С точки зрения географического положения, Балыкчы выступает в роли ворот к озеру Иссык-Куль, которое признано туристической зоной международного значения. Город находится на северо-западном побережье этого живописного озера.
Исторические корни Балыкчы уходят в небольшое рыбацкое селение Бачино, основанное как пост между Пишпеком и Караколом. В 1909 году оно было переименовано в поселок Рыбачье.
В середине 1880-х годов отставной офицер российской армии Михаил Бачин основал хутор, где начал развивать рыбный промысел и организовал рыболовную артель. Вскоре этот маленький пост стал обширным рыбацким поселком, известным по имени его основателя. Местные жители, помимо рыболовства, также занимались транспортировкой древесины. К 1907 году в населенном пункте проживало уже 100 семей рыбаков, и в 1909 году он стал частью Пржевальского уезда Семиреченской области Туркестанского генерал-губернаторства.
Статус города был присвоен поселку в 1954 году. В советский период он стал значительным транспортно-промышленным узлом, специализировавшимся на переработке шерсти и сельскохозяйственной продукции, а также обладая судоходными и железнодорожными терминалами. Однако после распада Советского Союза Балыкчы утратил значительную часть своей экономической базы из-за закрытия большинства промышленных объектов.
В настоящее время Балыкчы является конечной станцией железнодорожной линии Луговое-Бишкек-Балыкчы, что соединяет город с железнодорожной сетью стран СНГ. Это стратегическое транспортное положение существенно влияет на экономическую жизнь города и его облик.
