Исламская религия представлена в республике двумя школами (мазхабы) суннитского течения — последователями Имама Аззама и Имама Шафи, объединенными в одну религиозную организацию — Духовное Управление Мусульман Кыргызстана.
В 1996 году состоялся 1-й Курултай мусульман Кыргызстана. Он утвердил новый устав Духовного управления мусульман Кыргызстана (ДУМК), избрал Совет Улемов — выборный руководящий орган ДУМК. Духовным управлением мусульман проведена большая работа по упорядочению структуры ислама, проведена аттестация духовных служителей, продолжается работа по проведению учетной регистрации мечетей и медресе.
В настоящее время насчитывается более 48 исламских религиозных учебных заведений, из них восемь исламских институтов, один высший университет. Девять казиятов и южное представительство ДУМК в г. Ош составляют единую сеть исламских организаций в Кыргызстане.
Религиозные организации и священнослужители принимают активное участие в национальных программах «Ара- кет», «Ардагер», «Жаштык», Год гор, КОР.
Имеются опасения представителей традиционных религиозных организаций (ислама и православия) и общества в целом в связи с активизацией деятельности и появлением новых, малоизвестных реакционных религиозных сект и групп, таких как церковь Объединения Муна, Центр саентологии и дианетики, Высшая универсальная Духовная Церковь Даосскогоучения, организация Фалунгунь, «Иахарише», последователи Шри Чинмоя.
Особую тревогу вызывают деятельность экстремистских и террористических религиозно-политических организаций: Хизбут Тахрир аль Ислами, Акромийа, Байят, ИДУ, ИДТ.
Основными направлениями развития суверенного государства Кыргызстан предусматривается сохранение межэтнического и религиозного согласия, стабильности в обществе, обеспечение толерантных отношений между последователями разных религий, участие религиозных организаций в программах, проектах и акциях общенационального характера.
