История Нарына начинается с древнего поселения, которое располагалось на пути караванов к Кашгару. Этот маршрут был частью Шелкового пути. Однако до середины XIX века здесь не существовало полноценного города.
С образованием Российской империи и присоединением Средней Азии в 1868 году, в этой местности был размещен русский гарнизон, а вскоре возникла Нарынская слободка, что положило начало строительству города. Нарынское укрепление обеспечивало почтовую связь с консульством России в Кашгарии.
После Октябрьской революции 1917 года Нарын оказался под контролем Красной армии. В 1920 году здесь произошло столкновение между советскими войсками и белогвардейцами, после чего власть в городе была установлена советскими властями.
В предреволюционный период Нарын не отличался активным развитием. Однако после установления советской власти был создан передвижной революционный комитет, который, совместно с Нарынским уездом, начал проводить активную работу. Среди его руководителей были такие большевики, как Хаким Мусабаев и Сулайман Орозбеков, а также первый кыргызский революционер Таабалды Жукеев-Пудовкин.
1927 год стал началом промышленного развития Нарына, когда по решению президиума исполнительного комитета Нарынского кантона от 23 июля были организованы ларьки для продажи хлеба и молочной продукции. В отчете исполнительного комитета отмечалось, что Нарынский кантон отставал в темпах строительства, и было предложено активизировать работу по возведению жилья для учителей, зданий школ и клубов.
Согласно решению Президиума Всероссийского центрального исполнительного комитета от 28 января 1927 года, Нарын получил статус города. До 1939 года его развитие проходило без генерального плана, а в 1939-1940 годах был разработан первый план застройки. В 1952 году, под руководством архитектора М. Милова и инженера Л. Хворостинской, был создан полноценный Генеральный план города.
Далее Нарын продолжил развиваться согласно Генеральному плану, разработанному в 1979 году архитекторами Н. Карпенко, В. Ивановым, А. Стрижаченко и Л. Гришковец.
