Чуйская долина имеет развитую речную сеть. Особенно густо речная сеть развита на северных склонах Кыргызского Ала-Тоо. Большая часть этих рек относится к бассейну р. Чу. Малые реки северо-западной части хребта при выходе из гор теряются на безводной равнине. Главной водной артерией является река Чу. Площадь водосборного бассейна — более 50 тыс. км2. Длина реки вместе с рекой Джоон-Арыком 140 км., а в пределах Чуйской впадины - 237 км.
По гидрографическим особенностям и условиям формирования стока бассейн реки Чу подразделяется на три части: верхнюю - от истока до выхода из Боомского ущелья, среднюю - в пределах Чуйской впадины и нижнюю, охватывающую пустыни Казахстана, с преимущественным рассеиванием стока.
Река Чу образуется слиянием рек Кочкор и Джоон-Арык у с.Кочкорки и направляется к северо-востоку, а затем прорывается узким ущельем длиной 4-5 км через хребет Кара-Коо и выходит в долину Орто-Токой, где сооружено одноименное водохранилище. Через тоннель, длиной около 650 м вода водохранилища подается в реку, которая направляется к западной части котловины оз. Иссык-Куль, отделяясь от него низменной полосой шириной 10 км. У г. Балыкчы река поворачивает на запад и протекает через горную долину шириной 1,0-1,5 км, затем вступает в глубокое и узкое Боомское ущелье, протяженностью 22 км при ширине 100-150 м. Здесь река Чу слева принимают в качестве притоков Байдамтап, Конгорчоак, Сулуу-Терек и др. У выхода из Боомского ущелья в реку Чу впадает его самый крупный правый приток Чонг-Кемин. Дальше река выходит в Чуйскую впадину и принимает свой второй правый приток Кичи-Кемин. От Боомского ущелья река Чу на протяжении более 10 км протекает в относительно узкой долине, прижимаясь больше к левому склону так, что ровные пространства террас развиты преимущественно по правому берегу. Пойма здесь представлена прерывисто. Между выходом из Боомского ущелья и п.г.т. Кемин в поперечном профиле долины намечаются кроме поймы еще 5 террас высотами 5, 15, 20, 65 и 80 м над уровнем реки (М.М. Решеткин, 1933). В районе п.г.т. Кемин по обоим берегам реки развиты три нижних террас. При прослеживании склонов террас вниз по течению наблюдается последовательное, более или менее закономерное их отступание от реки, уменьшение высоты и все большая сглаженность. Западнее п.г.т. Кемина долина реки Чу сильно расширяется. Пойма приобретает значительное развитие, достигая местами более 1 км ширины, а сама река разветвляется здесь на блуждающие рукава и протоки. Падение реки по И.С. Щукину (1983) также сильно уменьшается (от 0.0098 ниже выхода из Боомского ущелья до 0,0040 у Токмока и ниже вплоть до Константиновского моста) Русло реки Чу извилистое, его ширина в створе г. Бишкек 30-35 м. Глубина вреза реки 0,3 — 2,1 м.
Ниже г. Токмок до Чемючской (Чумышской) плотины долина реки Чу расширяется до 2-3 км, сильно заболочена и характеризуется обильными выходами «кара-суу». Самый крупный из них - Красная речка (Кызыл-Суу). Реки Красная на левом берегу р. Чу и Черная на правом (в Республике Казахстан) имеют в основном питание грунтовыми водами. За Чемючскими скалами река Чу продолжает свое течение по широкой долине, которая сужается за гребнем Ыйык-Тоо. Ниже этого гребня р. Чу теряется в песках Моюн-Кума.
Река Чу относится к рекам ледниково-снегового питания, для которых характерно наличие двух подъемов уровня воды. Первый из них весенний вызывается таянием снега в нижней части водосборного бассейна, и второй летний — более длительный и мощный подъем воды происходит от таяния вечных снегов и ледников в высокогорьях. По данным Джел-Арыкского гидропоста, средний многолетний годовой расход воды в верхнем течении - 31,0 м3 сек., а в Чуйской долине 53,5 м3 сек. Максимальный расход, наблюдаемый в летний период, составляет 210 м3 сек., а минимальный зимний расход равен 4,3 м3 сек. Наименьший средний годовой расход р. Чу 45,3 м3 сек., зарегистрирован в 1946 г. Наибольший расход в размере 65,5 м3 сек отмечен в 1934 г.
Меженный период, приходящийся на холодный период года, характеризуется, как правило, относительно невысокими расходами и отсутствием интенсивных колебаний расходов. В это время сток поддерживается практически целиком за счет поступления в русловую сеть подземных вод.
Воды реки Чу используются для орошения равнины Чуйской впадины при помощи выведенных из реки магистральных каналов (БЧК и др.). Река Чу располагает большими гидроэнергетическими возможностями.
В Чуйской впадине река Чу принимает свои многочисленные левые притоки. Некоторые из них не доходят до р.Чу. Большинство этих притоков заложены в высокогорьях северного склона Кыргызского Ала-Тоо.
Основную роль в гидрографии хребта играют реки, представляющие типичные горные водотоки с бурным течением и энергичной разрушительной деятельностью. Несмотря на сравнительно незначительную величину русел большинства рек, долины их в горах представляют глубокие ущелья (Шамшы, Ысык- Ата, Аламюдюн).
По характеру питания и расположению истоков все реки, стекающие с северного склона Кыргызского Ала-Too относятся к типу ледниково-снегового питания. Это левые притоки р. Чу - реки Шамшы, Кегети, Ысык-Ата, Аламюдюн, Ала-Арча, Сокулук, Ак- Суу, Кара-Балта и др. Истоки их лежат на высоте более 3500 м, основную роль играют талые ледниковые воды. Но в формировании стока участвуют также атмосферные осадки и подземные воды. Для режима рек этого типа характерны два максимума расхода - весенний, связанный с таянием сезонных снегов и длительное летнее половодье, которое, в связи с энергичным таянием ледников проявляется бурно, особенно в июле-августе. Высокое стояние воды у этих рек наблюдается довольно продолжительное время - с апреля до сентября.
Среднегорные реки, истоки которых расположены на высоте 3000-3200 м, питаются в основном атмосферными осадками и сезонными снегами, а также подземными водами. В большинстве случаев они берут начало от родников, выходящих по шву разлома земной коры или по трещинам горных пород. К ним относятся реки северного склона Кыргызского хребта Кызыл-Суу, Алчалу, Талды- Булак, Норус, Джыламыш, Каингды и др. В основном это небольшие горные реки с крутым падением и быстрым течением - длиной не более 15-20 км. Паводки указанных рек наступают весной с таянием зимних снегов и протекают бурно, но кратковременно. Летом они маловодны.
В реках берущих свое начало в низкогорьях, предгорьях Кыргызского хребта вода появляется лишь весной во время выпадения осадков, а летом они пересыхают.
Большинство этих рек оканчивается слепыми устьями на предгорной равнине Чуйской долины. В таблице 10 приводится гидрографическая характеристика крупных рек, стекающих с северного склона Кыргызского хребта.
Из левых притоков р. Чу самым крупным водотоком является река Шамшы. В верхнем течении она протекает по узкому ущелью и выходит в Чуйскую долину. Туюкским и Кольторским отрогами долина р. Шамшы разделена на три части - бассейны Туюка, Ат-Джайлоо и Кель-ора. Общая длина реки Шамшы 58 км. Площадь водосборного бассейна реки 457 км2. Среднегодовой расход воды 5,68 м3 сек, максимальный - 29,4 м3 сек, минимальный -1,13м3 сек. Самый крупный приток реки Шамшы - это Туюк. Его длина 24 км, а площадь водосборного бассейна - 132 км2.
Река Шамшы по выходу из гор на равнину образует огромный конус выноса, становится маловодной (разбирается на орошение и теряет воду путем фильтрации в рыхлые отложения) и примерно на расстоянии 25 км от горного устья частично впадает в реку Чу.
Река Кегети берет свое начало у ледников Кыргызского хребта и выходит в Чуйскую впадину. Меридиональные отроги Ат-Джайлоо и Кольтор делят бассейн Кегети на три части Ат-Джайлоо, Кегети и Кольтор. Верхнее течение реки узкое, русло каменистое и порожистое. Имеется водопад. Вода низвергается с уступа с высотой 16 м. У выхода из гор в равнину, река расширяется на 1 - 1,5 км и образует конус выноса, не доходя до р.Чу теряется в рыхлых отложениях Чуйской впадины. Крупный приток реки Кегети, река Кольтор, берет свое начало из-под глетчера ледника Анастасии. Длина реки — 17 км.
Река Ысык-Ата. Исток реки заложен в ледниках верховьев Ысык-Аты. Отроги, отходящие от осевого гребня Кыргызского Ала-Тоо, делят реки на ряд частных бассейнов, среди которых наиболее важными являются бассейны собственно Ысык-Аты, Бытыя, Кок- Мойнока и Туюка. Благодаря расположению почти всей водосборной части бассейна в высокогорной зоне в области ледников, р. Ысык-Ата имеет хорошо выраженный ледниковый тип питания.
В горной части река принимает множество притоков (Туюк, Бытый и др.), а на равнинной - ни одного. Многие притоки реки Ысык-Аты характеризуются быстринами, имеются водопады (Ысык- Ата). Летом воды реки доходят до нижней карасучной зоны и частично впадает в реку Чу. На реке Ысык-Ата (у выхода из гор на равнину построено небольшое водохранилище. Из него выводится несколько оросительных каналов.
Река Аламудун берет свое начало с ледников центральной части Кыргызского хребта, хотя по среднегодовому расходу воды немного уступает р. Ысык-Ата. Системой отрогов гор верховья реки Аламюдюн разделены на три бассейна - Алтын-Тора, собственно Аламюдюна и Ашуу-Тора. Особняком расположены бассейны, притоков Аламюдюна - Чункурчака и Салыка. Верховье реки Аламюдюн представляет торговую долину, а ниже становится узкой, шириной 30-40 м. Русло прижато к крутому левому склону долины. Здесь имеется горячий источник Жылуу-Суу (Теплые ключи). Далее река Аламюдюн пропиливает горы Шекули, где образует каньоновидное ущелье глубиной 200-300 м. В предгорьях река течет спокойно, образует широкую долину с террасовыми уступами; а ниже плотины - конус выноса.
На предгорной равнине, река, прорезая свой конус выноса, протекает в укрепленной цементной плиткой русле в восточной части г. Бишкека и впадает в реку Чу.
Длина реки Аламюдюн 77 км, площадь водосборного бассейна 317 км2 Среднегодовой расход воды больше, чем у р. Ала-Арча и равен 6,36 м3 сек., максимальный - 27,9 м3 сек, минимальный - 0,88 м3 сек.
Река Ала-Арча берет свое начало из-под морены Большого Ала-Арчинского ледника и течет на север. С востока она принимает ледниковые речки Джинди-Суу, Топ-Карагай, Теке-Тор и Аксай, с запада Адыгене. После впадения правого притока Кашка-Суу, река, выходя во впадину Байтыка расширяется. Русло реки разбивается на рукава (ниже плотины). Далее река Ала-Арча вступает в пределы предгорий (Байтык, Босболток), образует широкую плоскую долину с тремя террасовыми уступами. Русло реки прижато к правому склону предгорий. Затем, выходя из предгорий, образует конус выноса и протекает в укрепленном галечной кладкой русле и лишь в многоводные годы доходит до р. Чу.
На реке Ала-Арча построено одноименное водохранилище. Из него выводится множество магистральных каналов, которые орошают обширные земли Чуйской долины.
Река Сокулук берет начало у многочисленных небольших ледников Кыргызского хребта. Три коротких отрога делят верховья р. Сокулука на четыре частных бассейна -Туюк-Тора, Ашу-Тора, Кичи-Тора и Чон-Тора. Главной рекой из них является Чон-Тор. Образуется слиянием Чон-Гора и Кичи-Тора.
Верховье бассейна р. Сокулук отличается значительной расчлененностью. В среднегорье, примерно с высоты 3000 м, долина превращается в ущелье - каньон - крутосклонный врез глубиной 500-700 м. Здесь река течет бурно, пенится, имея крутое падение и большую скорость. Река Сокулук выходит из гор в равнину у села Белогорка течет на север. Па равнине ниже с. Сокулука река несколько пополняется родниками - Кара-Суу и доходит лишь в многоводные годы в реку Чу. Вода реки полностью разбирается на орошение и является крупным источником водоснабжения.
Река Ак-Суу наряду с бассейном Шамшы относится к числу наиболее обширных бассейнов Кыргызского хребта. Она образуется от слияния двух потоков - приходящего с юго-востока Джар-Таша и с юго-запада Чон-Таша. Крупными притоками в горной части являются: Джарды-Суу, Темене, Ак-Башат, Буль-Теке и др. По характеру водного режима, в верхней и средней частях, река Ак-Суу представляет бурные потоки, низвергающиеся с большой высоты по узким ущельям, загроможденными валунами. В низкогорье и на подгорной равнине река теряет значительную часть воды на фильтрацию в обломочные толщи, остальная вода разбирается на орошение. Только в периоды летних половодий, вода реки доходит до нижней карасучной зоны и попадает в реку Чу.
Самой длиной рекой (132 км) является река Кара-Балта. Истоки реки Кара-Балты под названием Коль-Башы лежат в юго-западном углу бассейна реки Кара-Балты. Слева р. Кара-Балта принимает ряд незначительных притоков. Среди которых крупной является река Чон-Мазар. Из правых притоков самый важный - это река Абла.
При выхода из гор на равнину, от реки отведены магистральные каналы. В нижнем течении реки сооружено Кара-Балтинское водохранилище.
Река Ашмары протекает через границу Панфиловского и Меркенского административных районов, является правым притоком реки Курагаты в Чуйской долине. Сток реки складывается из ледников Ашу-Тор, Коль-Тор, Тукж-Тор и Бактыбай. Крупными притоками реки являются реки Махан, Аршалы и др. Половодье начинается в мае и кончается в сентябре. Это последняя ледниковая река северного склона Кыргызского хребта, протекающая на западе на границе территории Кыргызстана с Казахстаном.
Из правых притоков реки Чу самой крупной является река Чонг-Кемин. Истоки ее лежат на юго-западном склоне горной перемычки, соединяющей Кюнгей Ала-Too с Заилийским Алатау на высоте 3800 м. Река Чонг-Кемин в своей значительной части принадлежит хребту Кюнгей Ала-Too, наиболее полноводные притоки его также расположены здесь. В нижнем течении Чонг- Кемин отклоняется на юг и впадает в реку Чу. Длина Чонг-Кемина 116 км. Площадь водосбора 1890 км2. Среднегодовой расход в устье 35,6 м3 сек, максимальный расход в июле-августе - 81,7 м3 сек, минимальный в марте - 7,18 м3 сек.
Крупными притоками являются реки Калмак-Суу, Орто-Кайынды, Кашка-Суу, Тегирменты и др.
В верхней части долина Чонг-Кемина образует обширный трог, правый борт которого сложен моренами нижнечетвертичного возраста. Склоны крутые, особенно левый, ниже на протяжении 5 км река пропиливает ущелье глубиной до 600 м, затем долина становится более широкой у с. Шабдана. Ниже долина снова сужается и впадает в реку Чу.
Одним из правых притоков реки Чу является река Кичи-Кемин. Берет свое начало с южного склона Заилийского хребта, течет на юго-запад, не доходит до реки Чу и полностью разбирается на орошение. Верхнее течение находится в узком ущелье, в середине расширяется (до 50-70 м). Длина реки 81 км, площадь водосборного бассейна 514 км2. Среднегодовой расход 2,10 м3 сек, максимальный 9,63 м3 сек (июль), минимальный - 0, 46 м3 сек (февраль). Крупные притоки Кичи-Кемина: Кыр-Табылгы (длина 19 км), Сасык-Булак (15 км) и др.
Для регулирования стока реки Чу и ее притоков сооружено несколько крупных водохранилищ и много мелких прудов (Орто-Токойское, Чемючское, Нижне-Ала-Арчинское и др.). В русле реки Чу построено Таш-Откольское водохранилище. На реке Чу и в Большом Чуйском канале построен Каскад 8 ГЭС. Они входят в Бишкекскую энергетическую систему. Ныне водохранилища обустраиваются в рекреационных и спортивных целях.
В Чуйской впадине создана разветвленная система ирригационных сооружений. Первоначально построены Боролдойский и Краснореченский магистральные каналы. Затем в 18 км. от г. Бишкек построен Атбашинский канал (длиной 60 км). С 1940 года началось строительство БЧК (Большой Чуйский канал), Западный БЧК протянулся на 175 км от села Кенг-Булун (западнее г. Токмок) через окраину Бишкека до Мерке. Ширина - 10-15 м, глубина 5-6 м. Участок канала в 70 км построен в годы Великой Отечественной войны методом народной стройки. Строительство остальной части канала закончено в 1958 г. Восточный БЧК начинается восточнее города Токмока. Тянется на 100 км до Бишкека, где заканчивается сбросом в реку Ала-Арча. Ряд магистральных каналов Краснореченский, Атбашинский и др. требует обновления. Ввиду заиления и разрушения стенок, пропускная способность этих каналов снизилась. Они заложены обычно в лессовидных суглинках, неукрепленные стенки которых легко размываются.
Кроме поверхностных вод в пределах Чуйской впадины в реку Чу стекают так называемые «карасучные» притоки, берущие начало от источников, которые образуются у окончания конусов выноса и вдоль самой реки Чу, начинаясь на востоке от города Токмока. Самая большая из них - река Красная, собирающая воды из многих родников, имеющая длину 50 км. Среднегодовой расход воды - 2,5-3,5 м3 сек. На правом берегу реки Чу находится река Черная, тоже имеющая в основном источник фунтовыми водами.
Ниже линии выхода фунтовых вод, Чуйская долина изрезана сетью логов, собирающих и несущих «карасучные» воды. Течение таких «карасучных» речек спокойное, берега болотистые, по логам созданы пруды. Часть вод разбирается на орошение, меньшая доходит до р.Чу.
Значительная часть подземных вод используется в народном хозяйстве и прежде всего в сельском хозяйстве на орошение.
Подземные воды предгорного шлейфа и большей части предгорной равнины отличаются хорошим питьевым качеством. Ниже зоны карасуков они несколько минерализованы. В отдельных местах пониженной части впадины они иногда вызывают засоление почв. Но это не уменьшает огромного значения подземных вод Чуйской впадины для водоснабжения населенных пунктов, в первую очередь г. Бишкек. Водоснабжение г. Бишкек в настоящее время осуществляется за счет фунтовых вод Байтыкской впадины, находящихся на значительной глубине (до 80-90 м). Запасы подземных вод конусов выноса рек Ала-Арчы, Аламюдюна вполне могут обеспечить потребности города Бишкека.
По многочисленным сбросам, продольным и поперечным, в Кыргызском хребте на поверхность выходят глубинные воды в виде минерально-термальных источников, находящих использование для лечебных целей Большая часть этих источников приурочена к северным склонам хребта. Кара-Балтинские термы в верховьях имеют температуру 20-28°. Аламюдюнские источники выходят из трещин гранитов на левом берегу реки Аламюдюн к югу от города Бишкек; их температура 29,5-33°. Из гранитов же выходят и многочисленные источники ущелья Ысык-Ата с температурами 36- 55°. На них действует водолечебный курорт. В долине реки Кызыл-Суу имеется одноименный источник с температурой 20-23° и др.
