Археологи утверждают, что Прииссыккулье заселялось древним человеком в эпоху нижнего палеолита, в подтверждение ими найдено около тысячи древних орудий. В 1985-1989 годах проводились подводные исследования на Иссык-Куле. Искали остатки затонувших городов. Обнаружили несколько довольно ценных с исторической точки зрения предметов 2000- 2500-летней давности, девять - времен средневековых поселений и три - античного времени. Одна из таких находок - город Чигу (город Красной долины), обнаруженный в Тюпском заливе, известен как столица кочевых усуней и торговый центр Тянь- Шаня на Великом Шелковом пути.
«Очень все это было давно, очевидцев нет, все равно...» - так начинают манасчи-сказители свои исторические песни.
Рядом, у села Тору-Айгыр, находятся остатки древнего поселения, наскальные рисунки, каменные изваяния. На берегу, рядом с турбазой «Улан», были найдены остатки древнего гончарного завода, а в воде были найдены: керамика, медные монеты и другие предметы.
Остатки одного из поселений располагаются под водой неподалеку от поселка Курменты Тюпского района. Здесь, предположительно, и стоял монастырь с мощами апостола Матфея. Другие исследователи склонны считать, что монастырь был в районе Тюпского сельскохозяйственного техникума, в том месте, где сегодня еще стоят стены миссионерского Свято-Троицкого православного мужского монастыря.
Со 2-ой половины VII века вдоль трассы Шелкового пути в Прииссыккулье началось активное строительство поселений.
Вплоть до прихода орд Чингисхана в Среднюю Азию (начало XIII века) города Прииссыккулья расстраивались и богатели. После опустошительных рейдов монголов города опустели, и этот процесс оказался необратимым. Летописцы походов Тимура (конец XIV века) уже не отмечали значительных городов на Иссык-Куле. Окончательное уничтожение средневековых поселений на побережье завершило озеро: к XVI веку оно полностью затопило все города. Гидрографические и археологические исследования показали, что в XI-XIV веках уровень воды в озере был ниже современного на 6-6,5 метров.
Сегодня археологам известно более десятка древних и средневековых поселений, находящихся под водою. В них обнаружено множество исторических и культурных ценностей сако-усуньского периода (I тысячелетие до н.э.): глиняные кувшины и бронзовые котлы, различные металлические изделия раннего средневековья: хумы, котлы, посуда монголо- тимуридского времени, голубая керамика, монеты. Любители подводного плавания и археологи со всего мира приглашаются на Иссык-Куль, здесь они смогут увлекательно провести время и отдохнуть.
Затонувшие города Иссык-Куля, фрагменты которых были открыты, являются уникальным туристским продуктом для создания приключенческих программ по поиску кладов. По данным исторической науки в регионе озера может находиться до 200 больших и малых кладов.
