Зона «Афлатун» расположена на юго-восточных склонах Чаткальского хребта и занимает бассейн реки Афлатун — самого крупного правого притока реки Кара-Суу в Джалал-Абадской области. Расстояние от города Ош до зоны составляет около 320 км по автотрассе, ведущей в с. Афлатун.
От селения Афлатун вверх по течению реки проложена грунтовая дорога, которая доходит до Батраханского лесного заказника Афлатунского лесхоза. Заказник раскинулся на площади 304 га на склонах ущелья реки Афлатун с высоты 1500 м до 2500 м. Он организован в 1975 г. для охраны участка леса из пихты Семенова — эндемика Тянь-Шаня. Пихту Семенова можно увидеть только в Киргизии, ни в одном другом месте земного шара она не растет. Это дерево удивительно красивое, имеет густую пышную вечно зеленую хвою и достигает высоты 30 м.
Располагается пихта преимущественно на теневых склонах крутизной свыше 30 градусов, может расти на каменистых почвах, но требует хорошего увлажнения. На юге Киргизии, в Чаткальском хребте сохранились целые леса из пихты Семенова. Обычно она растет совместно с елью. Очень ценится древесина пихты, значительно превосходящая по своим качествам еловую. Она — светлая, мягкая, но очень прочная. Кроме того, из пихтовой смолы изготавливается бальзам, залечивающий раны, а из хвои — эфирное масло, используемое в парфюмерной и фармацевтической промышленности.
В районе заказника в Афлатун справа впадает приток Уу-Тор. У места слияния громоздится мощная башня из выветренных песчаников высотой около 300 м. Эта скала очертаниями напоминает среднеазиатскую крепость, подножие которой обрамлено тысячелетними, в несколько обхватов, деревьями грецкого ореха. Сквозь их густую крону кое-где пробиваются островерхие вершины пихты Семенова. В верховьях Туюка — притока Уу-Тор — находится живописный водопад. Вода падает со скальной стены высотой в несколько десятков метров.
Там, где в Афлатун впадает его правый приток Итагар, располагаются интересные скальные «ворота» шириной до 20 м. Ущелье Афлатун очень красиво. Его дно и почти весь северный склон скрыты под густым пихтовым лесом. Южный склон покрыт зарослями эремурусов. Повсеместно встречаются крутые скальные стены из известняков, нависающих огромными глыбами.
Очень привлекательное место слияния Афлатуна и его притока Ой-Алма, расположенное примерно в 10 км выше заказника. Здесь долина широко распахивается и радует взор сочными зелеными лужайками и еловым лесом. Левый склон Ой-Алмы более пологий со следами оползней и обвалов. Крутой правый склон зарос елями. В верховьях оба ущелья значительно сужаются — здесь начинается царство альпийских лугов. Из верховий Ой-Алмы через перевал Кулдам-Бес (2800 м) в зону «Сары-Челек» ведет единственная в своем роде «малиновая тропа», названная так из-за густых зарослей малины, протянувшихся на большое расстояние.
В верховьях притока Уу-Тор в 25 км от заказника имеются несколько интересных перевалов через главный водораздел Чаткальского хребта: Афлатун Западный (3370 м), Солнечный (3620), Афлатун Средний (3364 м). Перевалы через южные отроги — 30 лет Ташкентского тракторного завода и Ошских туристов — ведут в бассейн реки Падша-Ата. Высшая точка осевого гребня Чаткальского хребта в пределах зоны достигает 4340 м.
В зоне имеется охотничье хозяйство Афлатун, где по лицензиям можно производить отстрел кабанов, козерогов, кекликов, зайцев.
