Түркестанды, анын ичинде кыргыз жерлерин башкаруу уюштурулушуна Россия империясы басып алуу учурунда киришкен. Административдик жактан азыркы Кыргызстандын түндүк бөлүгү - азыркы Чүй, Ысык-Көл, Нарын жана Талас облустары, Семиречен жана Сырдарья облустарына кирген. Азыркы Жалал-Абад облусунун аймагы Наманган жана Андижан уезддерине, Ош облусунун аймагы - Ош, Андижан жана Маргелан уезддерине, Баткен облусунун аймагы - Маргелан жана Коканд уезддерине кирген. Азыркы Баткен облусунун кичинекей бөлүгү - Ляйлак району Ходжент уездинин Самарканд облусуна кирген. Ошентип, кыргыздардын жашаган аймагы төрт түркестандык облустун ортосунда бөлүнүп, бул элдин консолидация процессине терс таасирин тийгизген.
Цардык бийлик Түркестан жерлерин Россия мамлекетинин курамдык бөлүгү кылуу максатын алдыга койгон. Империянын колониялык саясатынын негизги максаты акырындык менен, этап-этабы менен, жергиликтүү шарттарды жана динге чыдамдуулукту эске алуу менен ишке ашырылган. «Русификация» саясаты Түркестандын бардык жерлерин мамлекеттик менчик деп жарыялоо, россиялык административдик структураны киргизүү, орус дыйкандарын жаңы аймактарга көчүрүү, орус ишкерлеринин экономикалык жашоонун негизги механизмдерин ээлеп алуу, жалпы россиялык тартиптерди жайылтуу аркылуу жүргүзүлгөн. Бул принциптер биринчи убактылуу жоболордо (1867, 1868) жана Түркестан аймагын башкаруу жобосунда (1886) чагылдырылган.
Бийлик, башка социалдык-экономикалык өнүгүү деңгээлинде жашаган элдердин аймактарында башкаруу системасын курууда, аскерий командирлердин жана цардык казынанын кызыкчылыктарынан чыгып иш алып барган. Жаңы административдик бөлүштүрүү этникалык өзгөчөлүктөрдү эске албастан көп учурда жүргүзүлгөн. Түркестанды башкаруу системасы аскерий маселелерди чечүүгө ылайыкташтырылып, аскерий жана жарандык бийликтин бириктирилишин, ошондой эле сот, экономикалык жана башка функцияларды бир эле мекемеде топтоштуруу негизинде курулган.
Башкаруунун башчысы генерал-губернатор болуп, анын колунда аскерий жана жарандык бийлик чогулуп турган. Облустарды аскерий губернаторлор башкарган, аларга уезд башчылары баш ийген. Уезддик администрациянын штатында орус чиновниктери, жергиликтүү калкты полициялык көзөмөлдөө, сот жана башка функцияларды ишке ашырган.
Ушул башкаруу аппаратынын ичинде «туземдик администрация» болгон, ал волосттук башкаруучулардан жана аксакалдардан турган, алар үч жылга жергиликтүү тургундар тарабынан шайланган. Колониялык бийлик отурукташкан калк үчүн кази сотун, кочмолор үчүн - бий сотун сактап калган. «Элдик судьялар» да өз чөйрөсүнөн шайланган.
Административдик-территориялык реформалар колониялык тартиптерди бекемдөө максатын көздөгөн, бирок ошол эле учурда элге бир катар жаңылыктарды алып келген. Мисалы, кылымдар бою уланган урук-туугандын өз ара мамилелери жана булка байланыштуу калктын урук башчыларына болгон көз карандылыгы акырындык менен жоюла баштаган. Лауазымдардын шайлануусу менен бийликтин мураскердик улантуусу, мурдагыдай эле бийлер жана манаптар тарабынан жүргүзүлгөн, бузулган. Россиялык мыйзамдар боюнча жүргүзүлгөн башкаруу, традициялык бийликтин жогорку жана жергиликтүү эшелондорунун уюшкандыгы жана ыйгарым укуктарынын бузулушуна тоскоолдук койгон.
