамлекеттик программа экономикалык негиздемесиз пландалган, зарыл ресурстар менен камсыздалган жок. Ошондой эле, региондо дезинтеграциялык процесстер үстөмдүк кылып жаткандыгы эске алынган жок. Бул автоматтык түрдө аскердик-саясий чыңалууга алып келди. Аскерлердин потенциалдык аскердик коркунучтардын өсүшү, КМШ жана ЦАЭС чегинде коопсуздукту камсыздоо келишимдерин ишке ашыруу механизмдеринин жоктугу боюнча эскертүүлөрү эске алынган жок.
Натыйжада аскердик реформа башкаруу органдарынын, бөлүктөрдүн жана Коргоо министрлигинин бөлүктөрүнүн структуралык реформасына айланды. Аскердик же аскердик-саясий доктрина иштелип чыккан жок, коргонуу жана коопсуздук системасын башкаруу жана башкаруу системасы иштелип чыккан жок, милдеттер такталган жок, күч структураларынын функциялары такталган жок. Коргоо жана коопсуздук системасы бир бүтүн организм болуп, өз алдынча турган милдеттерди чечүүгө жөндөмдүү боло алган жок.
1998-жылы аскердик-экономикалык потенциалды, Кыргыз Республикасынын Куралдуу Күчтөрүнүн жана калкынын тынч жана аскердик убакта муктаждыктарын максималдуу түрдө камсыздоого багытталган прогрессивдүү мамлекеттик өндүрүш-уюштуруу структурасын түзүү максатында Кыргыз Республикасынын 2005-жылга чейинки Аскердик-экономикалык концепциясы иштелип чыкты. Коргоо экономикалык негиздерин реформалоодо мамлекеттин куралдуу конфликттердеги аскердик муктаждыктарын аныктоо жана бардык коргонуу иш-чараларын финансылык жактан кепилдөө негизги артыкчылыктар катары белгиленди. Бирок, бул коргоо маселелерине болгон мамилени өзгөртпөдү. Улуттук статистика комитетинин маалыматы боюнча, коргоого болгон чыгымдар 1997-жылга салыштырмалуу ИДПга карата 0,14%га кыскарды, ал эми абсолюттук цифралар 1996-жылдагы деңгээлден төмөн түштү.
Аскердик саясат Кыргыз Республикасынын саясий элитасынын негизги кызыкчылыктарынан тышкары кала берди. Натыйжада, мамлекеттин аскердик уюму улуттук коргоонун минималдуу муктаждыктарына да жооп бербеди. Бул 1999-2000-жылдардагы Баткен кризисинде ачык көрүнүп калды.