Исманкуловго жана Ж. Баласагын атындагы Кыргыз улуттук университетинин бир нече жогорку кызматкерлерине, ошондой эле Саламаттык сактоо жана Билим берүү министрликтерине карата кылмыш иши козголду. Ал Кыргыз Республикасынын Кылмыш кодексинин 336-беренесине ылайык коррупциялык кылмыштарды жасаган деп шектелүүдө жана камакка алынды.
Тергөөнүн башталышы коррупция схемаларынын аныкталышы менен байланыштуу, алар чет өлкөлүк техникалык кредиттер аркылуу өлкөгө жеткирилген медициналык жабдууларды мыйзамсыз алуу жана менчиктештирүү менен байланышкан.
1997-жылы Исманкуловдун жетекчилиги астында түзүлгөн ОсОО «Медициналык борбор КГНУ «ИнтерГоспиталь» 1998-жылы кореялык «Медисон Ко. ЛТД» компаниясы менен медициналык жабдууларды жеткирүү боюнча келишим түзүлгөн. Бирок кийинчерээк фальшивдик негиздөөчү жыйындар аркылуу университеттин мамлекеттик үлүшү жеке менчикке чыгарылган.
1999-2000-жылдары Кыргызстанга 9 миллион доллардан ашык медициналык жабдуулар келди. Бирок Исманкуловдун иштеп чыккан планына ылайык, бир катар кызмат адамдарынын жардамы менен бул жабдуулар мыйзамсыз түрдө ага таандык жеке клиникаларга бөлүштүрүлгөн. Ошол эле учурда жабдууларды сатып алуу үчүн алынган кредит азырынча төлөнгөн жок, жана соттун чечими боюнча, анын төлөмдөрү мамлекеттин мойнуна алынган. 2025-жылга карата карыздын суммасы 31 миллион долларга жетет.
Учурда бул ишке катышкан бардык адамдарды аныктоого багытталган тергөө уланууда.
