Кыргызстан аймагында 750 көл, суу сактагыч жана кичинекей саздар эсептелген, жалпы аянты 6836 км2, т.е. республика аймагынын 3,4%ын ээлейт. Алардын ичинен 16 көл жана 11 суу сактагычтын аянты 1 км2ден ашат. Көптөгөн көлдөр кичинекей, айна бетинин аянты 0,02—0,2 км2. Негизинен, көлдөр бийик тоолуу зонада, мөңгүлөрдүн учунда, 3000—4000 м бийиктикте жайгашкан.
Кыргызстандын эң ири көлү — Ысык-Көл. Бул дүйнөдөгү эң ири тоо көлдөрүнүн бири. Тескей Ала-Тоо жана Кюңгёй Ала-Тоо чокуларынын ортосундагы тектоникалык чөкмөдө жайгашкан. Суу деңгээлинин абсолюттук бийиктиги 1607 м, суу айнасынын аянты — 6236 км2, максималдуу тереңдиги — 668 м, орточо тереңдиги — 278,4 м, көлдүн узундугу — 178 км, максималдуу туурасы — 60 км, орточо туурасы — 35 км, суу көлөмү — 1738 км3, жээк сызыгынын узундугу — 688 км. 19-кылымдын ортосунан 20-кылымдын аягына чейин (1856 — 2000) көлдөгү суу деңгээли 8,5 м төмөндөгөн. 80-жылдардын аягында суу деңгээлинин калыбына келиши байкалган (3 смден 13 смге чейин). Ысык-Көл — тоңбой турган көл жана термикалык режим боюнча субтропикалык типке кирет, бирок орто климаттык зонада жана деңиз деңгээлинен жогору турган бийиктикте жайгашкан. Жылдык температуранын өзгөрүшү оң маанидеги маанилерде (20°Сден 4°Сге чейин) болот. Суунун минералдаштырылышы 5,97‰ же литрге грамм. Учурда көлгө жыл бою 30дан ашык дарыянын суулары агып келет. Суу балансында атмосфералык жаан-чычыктар чоң үлүшкө ээ. Жер астынан келген суу аз. Суу балансында чыгымдын бөлүгүндө буулануу өзгөчө роль ойнойт. Дарыянын агымы сугат үчүн колдонулат, бирок кайтарылган суулар кандайдыр бир жол менен көлдүн чашаасына келип түшөт. Ысык-Көлдө учурда 22 балык түрү жашайт, алардын 10у башка суу жайларынан алып келинген, ал эми 12си — аборигендер. Алып келинген жана акклиматизацияланган түрлөр, көлдө өсүп, жергиликтүү түрлөргө терс таасирин тийгизди. Ысык-Көл — Евразиядагы эң ири суу жайларынын бири, анда көптөгөн (жана көп) суу жаныбарлары кыштайт. Жаз мезгилинде көл эс алуу үчүн өтө ыңгайлуу.
Экинчи ири көл Сон-Көл, Молдо-Тоо, Сонкёл-Тоо жана Боор-Алба чокуларынын ортосундагы тоо чөкмөсүндө жайгашкан. Суу деңгээли 3016 м деңиз деңгээлинен жогору. Суу айнасынын аянты — 270 км2, эң чоң тереңдиги 22 м (расмий кабыл алынган 15,1 мден көп), орточо тереңдиги — 9,2 м, көлдүн узундугу — 29 км, эң чоң туурасы — 18 км, орточо туурасы — 9,6 км, суу көлөмү 2,64 км3, жээк сызыгынын узундугу 96 км. Сонкөлдө суу таттуу, көл дренаждык — Кажырты дарыясына агып чыгат. Сонкөл көлүнүн бассейнине 18 дарыя жана булагы агып кирет. Суунун минералдаштырылышы 0,3—0,4 г/л. Суу деңгээли туруктуу. Октябрдын аягында — ноябрдын башында тоңуп, апрелдин аягында эрийт. Температуранын амплитудасы 0°Сден 12°Сге чейин. Термикалык режим боюнча Сонкөл орто зонадагы көлдөргө кирет. Жылы мезгилде бул жакка суу жаныбарлары (66 түр) учуп келишет. Сонкөл — индий гусунунун уя салуучу жери. Табиятынан Сон-Көл — балыксыз көл. Бирок акыркы 30—35 жылда акклиматизацияланган балык түрлөрү, пелядь, сиг жана Ысык-Көлдүн аборигени жылаңач осман (көк-чаар) болуп калды.
Суу айнасынын аянты боюнча үчүнчү Чатыр-Көл, Ат-Башы жана Торугарт-Тоо чокуларынын ортосунда, Ак-Сай өрөөнүнүн батышында жайгашкан. Суу деңгээли 3520 м деңиз деңгээлинен жогору. Көлдүн аянты — 161,1 км2, эң чоң тереңдиги — 19 м, үстөмдүк кылган тереңдиктер — 2—3 м. Көлдүн узундугу 22,8 км, эң чоң туурасы 10,5 км, орточо туурасы 7,4 м, суу көлөмү 0,85 км3, жээк сызыгынын узундугу — 58,5 км. Суу чогултуу аянты 1050 км2. Көлгө Кёк-Айгыр дарыясы жана дагы 23 кичинекей дарыя жана булагы агып кирет. Бул дренаждык көл, бирок суунун минералдаштырылышы таттуу сууга жакын (2 г/л). Соңку 100 жылдан ашуун убакытта көлдүн деңгээли дээрлик 4 м төмөндөгөн. Октябрдан апрелге чейин муз менен жабылган, катаал кыштарда анын калыңдыгы 1,5 мге жетет. Ихтиофауна кичинекей суу организмдеринен турат, балык жок. Жылы мезгилде суу жаныбарлары учуп келишет.
Сары-Челек — Кыргызстандагы эң кооз көлдөрдүн бири, чөкмө келип чыгышы бар. Кожо-Ата дарыясынын бассейнине, Чаткал чокусунун түштүк-чыгыш капталында жайгашкан. Суу деңгээли 1878 м деңиз деңгээлинен жогору. Суу айнасынын аянты 4,92 км2, көлдүн узундугу 7,5 км, эң чоң туурасы 2280 м, орточо туурасы 650 м. Эң чоң тереңдиги 234 м, орточо тереңдиги 98 м. Изилдөөчүлөрдүн пикири боюнча, көлдүн чашаасы 10 миң жыл мурун тоо кулагандыктан пайда болгон. Кулаган жер Сары-Челек дарыясынын өрөөнүн тосуп, жогору жагында чоң көлөмдө суу топтолгон. Дамба астынан Тоскоол дарыясы агып чыгат. Жээк сызыгы абдан татаал, тешиктүү жана тик. Суу деңгээли сезондук өзгөрүүлөргө ээ — эң жогорку деңгээл май айында, эң төмөнкү деңгээл декабрда. Декабрдын аягында тоңуп, апрелде эрийт. Жазында суунун температурасы 19,8°Сге жетет, ал эми кышында 4°Сден 0°Сге чейин өзгөрөт. Суу аз минералдашкан, 200—500 мг/л жетет. Сууда: маринка, сазан жана башка балык түрлөрү жашайт. Көлдүн айланасында кооз ландшафттар, дарактуу өсүмдүктөр бар. Рекреациялык ресурстарга бай. Дүйнөлүк маанидеги биосфералык коргоо аймагы уюштурулган.
Мөңгүлөр менен байланышкан көлдөр арасында өзүнүн режиму боюнча кызыктуу Мерцбахер көлү, Түштүк жана Түндүк Энилчек мөңгүлөрүнүн ортосунда жайгашкан. Көлдүн чашаасы муздан турат, жыл сайын мөңгүлөрдүн эриген суулары менен толукталып, жыл сайын жайдын аягында Түштүк Энилчек мөңгүсүнүн астынан агып чыгат, Энилчек дарыясында орточо жылдык суу агымынан 10 эсе көп суу агып чыгарат.
Келечектеги жылдын жайына чейин толуп, мурдагы деңгээлге жетет. 5—6 күнгө созулган агып чыгуу август айына туура келет, кээде сентябрда да болот. Көлдүн суу деңгээли 3304 м бийиктикте, узундугу 4 км, туурасы 1 км, суу айнасынын аянты 4,5 км2. Бул маалымат убакыттын өтүшү менен өзгөрүп турат, мөңгүлөрдүн абалына жараша.
