29 мая 1992 года указом Президента Кыргызской Республики под юрисдикцию Кыргызстана были взяты соединения и части Вооруженных сил СССР, дислоцировавшиеся на территории республики, и объявлено о создании национальных вооруженных сил. Толчком для создания собственных ВС послужили не перспективы негативного развития военно-политической обстановки и возможность возникновения угроз военной безопасности Кыргызстана, а обязательства Кыргызской Республики в рамках Договора О коллективной безопасности государств — участников Содружества Независимых Государств. Первоначально они воспринимались только лишь как обязательный атрибут государственности, что обусловливалось несколькими причинами.
Во-первых, Кыргызстан, оказавшись независимым государством, был поставлен перед необходимостью институционального строительства.
Во-вторых, разрыв прежних экономических связей спровоцировал глубокий экономический кризис в стране, который привел к резкому падению уровня жизни населения и выдвинул на первый план задачи поддержания социально- экономической стабильности.
В-третьих, Центральная Азия продолжала восприниматься как единое экономическое и политическое пространство.
В-четвертых, многолетняя политическая и экономическая общность в составе СССР исключала военные угрозы со стороны сопредельных государств.
В-пятых, руководство страны не имело опыта руководства и управления военной сферой.
В-шестых, заключение Договора о коллективной безопасности породило уверенность в том, что можно будет обеспечить свою военную безопасность за счет систем коллективной безопасности. В военно-оборонительной концепции 1994 года говорится: «Кыргызская Республика считает, что ее безопасность неотделима от безопасности других государств Содружества. С наибольшей эффективностью оборона Кыргызской Республики и Содружества Независимых Государств в целом может быть обеспечена совместными усилиями государств — участников Содружества».
В этих условиях выбор руководством страны приоритетными направлениями деятельности институционализацию и обеспечение социально-экономической стабильности был в какой-то мере оправдан.
ВС были сокращены с 18,5 до 12 тыс. человек. Тем не менее, их содержание стало тяжелым экономическим бременем для разрушающейся экономики. Из уст президента страны А. Акаева прозвучало заявление о том, что Кыргызстан вполне может обойтись без вооруженных сил.
В обстановке всеобщего благодушия в области военной безопасности военные не стремились отстаивать свои интересы и тем более конфликтовать с политиками. В некоторых случаях они даже способствовали сокращению оборонного потенциала. Так, например, незаконно были отправлены в Россию две эскадрильи наиболее боеспособных истребителей.
Начавшийся в соседнем Таджикистане конфликт положил конец представлениям о возможности отказа от ВС. Возникновение потенциальной военной угрозы стимулировало деятельность военных по обеспечению военной безопасности. В главном штабе исходили из того, что развитие вооруженного конфликта в Таджикистане может привести к проникновению на территорию Кыргызстана вооруженных формирований противоборствующих сторон, а в случае победы одной из сторон в межтаджикском конфликте часть побежденных не смирится с поражением и будет искать убежище за пределами Таджикистана. При этом Китай исключался, так как, с одной стороны, все еще осознавался недружественным государством, а с другой стороны, было ясно, что китайские власти не допустят еще одного дестабилизирующего фактора в проблемном Синьцзян-Уйгурском автономном районе. Узбекистан наглухо перекрыл границу с Таджикистаном из-за усиливающихся противоречий между ними и в связи с активизацией внутри страны религиозных экстремистских организаций. Афганистан был нежелательным убежищем из-за междоусобной войны. Наиболее удобной территорией оставались горные районы юга Кыргызстана, которые могли стать плацдармом для продолжения борьбы. Дальнейшие события подтвердили эти предположения.
Учитывая недостаток собственных сил и средств, Главный Штаб предложил в целях подготовки к обороне привлечь другие силовые структуры, некоторые гражданские организации, а также областные администрации. Инициатива военных получила поддержку политического руководства. В мае 1994 года в г. Ош и Чон-Алайском районе Ошской области прошли первые совместные учения Министерств обороны, национальной безопасности, внутренних дел, экологии и чрезвычайных ситуаций с привлечением национальной авиакомпании «Аба Жолдору» и областной администрации. На учениях были отработаны совместные действия по прикрытию государственной границы, нейтрализации вооруженных формирований, организации приема и размещения беженцев.
Серия совместных учений в течение двух лет позволила организовать и практически отработать взаимодействие между гражданскими властями и силовыми структурами. Был разработан и утвержден соответствующий план действий. Впоследствии это сыграло свою роль в нейтрализации незаконных вооруженных формирований в 1999 и 2000 годах.
