Географиялык жайгашуусунан улам, Балыкчы Ысык-Көл көлүнө кире бериш катары кызмат кылат, бул көл эл аралык маанидеги туристтик зона катары таанылган. Шаар бул кооз көлдүн түндүк-батыш жээгинде жайгашкан.
Балыкчынын тарыхый тамырлары Пишпек менен Караколдун ортосундагы пост катары негизделген Бачино аттуу кичинекей балыкчы айылына барып такалат. 1909-жылы ал Рыбачье айылына өзгөртүлгөн.
1880-жылдардын ортосунда, орус армиясынан отставкадагы офицер Михаил Бачин хуторду негиздеп, балык уулоону өнүктүрүп, балык уулоочуларды уюштурган. Кыска убакыттын ичинде бул кичинекей пост кеңири балыкчы айылына айланган, негиздөөчүсүнүн аты менен белгилүү болгон. Жергиликтүү тургундар балык уулоодон тышкары, жыгач ташуу менен да алектенишкен. 1907-жылы бул жерде 100 балыкчы үй-бүлөсү жашаган жана 1909-жылы ал Пржевальск уездинин Семиречен облусунун Түркестан генерал-губернаторлугунун бөлүгү болуп калган.
Шаар статусу 1954-жылы айылга берилген. Совет доорунда ал жүн жана айыл чарба продукциясын кайра иштетүү боюнча адистешкен маанилүү транспорттук-өндүрүштүк түйүн болуп калган, ошондой эле суу жана темир жол терминалдарына ээ болгон. Бирок, Совет Союзу кулагандан кийин Балыкчы көптөгөн өнөр жай объектилеринин жабылышынын натыйжасында экономикалык базасынын көп бөлүгүн жоготту.
Учурда Балыкчы Луговое-Бишкек-Балыкчы темир жол линиясынын акыркы станциясы болуп, шаарды ТМД өлкөлөрүнүн темир жол тармагына туташтырат. Бул стратегиялык транспорттук жайгашуу шаардагы экономикалык жашоого жана анын көрүнүшүнө олуттуу таасир этет.
