2009-жылы Баткен шаар статусун алган соң, шаардык ички иштер башкармалыгы райондук башкармалыктан бөлүнүп, Кыргызстандын Ички иштер министрлигинин 2009-жылдын 12-декабрындагы №1052 буйругуна ылайык түзүлгөн. 2010-жылдын 1-февралынан баштап жаңы бөлүм 25 штаттык бирдик менен ишин баштады.
Баткен шаардык ОВДнын биринчи начальниги болуп подполковник милиция Бегали Улукбекович Ахмедов дайындалган, ал 2010-жылдын 1-февралынан 2011-жылга чейин ушул кызматты аркалаган.
Андан кийин башкармалыкты төмөнкү адамдар жетектешти:
– полковник милиция Нурали Эргешович Бердиев (2011 – 2015-жылдын апрели);
– подполковник милиция Алмазбек Тиллебаевич Шагамурзаев (2015–2020-жылдар);
– полковник милиция Нурланбек Орозматович Бурканов (февралдан майга чейин 2021-жыл);
– полковник милиция Жаныбек Токтошович Канзаманов (2021-жылдын майынан 2023-жылдын февралына чейин);
– Алмазбек Нурпазылович Кубатбеков (февралдан ноябрга чейин 2023-жыл);
– подполковник милиция Турдубай Камчыбекович Саматов (ноябрдан 2023-жылдын март айына чейин 2025-жыл).
2025-жылдын апрелинен баштап Баткен шаардык ички иштер башкармалыгынын начальниги болуп подполковник милиция Руслан Алимжанович Омошов дайындалды.
Узак убакыт бою Баткен ГОВДсынын өз имараты болгон эмес. Алгач кызматкерлер облустук билим берүү башкармалыгынын убактылуу жайында иштешкен, андан кийин Социалдык фонддун имаратында иштешкен. 2019-жылдын мартында өзүнчө имарат бөлүнүп, оңдоп-түзөө иштери жүргүзүлгөн, 2019-жылдын 22-майында расмий ачылышы болуп, анда ички иштер министринин орун басары Алмазбек Орозалиев катышкан. Бирок, бул имарат азырынча Баткен облустук ИИБге өткөрүлбөгөн.
