На территории Кыргызстана учтены 750 озёр, водохранилищ и мелких прудов с общей площадью 6836 км2, т.е. занимают 3,4% территории республики. Из них 16 озёр и 11 водохранилищ имеют каждое более 1 км2 площади. Многие озёра мелкие, с площадью зеркала 0,02—0,2 км2. Преимущественно, озёра расположены в высокогорной зоне, у конца ледников, в пределах высот 3000—4000 м.
Самое крупное озеро Кыргызстана —Ысык-Куль. Это одно из крупнейших горных озёр мира. Расположено в тектонической впадине между хребтами Тескей Ала-Тоо и Кюнгёй Ала-Тоо. Абсолютная высота уреза воды 1607 м, площадь зеркала воды — 6236 км2, макс, глубина —668 м, средняя — 278,4 м, длина озера —178 км, макс, ширина — 60 км, средняя ширина — 35 км, объём воды — 1738 км3, длина береговой линии — 688 км. С середины 19 до конца 20 века ( 1856 — 2000) уровень воды в озере упал на 8,5 м. В конце 80-х годов 20 в. наблюдалась некоторая стабилизация к его повышению (от 3 c м до 13 c м). Ысык-Куль — незамерзающее озеро и по термическому режиму относится к субтропическому типу, хотя находится в умеренной зоне и на значительной высоте над уровнем моря. Годовое колебание температуры в пределах положительных значений (от 20 до 4°С). Минерализация воды 5,97‰ или граммов в литре. В настоящее время около 30 рек доносят свои воды до озера круглый год. В водном балансе значительна доля атмосферных осадков. Незначительное кол-во воды приносится подземным путем. В расход ной части водного баланса исключительная роль принадлежит испарению. Часть речного стока используется на орошение, но возвратные воды тем или иным путем все же поступают в чашу озера. В Ысык-Куле в настоящее время обитает 22 вида рыб, из которых 10 завезены из др. водоёмов, а 12 — аборигены. Завезённые и акклиматизированные виды, развиваясь в озере, оказали отрицательное влияние на местные виды. Ысык-Куль — один из крупнейших водоемов Евразии, где зимует множество видов (и в большом кол-ве) водоплавающих птиц. В летнее время озеро исключительно благоприятно для отдыха.
Второе по величине площади зеркала воды озеро — Сон-Куль, находится в межгорной впадине между хребтами Молдо-Тоо, Сонкёл-Тоо и Боор-Алба. Высота уреза воды — 3016 м над уровнем моря. Площадь зеркала — 270 км2, наи большая глубина 22 м (больше официально при нятой 15,1 м), средняя глубина — 9,2 м, длина озера — 29 км, наибольшая ширина — 18 км, средняя ширина — 9,6 км, объём воды 2,64 км3, длина береговой линии 96 км. Вода в Сонкёле пресная, озеро сточное — вытекает р.Кажырты. В бассейне озера Сонкёл формируются 18 речек и ручейков, которые впадают в озеро. Минерали зация воды 0,3—0,4 г/л. Уровень стабильный. Замерзает в конце октября — начале ноября, с конца апреля вскрывается. Амплитуда колебаний температуры от 0°С до 12°С. По термическому режиму Сонкёл относится к озерам умеренной зоны. В тёплое время года сюда прилетают водоплавающие перелётные птицы (66 видов). Примечательно что Сонкёл — место гнездований индийского гуся. По своей природе Сон-Кёль — безрыбное озеро. Но за последние 30— 35 лет акклиматизированы такие виды рыб, как пелядь, сиг и абориген озера Ысык-Кёль голый осман (кёк-чаар).
Третье по величине площади зеркала воды озеро Чатыр-Куль, расположено между хребтами Ат-Башы и Торугарт-Тоо, на западе Ак-Сайской долины. Высота уреза воды 3520 м над уровнем моря. Площадь озера — 161,1 км2, наи большая глубина — 19 м, преобладающие глубины — 2—3 м. Длина озера 22,8 км, наибольшая ширина 10,5 км, средняя ширина 7,4 м, объём воды 0,85 км3, длина береговой линии — 58,5 км. Водосборная площадь 1050 км2. В озеро впадает значительный водоток Кёк-Айгыр и еще 23 мелких речек и ручейков. Это бессточное озеро, но минерализация воды близка к пресной (2 г/ л). В последние 100 с лишним лет уровень озе ра понизился почти на 4 м. С октября по апрель сковано льдом, в суровые зимы толщина которого достигает 1,5 м. Ихтиофауна состоит из мелких водных организмов, рыб нет. В летнее время прилетают водоплавающие птицы.
Сары -Челек — одно из красивейших озёр Кыргызстана, завального происхождения. Расположено в бассейне реки Кожо-Ата, на юго- вост. склоне Чаткалского хребта. Высота уреза воды 1878 м над уровнем моря. Площадь зеркала воды 4,92 км2, длина озера 7,5 км, наибольшая ширина 2280 м, средняя ширина 650 м. Наибольшая глубина 234 м, средняя глубина 98 м. По мнению исследователей, озёрная чаша об разовалась в результате горного обвала, примерно 10 тыс. лет назад. Обвал перегородил долину реки Сары-Челек, выше которого собралось значительное количество воды. Из-под плотины вытекает река Тоскоол. Береговая линия довольно сложная, изрезанная и крутая. Уровень воды имеет сезонное колебание — наибольшей величины достигает в мае, наименьшей — в декабре. В конце декабря замерзает и вскрывается в апреле. Летом температура воды достигает 19,8°С, а зимой колеблется от 4°С до 0°С. Воды слабоминерализованы, достигают 200—500 мг/л. В воде обитают: маринка, сазан и др. виды рыб. Вокруг озера распространены красивейшие ландшафты с древесной растительностью. Богато рекреационными ресурсами. Организована особо охраняемая территория — биосферный заповедник мирового значения.
Среди озёр, происхождение которых связано с ледниками, интересно по своему режиму озеро Мерцбахера, расположенное между ледниками Южного и Северного Энилчека. Озёрная чаша состоит изо льда, ежегодно наполняется талыми водами ледников и ежегодно в конце лета прорывается под ледником Южный Энилчек, образуя паводок на реке Энилчек, в 10 раз превышающий среднегодовые расходы воды.
До лета следующего года наполняется, достигая прежнего уровня. Прорывы продолжительностью в 5—6 дней приходятся на август месяц, иногда бывают и в сентябре. Урез воды озера на высоте 3304 м, длина около 4 км, ширина 1 км, площадь зеркала воды 4,5 км2. Эти данные со временем меняются, в зависимости от состояния ледников.