Ислам дини республикада эки сунниттик мектеп (мазхаб) — Имам Аззам жана Имам Шафи жолун карманган адамдар менен көрсөтүлгөн, алар Кыргызстан мусулмандарынын Духовное Управление (ДУМК) деген бир диний уюмга бириккен.
1996-жылы Кыргызстан мусулмандарынын 1-курлтайы өткөрүлгөн. Ал Духовное Управление мусулмандарынын (ДУМК) жаңы уставын бекитип, ДУМКнын шайланган жетекчилик органы болгон Улемдер Кеңешин шайлаган. Духовное Управление мусулмандары исламдын структурасын жөнгө салуу боюнча чоң иштерди жүргүздү, диний кызматкерлердин аттестациясын өткөрдү, мечиттер жана медреселер боюнча эсепке алуу каттоосун жүргүзүү боюнча иштер улантылууда.
Учурда 48ден ашык ислам диний окуу жайлары бар, алардын ичинен сегиз ислам институту, бир жогорку университет бар. Тогуз казият жана Ош шаарындагы ДУМКнын түштүк өкүлчүлүгү Кыргызстандагы ислам уюмдарынын бирдиктүү тармагын түзөт.
Диний уюмдар жана диний кызматкерлер улуттук программаларда «Ара-кет», «Ардагер», «Жаштык», Тоолор жылы, КОР сыяктуу активдүү катышууда.
Традициялык диний уюмдардын (ислам жана православие) өкүлдөрү жана коомчулук жалпы жаңы, аз белгилүү реакциялык диний секталар жана топтордун, мисалы, Муна бириктирүү чиркөөсү, Саентология жана дианетика борбору, Жогорку универсалдык Духовная Церковь Даосстук үйрөнүү, Фалунгунь уюму, «Иахарише», Шри Чинмоянын жолун карманган адамдардын активдешүүсүнө байланыштуу кооптонууларды билдиришет.
Экстремисттик жана террористтик диний-саясий уюмдардын: Хизбут Тахрир аль Ислами, Акромийа, Байят, ИДУ, ИДТ сыяктуу уюмдардын ишмердүүлүгү өзгөчө тынчсызданууну жаратат.
Кыргызстандын суверендүү мамлекетин өнүктүрүүнүн негизги багыттары этникалык жана диний тынчтыкты сактоо, коомдогу туруктуулукту камсыздоо, ар кандай диндердин жолун карманган адамдар арасында толеранттуу мамилелерди камсыздоо, диний уюмдардын жалпы улуттук мүнөздөгү программаларга, долбоорлорго жана акцияларга катышуусун камсыздоо болуп саналат.
