На территории республики обнаружены месторождения каменного угля, газа и нефти. Среди них наиболее распространены месторождения каменного угля. По запасам угля Кыргызстан занимает одно из ведущих мест в Центральной Азии. Месторождения нефти, газа, черных, цветных, драгоценных металлов и других полезных ископаемых являются вполне конкурентоспособными в мировом масштабе.
Горнодобывающая промышленность в Кыргызской Республике, как и в других республиках Центральной Азии, начала активно развиваться в 30-е годы XX столетия. Именно угольные шахты были первыми крупными промышленными объектами в экономике Кыргызстана. Всего в Кыргызстане функционировало 12 угольных предприятий — 5 разрезов и 7 шахт. Общий объем добычи доходил до 4,5 млн т угля в год. Угольная промышленность в республике получила интенсивное развитие в военные и послевоенные годы. Тогда же были созданы и стали активно развиваться горнодобывающие предприятия цветных металлов — ртути, сурьмы, свинца, цинка, редких земель. Но особое внимание было уделено поискам, разведке и эксплуатации месторождений урановых руд. После Второй мировой войны это была одна из главных стратегических задач военно-промышленного комплекса Советского Союза. Урановые месторождения Кыргызстана были выявлены и вовлечены в эксплуатацию в числе первых урановых месторождений СССР.
Наибольшую опасность для экологии Кыргызстана представляют хвостохранилища радиоактивных отходов. В большей или меньшей степени радиоактивному загрязнению подверглись территории около 6 тыс. га. Неблагополучно экологическое состояние в поселках городского типа Каджи-Сае, Мин-Куше, Шакафтаре, Кызыл-Жаре и в городах Майлуу-Суу, Кара-Балта, где находятся радиоактивные отходы. В наиболее неудовлетворительном состоянии находится группа хвостохранилищ в районе города Майлуу-Суу, где происходит постепенное их размывание, так как они расположены в пойме реки Майлуу-Суу. Тревогу вызывает состояние предприятий цветной металлургии в населенных пунктах: Сумсаре, Айдаркане, Кадамжае, Ак-Тюзе, Чабае и др. Эти отходы в сочетании с влагой, кислородом и бактериальной активностью загрязняют почву, поверхностные и грунтовые воды.
