Существование в горох Тянь-Шаня и Алая мощных узлов оледенения, больших площадей, занятых снежниками, выходов грунтовых вод обусловливает формирование густой и разветвленной гидрографической сети. Все крупные реки Кыргызстана зарождаются высоко в горах у ледников и снежников. Водность рек связана с абсолютными бассейнами, их степенью оледенения и площадью снеговых полей, питающих реки. В низовьях в результате интенсивного испарения и фильтрации водность рек уменьшается.
В Кыргызстане выделяют две гидрологические области: область формирования стока - горную зону и область рассеивания стока - предгорную и равнинную области. В области рассеивания стока формируется и так называемая зона выклинивания подземных вод, где многие реки получают дополнительное питание. Нередко здесь образуются речки и ручьи грунтового питания, которые за прозрачность воды в них называют "кара-су".
Реки Кыргызстана относятся к бассейнам Аральского моря (76,5% площади Кыргызстана), Тарима (12,4%), Иссык-Куля (10.8%) и Балхаша (0,3%). Реки республики обладают колоссальной потенциальной энергией. Запасы русловой энергии всех рек составляют 105 млрд. квт-ч. или 18,9 млн. квт мощности.
Реки Кыргызстана питаются в основном талыми водами снегов и ледников. Граница вечных снегов, то есть линия, выше которой они скапливаются и образуются, располагается в зависимости от ориентировки склонов хребтов на высотах 3600-4600 метров. На западном Кавказе она находится в среднем на высоте - 2800 метров, а на Алтае - 2400-3500 метров. Большая высота снеговой линии здесь объясняется не только южным положением республики, но и сухостью ее климата. Наиболее низко снеговая линия располагается на Ферганском и Киргизском хребтах. К юго-востоку она значительно повышается, поскольку в этом направлении уменьшается количество осадков.
По режиму стока реки Кыргызстана относятся к тяньшанскому и алтайскому типам. Реки первого типа питаются главным образом талыми водами снежников высокогорий и ледников. Расход воды в них увеличивается летом в период бурного таяния, достигая максимума в июле, августе. Реки алтайского типа питаются преимущественно талыми водами сезонных снегов среднегорья. Расход воды в них увеличивается весной, а так как снег на разных высотах тает не одновременно, половодье растягивается. Летом же сток и этих реках уменьшается.
Поскольку большинство рек берет начало в снегах и ледниках, температура воды в них низкая. Однако зимой реки не замерзают - слишком бурное у них течение. На многих реках образуются лишь забереги и шуга. Обычно шугу называют бичом гидроэлектростанций, потому что она, забивая каналы и решетки, мешает притоку воды в турбины.
Вода в реках, берущих начало в высокогорьях и текущих среди твердых, трудно размываемых пород, чиста и прозрачна. Летом же она беловато-серого оттенка от наносов, выносимых с ледников. Реки, текущие среди рыхлых, легко размываемых пород, во время таяния снегов или ливней становятся мутными, вода в них приобретает красновато-кирпичный или грязно-кофейный оттенок.
Крупные притоки Нарына: Он- Арча, Кажырты, Ат-Башы, , Чычкан, Узун-Акмат, Алабуга, Кёк-Ирим
притоки Тюпа: Кен-Суу, Чон-Таш, Талды-Суу
притоки Жыргалана: Тургень-Ак-Суу, Ак-Суу
Каракол. Жети-Огюз, , Жууку, Барскон, Чон-Ак-Суу
Притоки Сары-Жаз: Энилчек, Кайынды, Кой-Кан, Жаман-Суу, Кюймё, Уч-Кёл, Ак-Шыйрак
Притоки Узёнгю-Кууш: Кичи-Узёнгю-Кууш, Чон-Терек, Кичи-Терек
Слева притоки Таласа: Калба, Бешташ, Урмарал, Кюмюштаг, Кара-Буура. Справа притоки Таласа:— Кенкол и Нылды
Основные притоки Кара-дарьи: Куршаб — слева; Яссы, Кугарт и Караункюр — справа
Ала-Арча имеет притоки, самые крупные из них: Ак-Сай, Топ-Карагай, Теке-Тёр, Туюк-Суу, Адыгине, Джинди-Суу.
Исфара. Наиболее крупные притоки: Кишемиш, Теминген, Джиптык.
Талас принимает много притоков, из которых наиболее полноводные: Урмарал, Кара-Буура, Кумуштак, Калба, Беш-Таш.
К крупным притокам реки Чонг-Кемина относятся Кашка-Суу, Ички-Суу, Жанырык, Орто-Кайынды,
