Шамси капчыгайы Бишкек шаарынан 120 км жана Токмак шаарынан 60 км түштүктө жайгашкан. Бул капчыгайдын жээктери абдан тар жана тик. Капчыгайдан Шамси аттуу агымдуу тоо дарыясы өтөт. Капчыгайда арча жана башка түбөлүк жашыл дарактар өсөт, алар мыкты токой жытына ээ. Тянь-Шань арчалары жана карагайлары бул жерде табигый токой менен көрсөтүлгөн.
Бул капчыгайдын көрнекүүлүгү Туюк-Кельтор көлү болуп саналат, ал Туюк дарыясынын жогорку бөлүгүндө жайгашкан. Көлдүн жалпы аянты 0,2 кв. км. Шамси капчыгайында ошондой эле Чон-Кельтор дарыясында каскад түрүндө жайгашкан шаркыратмалар бар. Бул дарыя Шамси дарыясынын оң куймасы болуп саналат.
Капчыгай флора жана фауна боюнча чоң ар түрдүүлүккө ээ.
