Кыргызстан богат природными ресурсами, в его недрах есть редкометаллические месторождения золота, серного колчедана. В Джетимском бассейне имеются осадочные железные руды, запасы которых составляют около 10 млрд т. В Южном Тянь-Шане имеются месторождения ртути, сурьмы, олова, полиметаллов. В Ферганской впадине ведется добыча нефти и газа. По геологическим запасам угля (31 млрд т) Киргизия занимает первое место в Средней Азии. Есть месторождения соли, гипса, стекольных песков, стройматериалов, а также значительные запасы пресных подземных вод. На базе термальных и минеральных источников действуют курорты: Иссык-Ата, Джалал-Абад, Джеты-Огуз, Джергалан, выпускается лечебная и столовая минеральная вода.
Горные реки относятся к бассейнам Аральского моря (76,5%). озера Иссык-Куль (10,8%), Балхаша (0,3%). Средний годовой сток всех рек 52 км2 (3% общего стока в СССР). Реки имеют большое энергетическое и ирригационное значение, используются для орошения полей Кыргызстана, Узбекистана, Казахстана и Таджикистана. В Киргизии около 3 тыс. озер, из них наиболее крупные Иссык- Куль, Сонкуль, Чатыркуль, Сарычелек. Озеро Иссык-Куль является одним из величайших высокогорных озер мира.
