Документке ылайык, агенттиктин жетекчиси инвестициялык саясат, долбоорлор жана келишимдер боюнча талкууланган министрлер кабинетинин жыйынына катышат.
Агенттик эми инвестициялык келишимдерди иштеп чыгуу, макулдашуу жана түзүү, ошондой эле мамлекеттик-жеке өнөктөштүк долбоорлору жана башка инвестициялык программалар үчүн борборлоштурулган координацияны камсыз кылат, буларды аткарууну мониторинг жүргүзүүнү да камтыйт.
Агенттикти башкаруу президент тарабынан дайындалган жетекчи тарабынан жүргүзүлөт, ал Кыргыз Республикасынын мыйзамдарына ылайык кызматтан бошотулушу мүмкүн.Ошондой эле агенттиктин жетекчисинин орун басарларын түзүү каралган, алар министрлер кабинетинин төрагасы тарабынан жетекчинин сунушу боюнча дайындалат. Бул орун басарлар англис же башка чет тилин эркин сүйлөшүшү керек.
Инвестициялар боюнча улуттук агенттиктин орун басарлары түздөн-түз ага баш ийип, өз ыйгарым укуктарынын алкагында милдеттерди аткарат.
Эгер агенттиктин жетекчиси жок болсо, анын милдеттерин орун басарларынын бири аткарат.Агенттиктин кызматкерлери, жетекчилик жана мамлекеттик-жеке өнөктөштүк борборунун кызматкерлерин, ошондой эле эркин экономикалык зоналарды эсепке албаганда, мамлекеттик жарандык кызматкерлер болуп эсептелет.
Жетекчи жана анын орун басарларынын кызматтары эми саясий мамлекеттик кызматтар категориясына кирет.
Министрлер кабинетине жарлыктын негизинде эки айлык мөөнөт берилген:
- өз чечимдерин жаңы жарлыкка ылайык келтирүү;
- жарлыктан келип чыккан башка чараларды кабыл алуу.