Кыргызстандын жаңы тарыхы XVIII — XX кылымдын башына чейин созулат. Аны шарттуу түрдө бир нече этапка бөлүүгө болот.
1. Кыргызстан Коканд хандыгынын курамында (1711-1876).
2. Кыргызстан Россия империясынын курамында (XIX кылымдын 50-70-жылдары — 1917 жыл).
Жаңы мезгилде кыргыздар өз мамлекеттүүлүгүнө ээ эмес болуп, эки мамлекеттин курамында болушкан. Кыргыздардын кайсы мамлекеттин курамында экендиги хронологиялык жактан так эмес көрсөтүлгөн. Ошондуктан тарыхый процесстер убакыт жана мейкиндик боюнча логикалык тартипте болбой калган.
Кыргыздар Коканд хандыгынын курамында анын түзүлгөн убагынан бери (XVIII кылымдын 20-жылдарынан — түштүк кыргыздар, XIX кылымдын 20-жылдарынан — түндүк кыргыздар) болушкан, бирок көбүнчө номиналдуу көз каранды калк болуп, өз урууларынын күчтүү колдоосуна таянган. Бул жагдай аларга хандардын ички жана тышкы саясаттарына, айрыкча — тактыга отуруу маселелерине активдүү кийлигишүүгө мүмкүндүк берген.
XVIII кылымдын башында Фергана Бухара эмиратынан саясий жактан бөлүнгөн регион болуп саналган. Долбоордун түштүк-батыш бөлүгүндө калк Ходженттин Акбото-бий кыргыздарынын башкаруусунда жашаган. Долбоордун борбордук жана түндүк бөлүктөрү Чадак жана Касан хожолорунун теократиялык бийлигинде болгон. Фергана долборунун чыгыш жана тоолуу бөлүктөрү негизинен кочмондордун кыргыздарынын бийлигинде болгон. Тынч жашоо шарттары кочмондордун аристократиясынын таасирин күчөтүүгө жардам берген. Чыгыштан келген Джунгариянын өнүгүп жаткан тышкы коркунучу жана долбордун ичинде саясий жагдайлар кочмондордун эки уруусунун саясий активдүүлүгүн баштоого шарт түзгөн, алар хожолордун колунан саясий бийликти алуу жана светтик мамлекеттүүлүктү түзүү үчүн аракет кылышкан. Бул активдүүлүктүн натыйжасында XVIII кылымдын башында полиэтникалык Коканд хандыгы түзүлгөн — узбек-минги уруусунун Шахруг-би жана кыргыздардын Акбото-бий башында турган союз.
Коканд хандыгынын 167 жылдык жашоосу (1709—1876) үч чоң мезгилге бөлүнөт.
1. 1709-1800-жылдар — Коканд хандыгынын мамлекет катары калыптанышы. Бул мезгилде Фергана долбору толугу менен Коканд мамлекетинин курамына кирген.
2. 1800-1840-жылдар — Коканд хандыгынын өнүгүү жана гүлдөгөн мезгили. Бул жылдары хандыктын саясий-административдик уюштуруу системасынын өнүгүшү менен ички жана тышкы саясат бекемделген. Коканд хандыгы аймактык жактан Фергана долборунан алыска кеңейген.
3. 1842-1876-жылдар — Коканд мамлекетинде социалдык-саясий кризистер күчөгөн. 1873-1876-жылдардагы элдик кыймыл пайда болуп, анын натыйжасында хандыктын кулашы — Фергана долбору орус колонизаторлору тарабынан басып алынган (1876).
Коканд тарыхы боюнча булактарга таянып, анын тарыхына чоң таасир эткен төрт саясий күчтү көрө алабыз: сарты, минги (узбек), кыргыз жана кыпчактар. Эгер сартынын саясий күчү негизинен «сартиййа» түзсө, кыргыздар жана кыпчактар «илатиййа» түзүшкөн. Минги (узбек) XVIII кылымда кочмондор-феодалдардын тобун түзүп, «илатиййа» менен кошулушкан, бирок XIX кылымда алар акырындык менен «сартиййа» курамына киришкен.
1709-1760-жылдар аралыгында Коканддагы саясий бийлик мингдердин колунда болгон. Бирок алар бийликти кыргыз биялары (Акбото-бий, коканд-кыргыз союз 1741-1760-жылдар, Кубат-бий, Ажы-бий ж.б.) менен бөлүшүшкөн. 1760-1800-жылдардан тартып мингдердин саясий тобу акырындык менен «сартиййа» курамына кирүүгө аракет кылышкан (Нарбото-бийдин саясаты). 1800-1840-жылдар аралыгында бийлик мингдердин колунда болсо да, алардын саясатын экономикалык жактан күчтүү сарты тобу жана аскердик кастасы галчылар көзөмөлдөшкөн. Мингдердин отурукташуу процессине өтүшү аларды шаардык калкка айландырууга, сарты менен байланыштарды күчөтүүгө жана бул категорияга кирүүгө шарт түзгөн.
1840-1842-жылдардагы саясий кризистин натыйжасында кыргыз биялары кайрадан тарыхый аренага чыгышып, 1842-1844-жылдарда толугу менен бийликти өз колдоруна алышкан (кыргыз Нузуп-бий). 1844-1856-жылдарда кыпчактардын үстөмдүгү орногон (Мусулманкул минбашы). 1856-1858-жылдарда кыргыздар кайрадан бийликке келишкен. 1858-1865-жылдар аралыгында кыргыз биясы Алымбек жана кыргыз аскер башчысы Алымкулдун башкаруусунда хандык бийлик дээрлик маанисин жоготуп, айрыкча Алымкул ляшкер башы (1863-1865) учурунда, расмий хан Султан Сейит кыргыз биясынын эркинен толугу менен көз каранды болуп калган. 1865-1875-жылдарда бийлик мурдагы феодалдык мингдерге жана «сартиййа» коомчулугуна өткөн, бирок кыргыз жана кыпчак биялары мамлекеттик башкарууда активдүү катышкан (Абдрахман аптабачы, Шер датка, Нарманбет датка, Кедейбай датка, Курманжан датка ж.б.). 1873-1876-жылдардагы кыймыл учурунда кыргыз биялары дагы бир жолу бийликти өз колдоруна алууга аракет кылышкан — кыргыз мулла Исхак Асан уулу Полот-хан деген ат менен хан деп жарыяланган. Бул мурдагы салттуу саясий тең салмактуулукка жетүүгө аракет болгон. Бийлик структураларында бир топтун лидерлигине жетишкен учурда, калган топтордун өкүлдөрү да башкаруу иштерине катышкан.
Бардык мамлекеттик кызматтар хандыктын курамында кочмондордун узбек, кыргыз жана кыпчак элдеринин өкүлдөрү арасында бөлүштүрүлгөн. Көбүнчө кыргыздар жана кыпчактар аталык, минбашы, амирляшкер, наиб, ынак, эшик-агалык ж.б. кызматтарды алышкан. Мисалы, Алимхан (1800-1810) учурунда, Нарбото-бийдин уулу, кыргыз аял Момунбек жана Ырыскулбек Коканд армиясынын командирлери — амир ляшкери болуп дайындалган. Мадали-хан (1822-1841) учурунда кыргыз Нусуп башкы командир — минбашы кызматын ээлеген. Ошол эле учурда датка титулун алган кыргыздар адигине уруусунан — Алымбек, кесек уруусунан — Сейитбек, тоолос уруусунан — Полот, ават уруусунан — Сатыбалды, саруу уруусунан — Ажибек болушкан. Алар хан сарайында таасирдүү адамдар болуп, Коканд мамлекетинде көрүнүктүү кызматтарды ээлешкен. Бул мезгилде кыргыз феодалдарынын таасири ушунчалык жогору болгондуктан, алар хандыктын мындай кызматтарын ээлешкен: Нусуп (1842-1844) — минбашы жана аталык, Алымбек датка (1858-1862) — хандын башкы визири, Касым (1853-1856) — минбашы, Алымкул (1863-1865) — амир ляшкар (Коканд армиясынын башкы командири) жана аталык, Атабек — наиб (жердик аскерлердин жана артиллериянын командири), Шералы — ынак (кавалериянын командири), Кыдыр-бий — эшик-агалык (хан сарайынын башчысы) ж.б. Мындан тышкары, көрүнүктүү кыргыз феодалдарына парваначи, пансад деген наамдар берилген жана аларга урмат менен мамиле кылынган. Кудаяр-хандын кыргыз аял Жаркынайымы жана Алымбек даткасынын жубайы Курманджан датка хандыктын ичинде чоң авторитетке жана таасирге ээ болушкан. Коканд мамлекетинин акыркы ханы кыргыз Исхак Асан уулу (Полот-хан) болгондугу да кыргыздардын бул сапаттагы ролун тастыктап турат.
Жогорудагы тарыхый фактылар Коканд хандыгы «сартиййа» жана «илатиййа» катары бириккен мамлекет болгондугун, демек, узбек, кыргыз жана тажиктердин мамлекеттүүлүгүн көрсөтөт. Бул талашсыз материалдарга таянып, Коканд хандыгы XVIII-XIX кылымдардагы кыргыз мамлекеттүүлүгүнүн өнүгүүсүнүн бир формасы болгонун белгилөөгө болот.
Анда жашап, мамлекетин башкарууга катышып, айрым кыргыз биялары өз алдынча кыргыз мамлекеттүүлүгүн түзүүгө аракет кылышкан. Мисалы, 1860-жылы Алымбек датка Коканд армиясынын бир бөлүгүн башкарып, Орус армиясына каршы Коканд хандыгына чабуул жасап жаткан Жетису (Каскелен, Уч-Арал) аймагына жөнөтүлгөн. Белгиленген жерге келгенде, ал орустар менен согушуудан баш тарткан. Натыйжада Коканд армиясы артка чегинүүгө мажбур болгон. Алымбектин мындай чечиминин чыныгы максаты түштүк жана түндүк кыргыз урууларын бириктирүү, өз алдынча мамлекет түзүү же Коканд ордосун толук ээлеп алуу болгон. Ошондуктан ал ушул убактан тартып орус бийликтери менен мамиле курууга киришкен. Ал орус менен согушка кирбөө биринчи шарт экенин жакшы түшүнгөн.
1861-жылы ал түштүк кыргыз урууларынын өкүлдөрү менен көз карандысыз мамлекеттик түзүлүштү түзүү максатында бир нече сүйлөшүүлөрдү өткөргөн. Алымбектин ниеттери Петербургда да белгилүү болгон. Орус бийликтери бул жагдайга оң көз карашта мамиле кылышкан.
Алымбек, түндүк кыргыздарды өз таасирине алган соң, 1861-жылы Фергана долборуна кайтып келген. 1862-жылдын февраль айында ал козголоңго катышып, Коканд ханы Малабекти өлтүрүп, анын жээни — Сарымсактын уулу 15 жаштагы Шах Мураты такка отургузуп, өзү башкы визирдин кызматын ээлеген. Бирок ошол жылдын жайында Кудаяр такты ээлеп, Шах Мураты колдогон кыргыздарга жана кыпчактарга каршы согуш жарыялаган. Маргиландын хакими Молдо Алымкул ичкилик кыргыздарынын көрүнүктүү мамлекеттик ишмери 1862-1865-жылдарда Кудаярга өтүп кеткен. Анын жардамы менен кыргыз биялары Кыдыр жана Ырсалы биринчи кезекте бийликтен четтетилип, кийинчерээк өлтүрүлгөн. Жакында Алымкулдун жашыруун буйругу менен Алымбек да өлтүрүлгөн.
Коканд хандыгынын түндүк кыргыздарына үстөмдүк кылган шарттарында өз алдынча мамлекет түзүүгө аракет кылган дагы бир ишмер сарбагыш манабы Ормон Ниязбек уулу болгон. XIX кылымдын 40-жылдары Кутманалы аймагында Иссык-Куль, Чүй жана Талас долборлорунун өкүлдөрүнүн курултайы өткөрүлгөн, анда Ормон хан деп жарыяланган.
Бирок бул башка манаптар тарабынан Ормонду хан катары номиналдуу таануусу болгон. Фактически, бул окуядан кийин бардык түндүк кыргыз уруулары Ормонго көз каранды болбой калган.
15-20 жылдан кийин түндүк Кыргызстан Россия империясы тарабынан басып алынган.
Кыргызстанга колония катары мамиле кылуу, Россия империясы тарабынан басып алынгандан кийин, региондогу салттуу мамилелерди жана алардын улуттук негизде өнүгүү мүмкүнчүлүктөрүн бузган. Жаңы мамилелердин юридикалык негиздемеси тиешелүү бийлик институттарын жана «метрополия — колония» же «борбор — периферия» принципи боюнча иштеген башкаруу системасын түзүү аркылуу жетишилген.
Түркестан, анын ичинде кыргыз жерлерин башкарууну уюштурууга царизм басып алуу процессинин жүрүшү менен бирге, анын башталгыч этабында эле киришкен. 1865-жылдын 2-мартында Сенаттын «Түркестан облусун түзүү жөнүндө» буйругу чыгарылган, ал Оренбург генерал-губернаторлугунун курамында түзүлгөн, «Арал деңизинен кыргыз Иссык-Куль көлүнө чейинки ортоазиялык менчиктер менен чектешкен бардык чектеги аймактан түзүлгөн». Область 1867-жылы Түркестан генерал-губернаторлугуна айландырылган. Түркестан облусунун ички административдик-территориялык бөлүнүшү таза аскердик милдеттерди чечүүгө ылайыкташтырылып, аскердик жана жарандык бийликтин бириктирилишин, ошондой эле административдик, сот, экономикалык жана башка функцияларды бир эле мекемеде топтоштуруу негизинде түзүлгөн. Царизмдин бардык колониялык саясатынын негизинде «руслаштыруу» принциби жатат. Бул принцип Россиянын колониялык системасынын төмөнкү маанилүү өзгөчөлүгүнөн келип чыккан. Эгер батыш европалык колониялык системада метрополиялар менен колониялар арасында чоң табигый тоскоолдуктар (океандар, чөлдөр, тоо чокусун) бар болсо, Россияда табигый географиялык тоскоолдуктар такыр жок. Россиянын колониялары империянын борбордук бөлүгүнүн «узартмалары» болуп эсептелинген. Бул географиялык фактор русификация принципин ишке ашырууда чечүүчү саясий роль ойногон. Ошентип, царизм Түркестанды ээлеген биринчи күндөн тартып, бул регионду «башка рус жерине» айландыруу максатын койгон.
Түркестан «Русский Туркестан» деп аталганы бекеринен эмес. Русификацияга саясий жана аскердик-стратегиялык маанилүү маанилер берилген. Түркестан, анын ичинде Кыргызстан, келечекте «оруслашууга» тийиш болгон — аймактык, геосаясий, социалдык-экономикалык жана маданий жактан. Русификацияны ишке ашыруу акырындык менен, этап-этабы менен, жергиликтүү өзгөчөлүктөрдү эске алуу менен жүргүзүлөт.
Ошентип, самодержавиенин колониялык саясатындагы негизги принципке туундулар принциптери: акырындык, этап-этабы, жергиликтүү шарттарды эске алуу жана динге чыдамдуулук кошулду. Русификация принципи өз ишке ашыруусунда бир катар каражаттарга таянды: Түркестан жерлерин мамлекеттик менчик деп жарыялоо, орус административдик структурасын киргизүү, жаңы аймактарга орус дыйкандарынын эркин көчүүсүн камсыз кылуу, региондун экономикалык жашоосунун негизги механизмдерин колонизаторлордун колуна өткөрүү, колонияланган аймактарда жалпы орус тартиптерин жайылтуу ж.б. Кыскача айтканда, Түркестан, анын ичинде Кыргызстан, империянын «бөлүнгүс бөлүгү» болуп калууга тийиш болгон, түштүк Россия, Орто Поволжье же Урал сыяктуу.
Негизги принцип биринчи Временные положения об управлении краем (1867, 1868-жылдар) документтеринде чагылдырылган. Түркестан крайын башкаруу боюнча акыркы Положение 1886-жылдын 12-июнунда орус ханы тарабынан кол коюлуп, бекитилген.
Жергиликтүү администрациянын башчысы генерал-губернатор наамындагы аскердик губернатор болуп, анын колунда аскердик жана жарандык бийлик топтолгон. Жергиликтүү жерлерде администрацияны облустардын жана уезддердин башчылары жетектеп, ошол эле учурда аскердик коменданттар болушкан. Алар жергиликтүү калкты башкаруу боюнча орус чиновниктеринен дайындалган башкаруучуларга баш ийишкен жана жергиликтүү калкка жалпы полициялык көзөмөлдү жүргүзүшкөн. Жергиликтүү калкты башкаруучулар өз колдорунда сот функцияларын да топтошкон. Алардын карамагында киши өлтүрүү, уурдоо жана тоноо менен байланышкан кылмыш иштерин кароо милдети болгон, эгерде аларга жергиликтүү жана европалык калктын өкүлдөрү катышкан болсо.
Ушул башкаруу аппаратынын жардамчы ролун жергиликтүү башкаруу башкаруучулары аткарган. Кочмондордун көптүгү себептүү, отурукташкан аймактарда волостор менен бирге аксакалдык башкаруулар да түзүлгөн. Жалпысынан, царизм тарабынан Түркестанда жүргүзүлгөн административдик-территориялык бөлүнүшү региондун табигый, тарыхый, экономикалык жана улуттук өзгөчөлүктөрүн эске алган эмес. Ал империялык аймактын жалпы уюштурулушунун мыйзам ченемдүү улантуусу болуп эсептелинген, аны мамлекеттик-бюрократиялык деп аташкан.
Түркестан облусунун кочмондор калкы урууларга, бөлүмдөргө жана подотделдерге бөлүнгөн. Урууларды манаптар, султандар жана улук биялар башкарган; бөлүмдөрдү — биялар, подотделдерди — тугачылар башкарган. Манаптардын, султандардын жана биялардын наамдары негизинен мурас болуп калган. Бирок султандар, манаптар жана биялардын ордуна жаңы адамдарды дайындоо жергиликтүү калкты башкаруучунун, башкача айтканда, цардык аскердик чиновниктин бекитүүсүнө муктаж болгон.
Колониялык бийликтер отурукташкан калк үчүн кази сотун жана кочмондор үчүн бийлердин сотун сактап калган. Бул соттордун структурасындагы өзгөрүүлөр казилердин бардык укуктарын теңдештирүүгө, кази-калян кызматын жоюуга, сотторду үч жылга шайлоого киргизүүгө жана талапкерге ишти карап чыгуу үчүн өзү ишенген казиге кайрылуу укугун берүү менен чектелген.