Республика аймагында таш көмүр, газ жана мунай кендери табылган. Алардын арасында эң кеңири таралган кендер таш көмүр кендери. Көмүр запастары боюнча Кыргызстан Борбордук Азияда алдыңкы орундардын бирин ээлейт. Мунай, газ, кара, түстүү, кымбат металлдар жана башка пайдалуу казындылар дүйнөлүк масштабда толук атаандаштыкка ээ.
Кыргыз Республикасындагы кен казып алуу өнөр жайы, Борбордук Азиянын башка республикаларында болгондой, XX кылымдын 30-жылдарынан баштап активдүү өнүгө баштады. Тактап айтканда, көмүр шахталары Кыргызстан экономикасындагы биринчи ири өнөр жай объектилери болушкан. Кыргызстанда жалпы 12 көмүр ишканасы иштеп турган — 5 кесилиш жана 7 шахта. Жалпы өндүрүш 4,5 млн тонна көмүргө чейин жеткен. Республикадагы көмүр өнөр жайы согуш жана согуштан кийинки жылдарда интенсивдүү өнүгүүгө ээ болду. Ошол учурда түстүү металлдар — ртут, сурьма, свинец, цинк, сейрек жерлерди казып алуу ишканалары түзүлүп, активдүү өнүгө баштады. Бирок уран кени кендерин изилдөө, табуу жана пайдаланууга өзгөчө көңүл бурулду. Экинчи дүйнөлүк согуштан кийин бул Совет Союзунун аскердик-өнөр жай комплексинин негизги стратегиялык милдеттеринин бири болгон. Кыргызстандагы уран кендери СССРдеги биринчи уран кендеринин катарында аныкталып, пайдаланууга берилген.
Кыргызстандын экологиясына эң чоң коркунучту радиоактивдүү калдыктарды сактоочу жайлар түзөт. 6 миң гектардан ашуун аймак радиоактивдүү булганууга дуушар болгон. Каджи-Сае, Мин-Куш, Шакафтар, Кызыл-Жар жана Майлуу-Суу, Кара-Балта шаарларында радиоактивдүү калдыктар бар болгондуктан экологиялык абал начар. Майлуу-Суу шаарындагы калдыктар сактоочу жайлардын абалы эң канааттандырарлык эмес, анткени алар Майлуу-Суу дарыясынын жээгинде жайгашкандыктан, акырындык менен жуулуп жатат. Түстүү металлургия ишканаларынын абалы Сумсары, Айдаркан, Кадамжай, Ак-Тюз, Чабай жана башка айылдарда тынчсызданууну жаратат. Бул калдыктар ным, кислород жана бактериялык активдүүлүк менен бириккенде, жерди, беттик жана жер астындагы сууларды булгап жатат.
