После получения Баткеном статуса города в 2009 году, городское управление внутренних дел было выделено из районного управления согласно приказу МВД Кыргызстана №1052 от 12 декабря 2009 года. С 1 февраля 2010 года новое подразделение начало свою работу, укомплектовавшись 25 штатными единицами.
Первым начальником Баткенского городского ОВД стал подполковник милиции Бегали Улукбекович Ахмедов, который занимал эту должность с 1 февраля 2010 года до 2011 года.
После него управление возглавляли:
– полковник милиции Нурали Эргешович Бердиев (2011 – апрель 2015 года);
– подполковник милиции Алмазбек Тиллебаевич Шагамурзаев (2015–2020 годы);
– полковник милиции Нурланбек Орозматович Бурканов (с февраля по май 2021 года);
– полковник милиции Жаныбек Токтошович Канзаманов (с мая 2021 по февраль 2023 года);
– Алмазбек Нурпазылович Кубатбеков (с февраля по ноябрь 2023 года);
– подполковник милиции Турдубай Камчыбекович Саматов (с ноября 2023 по март 2025 года).
С апреля 2025 года пост начальника Баткенского городского управления внутренних дел занимает подполковник милиции Руслан Алимжанович Омошов.
На протяжении долгого времени у Баткенского ГОВД не было своего здания. Сначала сотрудники работали в временном помещении областного управления образования, а затем — в здании Социального фонда. В марте 2019 года было выделено отдельное здание, проведен его ремонт, и 22 мая 2019 года состоялось официальное открытие, на котором присутствовал заместитель министра внутренних дел Алмазбек Орозалиев. Тем не менее, это здание до сих пор не передано в ведение Баткенского областного УВД.
