Кыргызстан табигый ресурстарга бай, анын жер астында алтын, күмүш колчедан сыяктуу сейрек металл кендери бар. Джетим бассейнинде чөкмө темир рудасы бар, анын запасы болжол менен 10 млрд тонна. Түштүк Тянь-Шанда ртут, сурьма, жез, полиметалл кендери бар. Фергана жазыгында мунай жана газ өндүрүлүүдө. Геологиялык запастар боюнча көмүр (31 млрд тонна) боюнча Кыргызстан Орто Азияда биринчи орунду ээлейт. Туз, гипс, айнек кумдары, курулуш материалдары жана таза жер астындагы суу запастары да бар. Термалдык жана минералдык булактарга негизделген курорттор иштейт: Иссык-Ата, Жалал-Абад, Джеты-Огуз, Джергалан, дары жана дасторкон минералдык суусу чыгарылат.
Тоолуу дарыялар Арал деңизинин (76,5%) бассейнине, Иссык-Куль көлүнүн (10,8%), Балкаш көлүнүн (0,3%) кирет. Бардык дарыялардын орточо жылдык агымы 52 км² (СССРдеги жалпы агымдын 3%). Дарыялар энергетикалык жана ирригациялык мааниге ээ, Кыргызстан, Өзбекстан, Казакстан жана Тажикстандагы талааларды сугаруу үчүн колдонулат. Кыргызстанда болжол менен 3 миң көл бар, алардын эң ири көлдөрү Иссык-Куль, Сонкуль, Чатыркуль, Сарычелек. Иссык-Куль көлү дүйнөдөгү эң улуу тоо көлдөрүнүн бири болуп саналат.
