В 1878 году по инициативе муфтия Казани несколько татарских семей были направлены в Среднюю Азию, на побережье Иссык-Куля. Среди них были как знатоки Корана, так и мастера строительства мечетей. Некоторая часть этих семей осела в Караколе, в то время как другие направились в ближайшие сёла, такие как Тамга, Саруу и Ак-Суу, где они начали передавать местным жителям основы ислама.
Строительство мечети началось в Караколе летом 1878 года под руководством имама Мухтарулло Баширова. Фундамент возводился на протяжении девяти лет, и полностью завершённая мечеть открылась в 1887 году благодаря щедрым пожертвованиям местных жителей. Основным строительным материалом послужили дерево и специальный кирпич, изготовленный из глиняной смеси с добавлением яичного желтка, а крыша была покрыта прочным железом.
Дерево для строительства доставляли с лесопильного завода, основанного татарскими бизнесменами в посёлке Жаргылчак. Мечеть могла одновременно вместить более 1000 прихожан и имела просторные залы для мужчин, женщин и детей, а также учебные помещения. По обе стороны от главного здания были установлены два минарета: один высотой 31 метр, другой — 20 метров.
Согласно исламским традициям, при мечети функционировало медресе, ставшее значимым образовательным центром, где обучались как татарские дети, так и представители других мусульманских народов, включая кыргызов, уйгуров и узбеков.
В 1901 году мужской мектеб, основанный при мечети в 1868 году, начал использовать новый метод обучения, который сочетал религиозное и светское образование. Уроки проводились на татарском языке. По состоянию на 1906 год, ученики были разбиты на два класса с четырьмя отделениями, а обучение длилось четыре года.
Однако после революции 1917 года судьба мечети резко изменилась. В 1930-х годах её закрыли и переоборудовали под другие нужды. Очевидцы вспоминают, что в 1939 году при большом скоплении людей были разрушены два минарета. Золотые полумесяцы исчезли, а строительные материалы были расхищены. Местные жители рассказывают, что многие из тех, кто участвовал в разрушении, через два года страдали от паралича и умирали в муках.
С распадом Советского Союза в 1991 году мечеть была восстановлена, крыша заменена, и она вновь открылась для прихожан. В 1999 году община присвоила ей имя первого имама — Мухтарулло Баширова, который служил в этой мечети до 1935 года.
По словам завхоза мечети Насыра Наказбекова, ранее на втором этаже располагалось медресе, где обучались дети, а первый этаж использовался для молитв.
«Мечеть вмещает около 2000 человек. Несмотря на то, что в советский период здание использовалось как кинотеатр и зал для заседаний, его первоначальный облик сохранился, что является большим плюсом», — отметил он.
Мечеть быстро стала ключевым элементом культурной и социальной жизни татарской диаспоры в Караколе. Она расположена в центре города и, вместе с медресе и торговыми лавками, символизирует традиционный уклад жизни татарской общины.
