Эми фонд мурда президенттик структуралардын карамагында болгон, НАН КРнын Б.Джамгерчинов атындагы Тарых, археология жана этнология институтунун курамында иш алып барат. Бул чечим институттун изилдөө мүмкүнчүлүктөрүн күчөтүүгө жана өлкөнүн маданий мурасын жана тарыхын изилдөө менен байланышкан илимий багыттарды өнүктүрүүгө багытталган.
Тарых институтуна жаңы жарлыкка ылайык ички процедураларын адаптациялоо жана фондду толук интеграциялоо үчүн зарыл болгон уюштуруу чараларын кабыл алуу тапшырылды.
Мындан тышкары, 2012-жылдын 25-апрелиндеги № 94 жарлык өзгөртүлдү: эми фонддун ишмердүүлүгүн көзөмөлдөө функциялары президенттин аппаратынан НАН КРнын Тарых институтунун директоруна түздөн-түз өткөрүлдү. Ошондой эле методологиялык жана аналитикалык коштоого жооптуу органдарга байланыштуу кээ бир структуралык позицияларда өзгөртүүлөр болду.
