В отношении Исманкулова и нескольких высокопоставленных сотрудников Кыргызского национального университета имени Ж. Баласагына, а также Министерств здравоохранения и образования начато уголовное дело. Он подозревается в совершении коррупционных преступлений, согласно статье 336 Уголовного кодекса КР, и помещен под арест.
Следствие инициировано в связи с выявленными схемами коррупции, связанными с незаконным получением и присвоением медицинского оборудования, которое было поставлено в страну по иностранным техническим кредитам.
С момента создания в 1997 году ОсОО «Медицинский центр КГНУ «ИнтерГоспиталь» под руководством Исманкулова, в 1998 году был подписан контракт с корейской компанией «Медисон Ко. ЛТД» на поставку медицинского оборудования. Однако впоследствии через фиктивные учредительные собрания была выведена государственная доля университета в частную собственность.
С 1999 по 2000 год в Кыргызстан поступило медицинское оборудование на сумму свыше 9 миллионов долларов. Однако по разработанному Исманкуловым плану, при содействии ряда должностных лиц, это оборудование было незаконно распределено между частными клиниками, которые ему принадлежат. При этом кредит, взятый для закупки оборудования, до сих пор не погашен, и согласно судебному решению, его выплаты возложены на государство. На 2025 год сумма долга достигает 31 миллиона долларов.
В настоящее время продолжается расследование, направленное на выявление всех лиц, причастных к данному делу.
