Христианство в республике представлено тремя крупными направлениями: православием, католицизмом и протестантизмом, который в свою очередь делится на 13 направлений.
Самые крупные из христианских деноминаций:
• православие, представителями которого является большинство славянского населения республики;
• евангельские христиане-баптисты, которые имеют свой Союз церквей евангельских христиан-баптистов, состоящий в основном из местных немцев и возглавляемый председателем. 35 молельных домов и филиалов находятся на территории г. Бишкек, Чуйской долины, г. Нарын, Иссык-Кульской, Ошской, Таласской, Джалал-Абадской областей;
• христиане — адвентисты седьмого дня (АСД) находятся в подчинении Южного объединения церквей, вопросы которого решает конференция, возглавляет объединение президент. 17 церквей АСД действуют в г. Бишкеке, Чуйской долине, Иссык-Кульской, Таласской, Джалал-Абадской областях. Верующими АСД в основном являются местные немцы;
• христиане Веры Евангельской (пятидесятнической ориентации) осуществляют религиозную деятельность в Иссык- Кульской, Ошской, Таласской, Джалал-Абадской областях и в Чуйской долине. Возглавляет организацию Объединение Церквей Христиан Веры Евангельской, в которое также входят представители местных немцев;
• свидетели Иеговы имеют Залы Царств в Чуйской долине, Иссык-Кульской, Таласской областях и г. Бишкек. Объединены в Союз Свидетелей Иеговы Кыргызстана, высшим органом является собрание, которым руководит старейшина. Насчитывается около 40 общин, в которые входят представители всех национальностей, населяющих Кыргызстан.
Кроме названных имеются немногочисленные общины, включающие: епархию лютеран-евангелистов в с. Люксембург, которая состоит в основном из немцев и русских (руководит епархией епископ); общину католиков в Бишкеке, состоящую в основном из местных немцев. Также существуют приход Новоапостольской церкви в Бишкеке, центр которой находится в Берлине, руководство приходом осуществляет проповедник; общины пресвитерианских церквей протестантского толка, представленные корейским населением Кыргызстана. Руководителями общин являются пастыри из Южной Кореи. Насчитывается около 20 церквей, которые расположены в основном в Чуйской долине; существуют община Русской Православной старообрядческой церкви в Бишкеке; община Древлеправославных христиан-поморцев брачного согласия; новые харизматические церкви, куда входят представители всех национальностей Кыргызстана.
В число нетрадиционных религиозных организаций также входят, осуществляя свою деятельность на территории Кыргызстана, иудеи, вайшнавы, Общество Сознания Кришны, бахай, буддисты, неденоминированные христианские объединения и религиозные группы.
Население Кыргызской Республики составляет около пяти миллионов человек. Из них более 80% относятся к нациям и народностям, исторически исповедующим ислам.