Республика ар түрдүү отун-энергетикалык ресурстарга ээ. Алардын өндүрүшкө тартылышы өлкөгө башка мамлекеттерден энергия булактарын импорттоо маселесин акырындык менен чечүүгө жана отун-энергетикалык комплексинин натыйжалуулугун жогорулатууга мүмкүнчүлүк берет. Отун-энергетикалык комплекс эки ири тармактан турат: отун өндүрүшү (көмүр, мунай, газ өндүрүү) жана электр энергетикасы. Отун-энергетикалык комплекс отун жана энергия өндүрүүнүн аралыктан системасын түзөт, ал өндүрүү, кайра иштетүү, ташуу, бөлүштүрүү жана энергия ресурстарын пайдаланууну камтыйт. Комплекс жалпы өнөр жай продукциясынын 19,9% түзөт (2000).
Отун өнөр-жайы. Башка өнөр жай тармактары менен салыштырганда отун өнөр-жайы кыйла эрте пайда болгон. Көмүрдү өндүрүү боюнча биринчи ишканалар Кыргызстандын түштүгүндө, Сюлюктү жана Кызыл-Кыя шаарларында 19-кылымдын 2-жарымында курулган. 1910-жылы Кёк-Жангакта көмүр кенин иштетүү башталды, 1916-жылы Таш-Кёмюрдө. 1913-жылы Кыргызстанда өндүрүлгөн көмүрдүн көлөмү Орто Азиядагы жалпы көмүр өндүрүшүнүн 70% түзгөн. Мунай изилдөө иштеринин башталышы 1900-жылга таандык. Майлуу-Суу өрөөнүндө биринчи мунай алынып, анын өндүрүшү жылына 65 т түзгөн, 1913-жылы 3000 т га жеткен. Энергия өндүрүүчү ишканалар республикадагы фабрика-завод өнөр жайынын 50% продукциясын жана 59% жумушчу күчүн камсыз кылган. Шахталардын кубаттуулугу 50 миңден 100 миң т чейин көмүр өндүрүүгө жеткен. Кызыл-Кыя шахтасы Кыргызстандагы жалпы көмүр өндүрүшүнүн 60,2% берсе, Сюлюктү 23,3%, Кёк-Жангак 10,4%, Таш-Кёмюр 3,0% түзгөн. Жаңы ишканаларды түзүү жана эскилерин кеңейтүү үчүн өкмөт тарабынан 1925-1928-жылдары 2,9 млн. рубль бөлүнгөн. 1929-30-жылдары көмүр өнөр жайын өнүктүрүүгө 17,7 млн. рубль жумшалган. Таш-Кёмюр, Алмалык жана Жыргалан шахтасы ишке киргизилген. 1940-жылы көмүр өндүрүшү 1913-жылга салыштырмалуу 17 эсе көбөйгөн.
Улуу Ата Мекендик согуштан кийин отун өнөр-жайынын өнүгүү темптери жогорулады. 70-жылдары көмүр өнөр жайы 10 шахта жана 2 кесүү менен 4,5 млн. т көмүр өндүрүүчү жалпы кубаттуулукка ээ болгон. Ачык ыкма менен өндүрүлгөн көмүрдүн үлүшү жалпы өндүрүштүн 55% түзгөн. Республикадагы отун-энергетикалык потенциалда көмүр кендеринин экономикалык мааниси чоң. Республика аймагында учурда (2001) 100дөн ашык көмүр кендери бар. Геологиялык запастар 31,4 млрд. т, баланс запастары 2,4 млрд. т түзөт. Көмүр ресурстары республика аймагында бирдей жайгашпаган: 65% көмүр Түштүк Кыргызстанга, 33% Нарын, 2% Ысык-Көл облустарына туура келет. 70% дан ашык көмүр кендери республикадагы тоолуу райондорго топтолгон. Учурда (2001) таш көмүр Кёк-Жангакта, Таш-Кёмюрдө, Тегене жана Жыргаланда, бурый көмүр Сюлюктү, Кызыл-Кыя, Мин-Куш жана Алмалыкте өндүрүлөт. Өндүрүлгөн көмүрдүн чоң бөлүгү энергетикада, 32% коммуналдык чарбада, 13% курулуш материалдарын чыгарууда колдонулат. Соңку жылдары, рыноктук мамилелердин өнүгүшүнө байланыштуу, отун өнөр-жайы, башка экономика тармактары сыяктуу эле, убактылуу кризиске учурады. Эч кандай же жетишсиз бекемдөө, заманбап шахта жабдыктары, анын запастары жана башка нерселердин жоктугу, ошондой эле финансылык жетишсиздиктин натыйжасында, жыл сайын көмүр өндүрүшүнүн көлөмү туруктуу түрдө төмөндөп жатат. Көмүр тармагы оор абалда болуп, учурда 12 шахта жана кесүү, 5 жардамчы ишкана жана уюмдар, бир нече кичи ишканалар (1999) менен бириккен. Алардын ичинде 4 080 адам иштейт. 1980-жылдан бери, республикада көмүр, мунай жана табигый газдын жетишсиздигине карабастан, алардын өндүрүшү азайып жатат. 2000-жылы көмүр өндүрүшү 1980-жылга салыштырмалуу 10,1 эсе, 1990-жылга салыштырмалуу 9,5 эсе азайып, 415,2 миң т түзгөн. 2000-жылы көмүр өнөр жайында 419,4 миң т көмүр өндүрүлгөн (1991-жылы 3,5 млн. т) 451,0 млн. сомго. Республикадагы түндүк аймактын калкын отун менен камсыздоо үчүн Кара-Кечен көмүр кенинин мааниси чоң (Нарын облусу, Жумгал район). Анын көмүр запастары 312,6 млн. тоннаны түзөт, бул республикадагы жалпы запастардын 23,3% ын түзөт. 2000-жылы Кыргызстанда 1999-жылга салыштырмалуу көмүр өндүрүшү 0,6% га көбөйгөн. Финансылык каражаттын жетишсиздигинин натыйжасында, көмүр өндүрүшү «Тегене» жоопкерчилиги чектелген коомунда 3,8% га, мамлекеттик АО «Кёк-Жангак» 86,1% га азайган.
1994-1999-жылдар аралыгында өлкөдөгү көмүр өндүрүшү 1,8 эсе азайган, бул жабдыктардын эскилиги (90-98%) жана эски технологияны колдонуу менен байланыштуу. 1999-жылы көмүр өнөр жайындагы ишканалардын өндүрүштүк кубаттуулугу 32,4% пайдаланылган. Республика өкмөтү көмүр өндүрүүчү ишканаларга мамлекеттик колдоо көрсөттү. 1992-1997-жылдары аларга 25 млн. сом бюджеттик кредиттер бөлүнүп, 200 миң доллардан ашык каражат материалдык-техникалык ресурстарды сатып алууга Россия Федерациясынын техникалык кредитинин эсебинен берилген. Көмүр өндүрүүчү ишканалар акционердик коомдорго айландырылган: «Сюлюктюкөмюр» (1999-жылы 20714 миң сомдук продукция чыгарылган), «Алмалыккөмюр» (1608 миң сом), «Таш-Кёмюр» (4760 миң сом), «Тегене» (2475 миң сом). «Жыргалан» шахтасы (2 878 миң сом), «Кёк-Жангак» (9595 миң сом), «Ак-Улак» кесүүсү (21643 миң сом) жеке менчик долбоор боюнча акционердик коомдорго айландырылган. 1999-жылы көмүр тармагына 19,0 млн. сомдук мамлекеттик колдоо көрсөтүлгөн, ошондой эле ГАО «Ак-Улак кесүүсүн» өнүктүрүүгө 22 млн. сом бөлүнгөн, 2005-жылга чейин көмүр өнөр жайын өнүктүрүү боюнча «Мамлекеттик программа» кабыл алынган, анда «Кара-Кече» кесүүсүндө көмүр өндүрүшүн жылына 1,0 млн. т га жеткирүү пландаштырылган. Көмүр өндүрүшүн 1 512 миң т га чейин көбөйтүү каралган.
Республикада көптөгөн көмүр кендери бар болсо да, учурда керектелген көмүрдүн көбү Казакстандан (Караганда) алып келинет. Көмүр өнөр жайынын келечеги жетиштүү көлөмдөгү перспективдүү, бирок азырынча иштетилбеген көмүр кендерин иштетүү деңгээли менен байланыштуу, алардын арасында экономикалык жактан маанилүү орунду Кабак бурый көмүр бассейни ээлейт (геологиялык запастары 800 млн. т). Бул бассейндин эң перспективдүү кендеринин бири Кара-Кечендик, анын көмүр өндүрүшү жыл сайын өсүүдө. Аны комплексдүү иштетүү үчүн темир жол куруу талап кылынат. Республикадын түштүгүндө Узген көмүр бассейнінде 30дан ашык кендер бар, жалпы таш көмүр запастары 2,2 млрд. т, анын жарымынан көбү кокстолгон көмүр. Бул бассейнди иштетүүнүн кыйынчылыгы тоолуу, татаал рельефте жана темир жолдун жоктугунда жатат.
Отун өнөр-жайы ошондой эле газ жана мунай өндүрүү тармактарын камтыйт. Жалал-Абад облусунда жайгашкан 12 мунай кендери белгилүү. 2000-жылы бул жерде 77 миң т газ (газ конденсаты менен кошо) өндүрүлгөн.
Республикада мунай өндүрүшү 1999-жылы 1980-жылга салыштырмалуу 2,8 эсе, 1990-жылга салыштырмалуу 2 эседен ашык азайып, 76,9 миң т түзгөн. Учурда өндүрүлгөн мунайдын 90% Избаскен, Чаныр-Таш, Майлуу-Суу жана Чыгыш-Избаскен кендерине туура келет. 1940-жылы 24 миң т мунай өндүрүлгөн, 1950-жылы 47 миң т, 1960-жылы 464,0 миң т, 1970-жылы 298,1 миң т, 1999-жылы 77,0 миң т, 2000-жылы 77,0 миң т. Жалал-Абад шаарында башка мамлекеттердин катышуусунда 0,5 млн. т кубаттуулуктагы мунайды кайра иштетүү заводу курулган. Жаңы мунай кендерин издөө боюнча изилдөө иштерин жүргүзүүдө. Өндүрүштүк мунай запастары аз, 14,6 млн. т түзөт. Мунай өндүрүшүнүн азайышы мунайды кайра иштетүү заводдорунун жоктугу, жабдыктардын эскилиги жана башка себептер менен байланыштуу. «Кыргыз петролеум компани» биргелешкен ишканасы 1999-жылы 61,8 миң т бензин, 45,5 миң т дизель отунун өндүргөн. Республика боюнча 1999-жылы жалпы 46,4 миң т (1997-жылы 37,6 миң т) отун мазуту, 53,7 миң т (1997-жылы 28,1 миң т) дизель отуну, 72,5 миң т (1997-жылы 164,6 миң т) автомобиль бензини өндүрүлгөн.
Мунай-газ комплекси республикадагы мунай жана табигый газга болгон муктаждыктарды жаба албайт, ошондуктан Россиядан, Казакстандан жана Өзбекстандан импорттоо зарылчылыгы бар.
Газдын өнөр жай запастары да аз — 5 млрд. м3. 1999-жылы 25,1 млн. м3, 2000-жылы 31,9 млн. м3 газ өндүрүлгөн. 1999-жылы газ өндүрүшү 1980-жылга салыштырмалуу 5,2 эсе, 1990-жылга салыштырмалуу 3,8 эсе азайган. Республикадын түштүгүндө Майлуу-Суу — Жалал-Абад—Ош газ кууру курулган, ал эми Бухара—Ташкент—Чымкент—Жамбыл—Алматы газ кууру Бишкек—Токмок газ кууру менен бириктирилген. Башка мамлекеттерден газ сатып алуу жогорку бааларда республика үчүн экономикалык кыйынчылыктарды жаратууда.
