XIX кылымдын экинчи жарымы — XX кылымдын башы Кыргызстандагы илимий ачылыштардын доору болду. Россия Кыргызстанды ээлеп алуу үчүн Англия менен жашыруун кармашта артыкчылык алуу максатында бул регионду кеңири изилдөөгө чоң каражат бөлдү. Бир катар орус илимий мекемелери бул аймакка өзүнүн илимпоздорун — этнографтарды, тарыхчыларды, географтарды, тоо инженерлерин жана башка адистерди жөнөттү. Соңку экспедициялар негизинен аскердик-барлауу максаттарын көздөгөн, бирок илимпоз-изилдөөчүлөр, ар бири өз багыты боюнча, илимий обобщениялар жана жыйынтыктар үчүн маалыматтарды жана материалдарды чогултушту. Алардын арасында Ч. Ч. Валиханов бар, ал изилденбеген регионду дүйнөлүк илимдин кызыгуусуна киргизди. Тенир-Тоо, анын ичинде Ысык-Көл ойпатынын изилдөөсүнө П. П. Семенов-Тян-Шанский (1827-1914) чоң салым кошту, ал региондун орографиялык схемасын түзүп, Тенир-Тоо тоо системасы тууралуу кеңири илимий материалдарды чогултту. Н. М. Пржевальский (1839-1888) деген краеведдин ролу баа жеткис.
Кыргыз элинин тарыхын систематизациялоого В. В. Бартольд, Н. А. Аристов, С. Е. Малов сыяктуу илимпоздор чоң салым кошту. Орус изилдөөчүлөрүнүн Н. А. Северцев, А. В. Каульбарс, А. П. Федченко, И. В. Мушкетов, немис илимпоздорунун М. Фридрихсен, М. Керцбахер, француз Г. Капю, америкалыктар В. Дэвис, Э. Хантингтон сыяктуу эмгектери Кыргызстанды кийинки изилдөөлөр үчүн негиз болуп кызмат кылды. Ошентип, Кыргызстан Россиянын курамына киргенден кийин анын систематикалык жана комплекстүү илимий изилдөөсү башталды.
XIX кылымдын аягында — XX кылымдын башында, кыргыздарды Россиянын этап-этабы менен багындыруу учурунда, Кыргызстандагы коомду, тарыхты, маданиятты, табиятты кеңири илимий изилдөө башталды. Орус жана башка илимпоздор, аскердик, барлауу жана илимий экспедициялардын жүрүшүндө, бул региондун географиясын, этнографиясын, фольклорун, тарыхын изилдеп, Кыргызстанды дүйнөлүк коомчулукта кийинки өнүгүүсүнүн негиздерин түптөштү.
