Дарыянын бассейни Тажикстандын Сугд облусунун Исфара жана Канибадам райондорун, Кыргызстандагы Баткен облусунун Баткен районун жана Өзбекстандын Фергана облусунун Бешарик районун камтыйт.
Исфара дарыясы 5000 метрден жогору Туркестан тоо тизмегиндеги мөңгүлөрдөн башталат жана Фергана өрөөнү аркылуу Сырдарья дарыясына north тарапка агат. Исфарин районунан Туркестан тоо тизмегинин түндүк бутактарына чейин, Исфаранын булагынын капчыгайлары (Кшемыш жана Каравшин дарыялары Нурлоу, Кироксан, Бирксу, Джиптык, Минтэке, Каратура, Тамынген жана Уртачашма менен кошо) 50 км чамасында жайгашкан. Ворух айылында Кшемыш жана Каравшин дарыялары биригип, Исфара дарыясын түзөт.
Дарыянын жогорку агымында Ак-суу (Аксу), орто агымында Каравшин (Каравшан) деп аталат. Узундугу 130 км, суу жыйноо аянты 3240 км². Бассейндин негизги булагы кар жана мөңгүлөр. Дарыянын бассейніндегі мөңгүлөрдүн жалпы аянты 169,6 км², бул бассейндин жалпы аянтынын 10%ын түзөт. Исфара Шуровский мөңгүсүнөн башталып, 3240 метр бийиктиктен башталат.
Суу толуп агуу мезгили апрель айынын экинчи жарымында башталып, кээ бир жылдары майда уланат жана октябрга чейин созулат.
Орточо жылдык агымдын көлөмү 457,3 млн м³. Эң чоң кошумча дарыялары: Кишемиш, Теминген, Джиптык. Исфара дарыясы эң селеопас дарыялардын катарына кирет. Орточо жүк агымы 12 кг/с. Жылына Исфара Фергана өрөөнүнө 290 тонна чийки зат алып чыгат.
Дарыянын бассейндин татаал геоморфологиялык шарттары эрозияга жана дарыянын агымындагы жогорку булуттуулукка алып келет, бул 2,8 г/л жетет. Мындай булуттуулук жамгырдан кийин байкалат. Бул суу жыйноо аянтынын маанилүү бөлүгүнүн ачык болушун көрсөтөт.
Исфара дарыясынын бассейндин климаты аймакка жараша өзгөрөт жана деңиз деңгээлинен бийиктикке жараша болот. Бассейндин жабык жайгашуусу жалпы алганда аба ырайынын туруктуулугун шарттайт. Климаттын өзгөчөлүктөрү: жаан-чачындын аздыгы, жайында аба жана жердин жогорку температурасы, жогорку буулануу, жыш жана күчтүү шамалдар. Узун мөөнөттүү тоңбой турган мезгил жана жогорку жайкы температуралар пахта жана башка айыл чарба өсүмдүктөрүн өстүрүү үчүн ыңгайлуу шарттарды түзөт. Бассейнде бир нече климаттык белдемдерди бөлүп көрсөтсө болот: биринчи белдем (шарттуу түрдө 1100 м бийиктикке чейин) абанын кургактыгы, жаан-чачындын аздыгы, ысык жай жана орто жылуу кыш менен мүнөздөлөт; бийиктикке (1100 – 2000 м) көтөрүлгөн сайын климат өзгөрүп, орто жылуу болуп, кышында суук болуп калат – температура төмөндөп, суук болуп, көп учурда жаан-чачын 57 карга айланат, нымдуулук жогорулайт; бийик тоолуу бөлүктө (2000 м жогору) 450 ммден ашык жаан-чачын түшөт, алардын саны тоо боорлоруна көтөрүлгөн сайын көбөйөт.
Дарыянын суулары суу камсыздоо, сугат айыл чарбасы, өнөр жай жана башка муктаждыктар үчүн колдонулат. Тууралуу калк тыгыздыгы жана сугат технологиясынын артта калуусу себептүү суунун жетишсиздиги көп учурда сезилет.
Суу агымынын жылдагы суунун көлөмүнө жана тиешелүү суу инфраструктурасынын техникалык абалына жараша, бассейн өлкөлөрүнүн экономика секторлору үчүн суу алуу өзгөрүлүп турат. Кыргыз Республикасы негизинен өз агымын Тортгуль суу сактагычынан кыш мезгилинде алат. Исфарин районунан суу алгандан кийин, Равот гидропостунда дарыянын калган агымы Тажикстандын Канибадам району менен коңшу Бешарик районуна бөлүштүрүлөт. Соңку жылдары Өзбекстан Большой Фергана каналы аркылуу Канибадам районуна 3-12м³/с суу берүү боюнча милдеттенмелерин аткаруудан баш тартты, бул Исфара дарыясынан суу жетишсиздигин толтурууга мажбур кылып, Өзбекстандын лимитинен пайдаланууга алып келди.
Кыргызстандын Баткен облусу Тажикстан, Өзбекстан жана Кыргызстан менен чектеш жерде жайгашкан. Чек арадагы аймактарда ал эритүү казанына окшош. Сугат суусуна жетүү үчүн өсүп жаткан атаандаштык конфликттердин пайда болушуна алып келет. Суусуздук Тажикстан менен Кыргызстандын чек ара аймагында өзгөчө сезилет.
Исфара дарыясынын бассейндеринде бир нече дистрибьютордук суу келишимдери бар, алар совет доорунда кол коюлган, атап айтканда 1958-жылдагы Протокол (Кыргызстан, Тажикстан жана Өзбекстан), 1982-жылдагы Протокол (Кыргызстан, Тажикстан жана Өзбекстан) жана 1989-жылы Кыргызстан менен Тажикстан арасында суу бөлүштүрүү боюнча Протокол. Бул келишимдерге карабастан, кыргыздар менен тажиктердин арасында суу пайдалануу боюнча өз ара нааразычылык пайда болот, айрыкча вегетация мезгилинде.
Чек арадагы айылдарда тынчтыкты сактоо үчүн 2013-жылы Борбордук Азиянын Регионалдык экологиялык борборунун демилгеси менен USAIDдин каржылык колдоосу менен Исфара дарыясы үчүн тажик жана кыргыз тараптар үчүн кичи бассейн кеңештери түзүлгөн.
