Чүй өрөөнүндөгү көлдөр жана алардын тоолор менен курчалган чөйрөсү салыштырмалуу аз, жана баары кичинекей. Кыргыз тоолорунда бир нече ондогон тоо көлдөрү бар. Алардын басымдуу көпчүлүгү өтө кичинекей көлдөр, диаметри 0,1-0,2 кмден ашпайт. Көлдөрдүн негизги массасы 3000-3500 м бийиктикте жайгашкан. Алар мөңгүлөрдүн жана кардын эриген суулары, ошондой эле жамгыр суларынан толукталат. Ысык-Ата дарыясынын бассейнине 0,09 км² жалпы аянты бар үч көл кирет. Алардын ичинен ири көлдөр Кок-Мойнок, бийиктиги - 2723 м, Кара-Коль - 2873 м жана Ак-Коль - 3114 м. Аламюдюна дарыясынын бассейнине 0,3 км² аянты бар бир нече көлдөр курулган. Ири көл - Кольтер Кегетинский бийиктиги 2733,6 м. Узундугу 0,7 км, туурасы 0,5 км, аянты 0,2 км² көлдүн дамбасы чоң моренно-обвальный түзүлүш. Көлдүн суулары, дамбанын денесинен фильтриленип, анын бутунда күчтүү булагы түрүндө чыгат. Булагы чыккан жеринде терең жыртылуу пайда болгон, ал дамбанын денесине тереңирээк кирүү тенденциясына ээ. Мындан тышкары, көп сууга толгон, нымдуу жылдарда көлдүн беттик агымы да бар экендиги тууралуу маалыматтар бар (мисалы, 1979-жылы ошондой болгон). Бул эки жагдай Кольтор көлүнүн катастрофалык жарылышын мүмкүн кылат.
Чүй өрөөнүнүн жазык бөлүгүндө, айрыкча БЧКнын түндүгүндө, бир нече кичинекей жасалма суу сактагычтар бар. Алар балыктардын өсүшүндө белгилүү роль ойнойт. Алардын эң маанилүүлөрү төмөнкү жана жогору Ала-Арча суу сактагычтары, Спартак, Сокулук, Комсомол көлдөрү ж.б. Көптөгөн бул көлдөр жана суу сактагычтар, айрыкча Бишкек шаарынын айланасында, шаардыктардын эс алуучу жайы катары кызмат кылат.
Акырында, Чүй өрөөнүндөгү дарыялар тоо ландшафттарынын ажырагыс элементтери болуп, бардык жагынан өтө кызыктуу. Бул кызыгуунун себеби, алардын аркылуу тоолорду изилдөө; суу ресурстарын пайдалануу, жолдорду, эс алуу үйлөрүн куруу, ар кандай спорттук-туристтик иш-чараларды өткөрүү ж.б. Ошондой эле, дарыянын өрөөндөрүндө тоолордо ар кандай табигый кырсыктар болот: селдер, обвалдар, оползни, ташкындар, кар көчкү, суу ташкындары ж.б. Ошондуктан, тоо өлкөлөрүн изилдөө жана тоолордо болгон бардык адамдар үчүн тоо дарыяларынын режимин жана өзгөчөлүктөрүн, алардын өрөөндөрүнүн түзүлүшүн билүү өтө маанилүү.
