Кыргызстан Бириккен Улуттар Уюмуна 1992-жылдын 2-мартында мүчө болду. Кыргызстандагы БУУнун туруктуу миссиясы 1993-жылы, республика көз карандысыздыкка ээ болгондон кийин, ачылган. Жылдар өтүп, Кыргыз Республикасындагы БУУнун өкүлчүлүгү кеңейип, бекемделди, учурда көптөгөн БУУнун программалары жана агенттиктери жалпы республика деңгээлинде гана эмес, жергиликтүү деңгээлде да ар тараптуу ишмердүүлүктү жүргүзүүдө.
БУУ системасына кирген алты уюм Кыргызстанда өзүнүн туруктуу өкүлчүлүктөрүнө ээ: БУУнун Калк фондусу (ЮНФПА), БУУнун Бежендер боюнча Жогорку комиссарынын башкармалыгы (УВКБ БУУ), БУУнун Балдар фонду (ЮНИСЕФ), БУУнун Өнүктүрүү программасы (ПРООН) жана Дүйнөлүк саламаттыкты сактоо уюму (ВОЗ).
Эл аралык миграция уюму (МОМ), БУУ системасына мүчө болбосо да, Кыргызстандагы БУУ агенттиктеринин өкүлдөрүнүн жыйындарына, тематикалык топтордун ишине, конференцияларга жана БУУнун демилгеси менен Кыргызстанда өткөрүлгөн башка иш-чараларга катышууда. МОМ Кыргызстанда БУУ системасына кирген бир катар агенттиктер менен тыгыз кызматташтыкта ишке ашырган программалар жана долбоорлордун негизинде өнөктөштүк түзүүдө.
БУУнун Наркотиктер жана кылмыштуулук боюнча башкармалыгынын (Ташкентте жайгашкан) регионалдык өкүлдөрү, ЮНЕСКО өкүлдөрү жана ВИЧ/СПИДди алдын алуу боюнча БУУнун программасынын республикалык кеңешчиси (Алматыда жайгашкан) Кыргызстанда өзүнүн регионалдык кеңселеринин аркылуу иш жүргүзүп, БУУ агенттиктеринин өкүлдөрүнүн жыйналыштарына, ошондой эле башка биргелешкен иш-чараларга катышышты.
1993-жылдын мартында Бишкекте ПРООНдун өкүлчүлүгү ачылды. Биринчи өлкө программасы (1993-1996) жардамды башкаруу жана координациялоо, мамлекеттик башкарууну жакшыртуу жана демократиялаштыруу процессин колдоо маселелерине багытталган. Өкүлчүлүктүн иши «Өлкө менен кызматташуу негиздери» программасын (1997-2000) түзүүгө алып келди.
