Поскольку кыргызы в рассматриваемый период не имели своего государственного образования, о наличии национальных вооруженных сил речь не идет. Однако кыргызы служили в кокандской армии, в особенности в составе кавалерии (сипаи), которая в вооруженных силах ханства считалась главной ударной силой. В истории Кокандского ханства много примеров, когда кыргызские представители служили не только в числе конных войск в качестве сипая и младшего командующего состава, но и в среднем и высшем командном звене. Например, во всех войнах ханства против русской колониальной армии в 1860-1870-е годы предпочтение отдавалось кыргызскому ополчению, а главнокомандующими армии в основном были выходцы из кыргызов (Алымкул ляшкер-башы, Абдрахман абтобачи, Искак Асан уулу, Мамыр Мерген уулу, Момун Шамурзак уулу, Абдылдабек).
В условиях колониального управления даже ополчение кыргызов теряет свое значение как ненужный элемент жизни в составе империи. По закону России, как известно, «инородцы», к числам которых относили и кыргызов, не имели права служить в вооруженных силах империи. Однако указ царя от 25 июня 1916 года о привлечении туркестанских народов, в том числе и кыргызов, к военно-оборонительным работам — мужчин с 19 до 23 лет — вызвал волну негодования у людей, с трудом переносивших гонения на родной земле, унижения и двойной гнет. Доведенный до отчаяния колониальными притеснениями, народ был вынужден подняться с оружием в руках на открытую освободительную борьбу, вошедшую в историю Кыргызстана как восстание кыргызов 1916 года. Суммарные потери восставших (потери в борьбе с царскими войсками и бегство части восставших в Китай) составили около полумиллиона человек.
