Жер астындагы суулар — КРнын негизги суу байлыктарынын бири. Алар биологиялык активдүү минералдык (азыркы учурда — органикалык) компоненттердин жогору мазмуну менен мүнөздөлөт жана өзгөчө физикалык-химиялык касиеттерге (радиоактивдүүлүк ж.б.) ээ, булар адам организмина таасир этүү жана дарылоо максатында колдонуу үчүн негиз болуп саналат.
КРнын аймагында болжол менен 150 минералдык булак бар, алардын 30дан көбү термалдык. Алар негизинен санаторий-курорттук дарылоо үчүн жана дарылык, профилактикалык жана дасторкон суулары катары кеңири колдонулат. Дарылык максатында ошондой эле жасалма түрдө даярдалган минералдык суулар колдонулат. Кыргызстанда 250дөн ашык табигый жана жасалма минералдык суу булактары (кудуктар) бар. Практикалык курортологияда белгиленген 40 минералдык суу түрүнүн 30у Кыргызстанда табылган. Ошондой эле дүйнөдө аналогдору жок 10 түрү аныкталган. Туздар жана газдар (таза суулар менен салыштырганда) жогору мазмуну бар минералдык суулар өзгөчө касиеттерге (температура, радиоактивдүүлүк ж.б.) ээ, булар алардын дарылык таасирин аныктайт.
Бирок Кыргызстандагы гидроминералдык ресурстук база өз мүмкүнчүлүктөрүнүн төрттөн биринен ашык колдонулбай жатат. Бул маселелердин себептери — экономикалык шарттар (мамлекеттин каражатынын жоктугу, инвесторлордун кызыкдар эместиги, жергиликтүү капиталдын активдүүлүгүнүн төмөндүгү) жана запастар, сапат, геотехникалык шарттар жөнүндө маалыматтын толук эместиги жана жетишсиз жайылышы.
1960-жылдардан бери суу жетишсиздиги байкалууда, Амударья, Сырдарья, Или жана Тарим дарыялары Арал деңизине жана Балхаш, Манас, Лобнор, Иссык-Куль көлдөрүнө жеткенде кургап жатат. Ошондуктан бул дарыялардын бассейндеринин чөлгө айлануу процесси өнүгүүдө. Тоолордун боорундагы курактап бараткан токой жана терс өзгөргөн өсүмдүктөр региондогу суу балансын терс таасир этет. Өсүмдүк жана токой каптоосунун кыскарганынан келип чыккан түздөн-түз таасир катары таза жаан-чачын жана буулануу деңгээли төмөндөшү мүмкүн. 1980-жылдары Иссык-Куль бассейни боюнча жүргүзүлгөн климаттык, гидрологиялык жана муз изилдөөлөрүнүн натыйжаларына негизделип, бул бассейнде суунун кыскаргандыгы климаттык өзгөрүүлөрдөн да болуп жаткандыгы жыйынтык чыгарылган.
