В несколько более ограниченном положении находятся водные маршруты. Дело в том, что очень многие горные реки позволяют совершить по ним сплав на байдарках, катамаранах и даже на плотах, но протяженность их так мала, что для сплава с лихвой хватает одного дня (скажем, воскресенья). Это снижает возможность их использования. И лишь крупные реки дают возможность совершать по ним сложные и интересные маршруты. Водная комиссия федерации туризма Кыргызстана освоила и рекомендует следующие водные маршруты по республике:
1. Большой Нарын (до гор. Нарын). 150 км, 12—15 дней, 6-ой категории сложности, средний уклон—10— 15 м/км, сезонность — август — октябрь.
2. Нарын (до Казармана). 200—220 км, 8—10 дней, 3—4 категории сложности, средний уклон — 3—4 м/км, сезонность — май — октябрь.
3. Нарын (до Кёкёмерена). 230—250 км, 8—15 дней, 6-ой категории сложности, средний уклон — 4—6 м/км, сезонность — май — октябрь.
4. Малый Нарын (до реки Нарын). 150 км, 10—12 дней, 6-ой категории сложности, средний уклон—10— 12 м/км, сезонность — август — октябрь.
5. Чон-Кемин 1. 120 км, 18—20 дней, 6-ой категории сложности, средний уклон —20—25 м/км, сезонность — август — октябрь.
6. Чон-Кемин 2. 50—60 км, 3—4 дня, не классиф., средний уклон—10—12 м/км, сезонность — май — октябрь.
7. Зап. Каракол — Кёкюмерен. 110 км, 8—10 дней, 6-ой категории сложности, средний уклон —20 м/км, сезонность — август — октябрь.
8. Талас. 120 км, 8—10 дней, 3—4 категории сложности, средний уклон—5—8 м/км, сезонность — май — октябрь.
9. Чаткал 1. 80—90 км, 3—4 дня, не классиф., средний уклон — 5—6 м/км, сезонность — май — ноябрь.
10. Чаткал 2. 120—180 км, 4—5 дней, 6-ая категория сложности, средний уклон—15—18 м/км, сезонность — май — ноябрь.
11. Чу. 100—120 км, 4—6 дней, не классиф., средний уклон — 10—12 м/км, сезонность — май — октябрь.
Остальные реки, хотя многие из них и интересны, но из-за своей малой протяженности пригодны лишь для тренировки.
