1999-жылы Исламдык кыймылдын Өзбекстандагы мыйзамсыз куралдуу түзүмдөрүнүн өлкөнүн түштүгүнө кириши, жергиликтүү бийликтердин эскертүүлөрүнө карабастан, өлкөнүн саясий жетекчилиги үчүн гана эмес, аскердик жетекчилик үчүн да күтүүсүз болду. Куралдуу күчтөр мыйзамсыз куралдуу түзүмдөргө каршы күрөшүүгө даяр эмес болчу. Бул билдирүүнүн бир далили катары куралдуу топтор тарабынан бир нече жогорку деңгээлдеги күч структураларынын өкүлдөрүнүн колго түшүрүлүшү болду. Жаңы кырдаалдын негизги себептери болуп төмөнкүлөр саналат:
• «Коргоо жөнүндө» мыйзамды аткарбоо, анда аскердик коркунучту болжолдоо жана баалоо, куралдуу күчтөрдү даярдоо жана зарыл даярдыкта кармоо, мамлекеттик бийлик органдарынын, жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын коргоо чөйрөсүндөгү ишмердүүлүгүн координациялоо талап кылынат;
• чыгыштын ишинде кемчиликтер. Аскердик чалгынчылар тарабынан 1996-жылдан бери куралдуу топтордун Тажикстан менен чектеш аймактарды «жашап» жатканы жана 1998-жылдын сентябрь айында Тажикстан аймагынан кирген 11 адамдан турган куралдуу бандиттердин Ош облусунун Чоң-Алай районундагы жоруктары эске алынган жок;
• өлкөнүн саясий жетекчилиги тарабынан аскердик-саясий кырдаалга көңүл бурулбай, улуттук коопсуздукка коркунучтарды алдын алуу боюнча чаралар көрүлбөдү. 1996-жылы Баткен районундагы кырдаал жана куралдуу топтордун Кыргызстанга кириши боюнча доклад МНБга кайтарылды, аскерлердин тынчсыздануусун «жөн эле эмоция» деп аташты. Баткен районунун акими А. Маматалиев жана прокурор Р. Мусаев тарабынан берилген маалыматтар да аракетке чакыруучу сигнал болгон жок, «бир жыл мурун куралдуу топтор Коргон капчыгайында жүргөн, жыйындар өткөрүп, жергиликтүү тургундарды активдүү тарткан жана куралдарын чабуулдап жүргөн»;
• күч структураларынын ортосундагы өз ара аракеттенүүнүн жоголушу. МНБ тарабынан түзүлгөн атайын чалгынчылар жана контрчалгынчылар тобунун доклады МОго жана башка күч структураларына берилген жок.
Өлкөнүн түштүгүндөгү куралдуу конфликттер коргоо жана коопсуздук системасынын алсыздыгын көрсөттү, ал системалар регулярдуу армиялар менен согуш жүргүзүүгө ылайыкташкан жана аз сандагы куралдуу түзүмдөргө каршы натыйжалуу эмес. Мындан тышкары, аскердик коопсуздукту камсыздоо системасында күчтөрдү жана каражаттарды колдонуу боюнча мыйзамдык негиздерде олуттуу кемчиликтер аныкталды.
Кыргыз Республикасынын Куралдуу күчтөрү, бар болгон нормативдик-укуктук базага ылайык, Кыргыз Республикасынын суверенитетин, көз карандысыздыгын, аймактык бүтүндүгүн тышкы кол салуулардан коргоо үчүн арналган, башкача айтканда, агрессиядан коргоо үчүн. Алардын милдеттерге тартылышы мыйзам же Кыргыз Республикасынын Жогорку Кеңешинин токтому менен гана мүмкүн. Кыргыз Республикасынын «Коргоо жөнүндө» мыйзамынын жоболорунан чыгып, Куралдуу күчтөрдү колдонуу согуш абалын жарыялоо учурунда буйрук боюнча жүргүзүлүшү керек. Мындай нерселер болгон эмес жана болушу мүмкүн эмес. Согуш абалы — бул тараптардын (мамлекеттердин) ортосундагы мамилелер, алар согуш жарыяланган же аскердик аракеттер башталган учурдан тартып өтүшөт. Кыргызстан менен эч бир мамлекет согушта болгон эмес.
Кыргызстандын армиясы республика аймагында жайгашкан советтик куралдуу күчтөрдүн бөлүктөрү жана бөлүктөрүнүн негизинде түзүлгөн. Анын негизин мурдагы советтик офицерлер жана прапорщиктер түзгөн. Эгемендүүлүк жылдарында бөлүктөрдүн уюштуруу-штаттык структурасы негизги өзгөрүүлөргө учураган эмес. Аскерлердин оперативдик, жоокердик жана мобилизациялык даярдык системасы сакталган. Алардын аракеттеринин тактикасы советтик жоокердик уставдар боюнча иштелип чыккан (жана азыркыга чейин иштелип жатат). Офицерлердин басымдуу көпчүлүгү Россиядагы аскердик окуу жайларында даярдалат, ал жакта аскердик илим жана тажрыйба үйрөнүлөт, бул Кыргызстандагы шарттарды жана мүмкүнчүлүктөрдү эске албайт, бирок кийинчерээк анын армиясынын аракеттеринде колдонулат. Советтик жана россиялык (анын мураскери) аскердик стратегиялар регулярдуу армияларга каршы согуш үчүн Куралдуу күчтөрдү колдонуу жана даярдоо боюнча каралган. Армиянын бөлүктөрү жана бөлүктөрү куралдуу түзүмдөргө каршы аракет кылууга даяр эмес, алардын аракеттеринин тактикасы регулярдуу аскерлердин аракеттеринен түп тамырынан айырмаланат. Бул россиялык армиянын Чеченстандагы атайын операциясын өткөрүү тажрыйбасы менен ачык көрсөтүлдү. Натыйжада, аскерлер согуш талаасында аларга окутулгандай аракет кылышат. 2000-жылы Исламдык кыймылдын Өзбекстандагы мыйзамсыз куралдуу түзүмдөрүнө каршы күрөшүү үчүн блок-посттордун системасы уюштурулду, бул негизинен Советтик Армиянын негизги жоокердик аракеттеринин классикалык системасын көрсөткөн. Бирок, куралдуу топтор — бул армия эмес. Алардын максаты душмандын талкаланып, аймактарды ээлеп, кармап туруу эмес, ошондуктан кыргызстандык аскерлердин коргонуу чегин бузбайт. Ал эми мыйзамсыз түзүмдөр менен күрөшүүгө Кыргыз Республикасынын Куралдуу күчтөрү даяр эмес болчу.
Куралдуу күчтөрдүн Исламдык кыймылдын Өзбекстандагы куралдуу топторуна каршы аракеттеринин натыйжалуулугун тапшырмаларды аткаруу деңгээли жана операцияны өткөрүүгө кеткен чыгымдар боюнча баалоого болот.
2000-жылдын 5-сентябрында Кыргыз Республикасынын Жогорку Кеңешинин Жогорку Кеңешинин жыйынында каржы министри С. Медеров министрликке коргоо үчүн 2000-жылдын июль-сентябрь айларында 236 млн сом (5 млн доллардан ашык) бөлүнгөнүн билдирди. Бул аскердик бюджеттин 50% дан ашыгы, же өлкөнүн жылдык бюджетинин болжол менен 2% ын түзөт. Ошентсе да, коргоо министрлигинин Башкы штабынын башчысы Н. Чомоевдин билдирүүсүнө ылайык, армия каражаттын жетишсиздигин сезип жатты. Экинчи «Баткен согушу» учурунда окуяларды жакындан көзөмөлдөгөндөр Кыргыз Республикасынын коргоо министри Э. Топоевдин билдирүүсүнө көңүл бурушу мүмкүн эмес болчу: «Бизге каршы үч отряд 150 боевиктен турат». Алардын жок кылынуусуна ыкчам топтор тартылган, бул куралдуу күчтөрдүн болжол менен жарымын түзгөн. Ошол эле учурда, аскердик аракеттер учурунда 100дөн ашык экстремисттер жок кылынды, алар «чын эле жаман топ» болушкан. Эгер душмандын жоготууларын жана ошол учурда болгон чыгымдарды салыштырсак, анда бир боевикти жок кылууга 50 миң долларга чейин каражат сарпталган. Бирок, бул чоң сан да чындыкка туура келбейт. 2000-жылы Кыргызстанда болгон аскердик аракеттерге катышкан боевиктердин чыныгы саны операциянын катышуучулары тарабынан он беш адамга бааланат. Боевиктердин чыныгы жоготуулары белгисиз, бирок эгер алардын бардыгы жок кылынган болсо, анда алардын бирин жок кылуу 300 миң доллардан ашык каражатты талап кылган.
Кыргызстандагы аскердик кампаниялардын ийгиликсиздигинин себептери:
• саясий жетекчилик менен күч структураларынын жетекчилиги арасында өз ара түшүнбөстүк;
• Башкы штаб тарабынан аскердик-саясий кырдаалды туура баалабоо;
• мыйзамсыз куралдуу түзүмдөргө каршы күрөшүү үчүн Куралдуу күчтөрдү колдонуу боюнча мыйзамдык негиздин жоктугу;
• күч структураларынын уюштуруу-штаттык структурасы жана даярдыгы мыйзамсыз куралдуу түзүмдөргө каршы күрөшүү милдеттерине ылайык келбейт, бийик тоолордо аракет кылуу үчүн атайын даярдалган бөлүктөрдүн жоктугу;
• контрпартизандык күрөш шарттарында күч структураларын башкаруу боюнча тажрыйканын жоктугу;
• партизандык күрөш ыкмаларын колдонгон мыйзамсыз куралдуу түзүмдөргө каршы аракеттенүү боюнча тажрыйканын жоктугу;
• мыйзамсыз куралдуу түзүмдөргө каршы күрөшүүдө колдонулган ыкмалардын натыйжасыздыгы.
2000-жылы аз сандагы куралдуу топторго каршы күрөшүү үчүн болжол менен жети миң аскердик топ тартылган, алар алдын ала даярдалган позицияларды коргоп турушкан. Аскердик аракеттерди уюштуруу учурунда куралдуу топтордун аракеттеринин тактикасы эске алынган жок, алар партизандык күрөш ыкмаларын колдонуп, душмандын үстөмдүк кылган күчтөрү менен түздөн-түз беттешүүдөн качышкан. Натыйжада, бул куралдуу топ толук жок кылынган жок. Салыштыруу үчүн: 1925-жылдын 25-августунан 12-сентябрына чейин Кызыл армиянын НКВД күчтөрү жана ОГПУ отряддарынын жалпы саны 7505 адам болгон, активдүү чабуулдук аракеттердин натыйжасында көптөгөн бандиттик түзүмдөр жок кылынган, алар жергиликтүү тургундардын колдоосун алышкан жана Чеченстан аймагында калкын куралсыздандыруу иштери жүргүзүлгөн.