Город расположен в предгорьях Тянь-Шаньского хребта у подножья небольших гор Аюб-Тау на высоте 763 м над уровнем моря в Когартской долине. Расстояние до столицы Киргизии Бишкека ~605 км. В 105 км юго-западнее расположен город Ош. Климат субтропический, сухой, с жарким до +43˚С летом, солнечной осенью с редкими ливневыми дождями и теплой зимой с повышенной влажностью и средней температурой около 0˚С. Относительная влажность с июня по октябрь небольшая — 30 %, в жаркие летние месяцы ещё ниже. Осадков за год выпадает около 460 мм. Удаленность от значительных водных пространств обуславливает континентальность и засушливость климата. Среднегодовая температура составляет +13°С, в июле +25 +30°С, в январе −3 −5°С.
Местность, в которой расположен город, широко известна минеральными источниками, а также лечебной грязью.
Возник он как кишлак возле целебных источников расположенных на горе Аюб-тау над Кугартской долиной которые посещали больные со всей Ферганской долины. В начале XIX века здесь была построена крепость Кокандского ханства. Местные жители обслуживали паломников к минеральным источникам и занимались сельским хозяйством. С ростом населения кишлака в нем появились мастеровые: гончары, ремесленники, развивались кустарные мастерские, которые впоследствии дали начало небольшим перерабатывающим предприятиям.
В 1870 году, в городе появились российские переселенцы, пришедшие вместе с российским гарнизоном. Был построен военный госпиталь. С 1876 Джалал-Абад — в составе Кокандского уезда Ферганской области Российской империи, с 1877 получил статус города. К этому же времени относится и первое упоминание о поселении с названием Джeлалaбад в официальных исторических документах.
В 1915 году был открыт участок железной дороги Андижан — Карасу — Джалал-Абад. Линия являлась частной и была построена Обществом Ферганской железной дороги. После революции 1917 года железнодорожная линия была национализирована.
В середине 1918 года басмачи Мадамин-бека вместе с остатками белой армии захватили Ош и Джалал-Абад. В ответ на это войска под командованием Михаила Фрунзе выехали на юг Киргизии и к концу 1919 года выдавили отряды басмачей в горы. 27 мая 1920 года Михаил Васильевич Фрунзе выступал на железнодорожной станции перед рабочими железнодорожниками и послал телеграмму № 00031 Владимиру Ильичу Ленину о положении в Туркестане, о чем повествует памятная табличка на здании ж/д вокзала.
В 1928 году был введён в эксплуатацию участок железной дороги Джалал-Абад — Багиш (протяжённость 14 километров), в 1932 году ж/д линию продлили до Кок-Янгака (протяжённость 15 километров), для обеспечения Джалал-Абада и Узбекистана углем.
С 1935 года действует педагогический техникум.
На протяжении длительного времени станция Джалал-Абад была конечным пунктом маршрутов пассажирских поездов дальнего следования в Ферганской долине. До станции Кок-Янгак следовали только пригородные поезда, на участке Карасу — Ош) также курсировали только пригородные поезда, а с 1978 года движение прекратилось (несмотря на то, что город Джалал-Абад в то время был одним из районных центров Ошской области, и численность населения Джалал-Абада была в несколько раз меньше численности населения Оша). Среди причин — наличие в Джалал-Абаде пункта технического обслуживания локомотивов и мастерских для экипировки вагонов, чего никогда не было в Оше, лёгкий профиль пути на участке Карасу — Джалал-Абад, а также, вероятно, дань традиции — станция Джалал-Абад возникла раньше, чем станция Ош. Город Джалал-Абад исторически является основными «железнодорожными воротами» региона.
