29 мая 1992 года указом Президента Кыргызской Республики под юрисдикцию Кыргызстана были взяты соединения и части Вооруженных сил СССР, дислоцировавшиеся на территории республики, и объявлено о создании национальных вооруженных сил. Толчком для создания собственных ВС послужили не перспективы негативного развития военно-политической обстановки и возможность возникновения угроз военной безопасности Кыргызстана, а обязательства Кыргызской Республики в рамках Договора О коллективной безопасности государств — участников Содружества Независимых Государств. Первоначально они воспринимались только лишь как обязательный атрибут государственности, что обусловливалось несколькими причинами.
Во-первых, Кыргызстан, оказавшись независимым государством, был поставлен перед необходимостью институционального строительства.
Во-вторых, разрыв прежних экономических связей спровоцировал глубокий экономический кризис в стране, который привел к резкому падению уровня жизни населения и выдвинул на первый план задачи поддержания социально- экономической стабильности.
В-третьих, Центральная Азия продолжала восприниматься как единое экономическое и политическое пространство.
В-четвертых, многолетняя политическая и экономическая общность в составе СССР исключала военные угрозы со стороны сопредельных государств.
В-пятых, руководство страны не имело опыта руководства и управления военной сферой.
В-шестых, заключение Договора о коллективной безопасности породило уверенность в том, что можно будет обеспечить свою военную безопасность за счет систем коллективной безопасности. В военно-оборонительной концепции 1994 года говорится: «Кыргызская Республика считает, что ее безопасность неотделима от безопасности других государств Содружества. С наибольшей эффективностью оборона Кыргызской Республики и Содружества Независимых Государств в целом может быть обеспечена совместными усилиями государств — участников Содружества».
В этих условиях выбор руководством страны приоритетными направлениями деятельности институционализацию и обеспечение социально-экономической стабильности был в какой-то мере оправдан.
ВС были сокращены с 18,5 до 12 тыс. человек. Тем не менее, их содержание стало тяжелым экономическим бременем для разрушающейся экономики. Из уст президента страны А. Акаева прозвучало заявление о том, что Кыргызстан вполне может обойтись без вооруженных сил.
В обстановке всеобщего благодушия в области военной безопасности военные не стремились отстаивать свои интересы и тем более конфликтовать с политиками. В некоторых случаях они даже способствовали сокращению оборонного потенциала. Так, например, незаконно были отправлены в Россию две эскадрильи наиболее боеспособных истребителей.
Начавшийся в соседнем Таджикистане конфликт положил конец представлениям о возможности отказа от ВС. Возникновение потенциальной военной угрозы стимулировало деятельность военных по обеспечению военной безопасности. В главном штабе исходили из того, что развитие вооруженного конфликта в Таджикистане может привести к проникновению на территорию Кыргызстана вооруженных формирований противоборствующих сторон, а в случае победы одной из сторон в межтаджикском конфликте часть побежденных не смирится с поражением и будет искать убежище за пределами Таджикистана. При этом Китай исключался, так как, с одной стороны, все еще осознавался недружественным государством, а с другой стороны, было ясно, что китайские власти не допустят еще одного дестабилизирующего фактора в проблемном Синьцзян-Уйгурском автономном районе. Узбекистан наглухо перекрыл границу с Таджикистаном из-за усиливающихся противоречий между ними и в связи с активизацией внутри страны религиозных экстремистских организаций. Афганистан был нежелательным убежищем из-за междоусобной войны. Наиболее удобной территорией оставались горные районы юга Кыргызстана, которые могли стать плацдармом для продолжения борьбы. Дальнейшие события подтвердили эти предположения.
Учитывая недостаток собственных сил и средств, Главный Штаб предложил в целях подготовки к обороне привлечь другие силовые структуры, некоторые гражданские организации, а также областные администрации. Инициатива военных получила поддержку политического руководства. В мае 1994 года в г. Ош и Чон-Алайском районе Ошской области прошли первые совместные учения Министерств обороны, национальной безопасности, внутренних дел, экологии и чрезвычайных ситуаций с привлечением национальной авиакомпании «Аба Жолдору» и областной администрации. На учениях были отработаны совместные действия по прикрытию государственной границы, нейтрализации вооруженных формирований, организации приема и размещения беженцев.
Серия совместных учений в течение двух лет позволила организовать и практически отработать взаимодействие между гражданскими властями и силовыми структурами. Был разработан и утвержден соответствующий план действий. Впоследствии это сыграло свою роль в нейтрализации незаконных вооруженных формирований в 1999 и 2000 годах.
К сожалению, после ухода в 1995 году генерала И. Исакова с должности начальника Главного штаба была не только свернута работа по совершенствованию взаимодействия между силовыми структурами, но и подготовка органов управления и войск к выполнению своих задач. Одной из основных причин создавшегося положения дел было недостаточное финансирование. Однако решающую роль сыграл личностный фактор, в первую очередь профессиональные качества и уровень практических навыков нового начальника Главного штаба Э. Топоева. Например, проведение внезапных проверок соединений и частей не требовало больших финансовых расходов. Являясь в то время одной из немногих доступных форм обучения органов управления и войск, внезапные проверки остались за пределами внимания начальника Главного штаба, план их проведения систематически не выполнялся. Аналогичное отношение наблюдалось и к учебному процессу в целом. Запланированное на весну 1996 года пятисуточное командно-штабное учение с мотострелковой бригадой было проведено в течение одного дня в тактическом классе.
Следует отметить, что планом проведения учения, разработанным начальником оперативного управления главного штаба В. Дьяуром, предусматривалась отработка вопросов по противодействию вооруженным формированиям в тех районах, которые в 1999 и 2000 годах стали ареной борьбы с незаконными вооруженными формированиями Исламского движения Узбекистана.
Между тем таджикский конфликт так и не вышел за пределы государственных границ. Одновременно были урегулированы пограничные споры с самым сильным в военном плане соседом — Китаем.
В 1996 году было подписано двустороннее соглашение между Кыргызской Республикой и Китайской Народной Республикой о кыргызско-китайской государственной границе, создана 100-километровая «зона доверия» вдоль границы. В 1997 году подписано пятистороннее соглашение о взаимном сокращении вооружений государств «Шанхайской пятерки». В 1998 году начался процесс активизации экономического сотрудничества между ними.
Все это породило новый всплеск пацифистских настроений среди политиков. В то же время внутри страны нарастала социально-экономическая напряженность. Бюджет Министерства обороны неуклонно сокращался: с 0,68% от ВВП в 1995 году он в 1998 году снизился до 0,5% от ВВП.
В долларовом исчислении бюджет снизился за четыре года на 22,5%. Запросы Министерства обороны удовлетворялись менее чем на 50%. В 1998 году этот показатель стал менее 30%. 28 июля 1998 года на заседании Совета безопасности Кыргызской Республики были обсуждены вопросы подготовки и проведения военной реформы. Главной целью военного строительства было объявлено приведение военной организации государства в соответствие с новой политической системой и экономикой, военно-политической обстановкой, характером современной вооруженной борьбы. Преобразования в оборонной сфере предполагалось про-водить по трем пересекающимся направлениям: совершенствование политических основ военного строительства; военно-экономическая деятельность; реформа вооруженных сил. Ставка делалась на создание компактной и мобильной армии.
Однако государственная программа проведения военной реформы была спланирована без экономического обоснования, не была обеспечена необходимыми ресурсами. Было также проигнорировано то обстоятельство, что в регионе стали преобладать дезинтеграционные процессы. Это автоматически вело к военно-политической напряженности. Не были приняты во внимание предупреждения военных о росте потенциальных военных угроз, об отсутствии механизмов реализации договоров об обеспечении коллективной безопасности как в рамках СНГ, так и в рамках ЦАЭС.
В результате военная реформа была сведена к структурному реформированию органов управления, соединений и частей Министерства обороны. Не была выработана военная или военно-политическая доктрина, не была отлажена система руководства и управления системой обороны и безопасности, не были конкретизированы задачи, не были разграничены функции силовых структур. Система обеспечения обороны и безопасности так и не стала представлять собой целостного организма, способного автономно решать стоящие перед ней задачи.
В 1998 году в целях формирования прогрессивной государственной производственно-организационной структуры военно-экономического потенциала, максимально обеспечивающего потребности ВС и населения Кыргызской Республики в мирное и военное время, была разработана Военно-экономическая концепция Кыргызской Республики на период до 2005 года. Среди основных приоритетов в реформировании экономических основ обороны были названы определение военных потребностей государства в возможных вооруженных конфликтах и гарантированное финансовое обеспечение всех оборонных мероприятий. Однако это не изменило отношения к вопросам обороны. По данным Национального статистического комитета, расходы на оборону уменьшились в сравнении с 1997 годом в относительных цифрах на 0,14% по отношению к ВВП, а в абсолютных цифрах опустились ниже уровня 1996 года.
Военная политика продолжала оставаться вне сферы основных интересов политического истеблишмента Кыргызской Республики. Как следствие, военная организация государства не отвечала даже минимальным потребностям национальной обороны. Это наглядно продемонстрировал Баткенский кризис 1999-2000 годов.