Алгачкы кесиптик уюмдар 1898-жылдан тарта республикабыздын түштүгүндө, Кызыл-Кыя жана Таш-Кумыр кендеринде түзүлө баштаган. Кыйын жашоо шарттары жана массалардын кедейлиги аларды өздөрүнүн жашоосу үчүн күрөшүүгө мажбурлаган, бул күрөш 1905—1907-жылдары Россиядагы биринчи буржуазиялык-демократиялык революциянын түз таасиринде күч алган. Алгачкы профсоюздук уюмдун уюштуруу формализациясы 1905-жылы Кызыл-Кыяда болду. Кызыл-Кыя жана Сулюкта иштеген жумушчулар 8 сааттык жумуш күнүн орнотуу, айлык акыны көтөрүү, айыптарды жоюу, ашыкча жумуштарды кыскартуу, ошондой эле сөз, жыйындар эркиндигин талап кылып, нааразылык акциясын өткөрүштү. Алар Түркестан генерал-губернаторлугунун бардык жумушчуларынын профсоюздук биримдиги жөнүндө кайрылуу жасашты. Мунун бардыгы жумушчуларга өз укуктары үчүн күрөшүүдө өз ара колдоо көрсөтүүнүн алгачкы тажрыйбасын алууга мүмкүндүк берди. Ошол эле жылы Бишкек уездинде Түркестан темир жолу бөлүмүндөгү почта-телеграф кызматкерлеринин профсоюздук уюму түзүлгөн. 1917-жылдын жазында жана жайында аймактагы шахтерлордун профсоюзу — «Горнорабочий», Бишкектеги «Ишкерлер жана кол өнөрчүлөр союзун», Чүй уездинин мугалимдери, жумушчулары жана чайрикерлеринин союздарын, Бишкек уездинин кедейлер бирикмесин — «Букара» союзун жана башкаларды түзүштү.
1918—20-жылдары дээрлик бардык уездерде кесиптик союздар түзүлгөн. Тармактык принцип боюнча уюштурулган алгачкы ири профсоюздарга куруучулар, металлургдар, басмакерлер, терилер, тигүүчүлөр, медициналык-санитардык жумушчулар, жер жана орман союздары кирген. Алардын катарында 1920-жылдын башында 10300 адам болгон. Орто Азиядагы улуттук-территориялык бөлүнүү жана 14-октябрда Кара-Кыргыз автономиялык облусунун РСФСР курамында түзүлүшү бирдиктүү облустук профсоюздук уюмду түзүүнүн мүмкүнчүлүгүн жана зарылдыгын жаратты. 1924-жылдын 11-декабрында Кара-Кыргыз автономиялык облусунун ревкомунда облустук профсоюздар кеңешин түзүү үчүн «Оргбюро» уюштурулду.
Бишкекте 1925-жылдын 31-мартынан 3-апрелине чейин Кара-Кыргыз автономиялык облусунун профсоюздарынын 1-Учредительный съезди өттү. Съездге 9243 профсоюз мүчөсүн өкүлдөгөн 109 делегат катышты. Съезд 12 облустук бирикмени, 4 аймактык бөлүмдү, 91 баштапкы профсоюздук уюмду камтыган Облустук профсоюздар кеңешин шайлады. Бул съезд республика деңгээлинде бирдиктүү профсоюздук бирикменин түзүлүшүн биринчи жолу ишке ашырып, Кыргызстан профсоюздар федерациясынын ишмердүүлүгүнүн башталышын койду. Өзүнүн уюштурулушунун алгачкы күндөрүнөн облустук профсоюздар кеңеши жаңы коомду курууга активдүү катышып, экономикабызды көтөрүүгө, сабатсыздыкты жоюуга, элдер ортосундагы биримдикти жана достукту бекемдөөгө катышты. Профсоюздардын эң негизги стратегиялык милдети автономиялык облусунун жумушчуларынын социалдык коргоосу болду. 1926-жылы Кыргыз автономиялык облусунун Кыргыз АССРине өзгөртүлүшү менен аймактык кеңештердин ордуна кантондук кеңештер түзүлүп, облотделдер республикандыкка кайра уюштурулду.
Социалисттик индустриализация мезгилиндеги профсоюздардын милдеттери 1926-жылдын ноябрь айында Кыргыз АССРинин 2-съездинде талкууланды. Съезд профсоюздук ишти «өндүрүшкө бет алып» улантууну, массаларды өндүрүштү башкарууга кеңири тартууну талап кылды. Профсоюздар кеңешинин структуралык өзгөрүүлөрүн бекитти. Аймактык кеңештердин ордуна 5 кантондук профбюро, 2 райпрофбюро, 10 республикандык бөлүм, он үч облотделдин ордуна 31 кантондук бөлүм, 268 фабзавместком, 160 профуполномоченный, 4 профком түзүлдү. 1926-жылы Облустук кеңеште 917 профсоюз активисти, 1928-жылы 2104 адам болгон. Республикандык бөлүмдөрдө өзгөрүүлөр болду.
1928-жылдын 25-30-ноябрында 3-съезде профсоюздардын ишмердүүлүгү негизинен төмөнкү деңгээлдеги уюмдарды бекемдөөгө, жумушчулар менен байланыш түзүүгө, профсоюз мүчөлөрүнүн маданий-тиричилик муктаждыктарын жана талаптарын убагында аныктоого, өндүрүштүн натыйжалуулугун жогорулатууга жана продукциянын өздүк наркын төмөндөтүүгө, чарбалык органдардын аракеттерин колдоого, чарбалык уюмдар менен биргеликте иш алып барууга багытталган.
1930-жылдын 25-июлунан 5-августуна чейин 4-съезд профсоюздардын Кыргызстандагы ишин түп-тамырынан өзгөртүү маселесин карады. 4-съездин чечимдерине таянып, Кыргызсовпрофтун Пленуму (1931-жылдын февраль айы) «Кыргызстандын профсоюздарын кайра уюштуруу жана келечектеги милдеттери жөнүндө» токтом кабыл алды. Анын негизинде республиканын профсоюздарын кайра уюштуруу иши жүргүзүлдү. 15 профсоюздун ордуна 26 тармактык профсоюз түзүлдү. Строительдер профсоюзун кайра уюштуруудан кийин 2 союз пайда болду: темир жол, транспорт, порт курулушу жумушчуларынын союзу жана өнөр жай, коммуналдык курулуш жумушчуларынын союзу. Ауыл чарба жана орман жумушчуларынын профсоюзу МТС жумушчулары, жер иштетүүчү совхоздордун жумушчулары жана мал чарбачылыгы совхоздорунун жумушчуларынын союзуна бөлүндү. Кыргызсовпрофтун башка союздары, бөлүмдөрү да кайра уюштурулду. Профсоюздар жумушчуларга жана кызматкерлерге социалдык жардам көрсөтүүгө көп көңүл бура баштады. 1932-жылы социалдык камсыздандыруу 107,6 миң жумушчуну камтыды. Деми алууга жана эс алуу үйлөрүнө жөнөтүлгөндөрдүн саны көбөйдү, профсоюздардын маданий-агартуучу мекемелеринин тармактары кеңейди. 1937-жылдын 21-майында президиумдун отуруму, андан кийин 1-июнда ВЦСПСтин 4-пленуму өттү. Профсоюздардагы структуралык өзгөрүүлөр каралды. Бардык союздук республикаларда совпрофтор жоюлду. Бардык профсоюздук иштер менен тармактык профсоюздук комитеттер алектенди, Республикандык комитеттер 1948-жылга чейин автономдуу иш алып барды. ВЦСПСтин 19-пленумунун чечимдерине ылайык «Республикаларда, крайларда жана облустарда профсоюздар кеңештерин түзүү жөнүндө». 1948-жылдын 15-ноябрында Бишкекте Кыргыз Республикасынын профсоюздарынын 1-Республикалык аралык конференциясы өтүп, облустарда совпрофтор, Кыргызстан борборунда — профсоюздардын борбордук органы — Кыргызсовпроф түзүлдү.
1958-жылдын июнь айында республиканын биринчи согуштан кийинки 6-съезди өтүп, 287,1 миң профсоюз мүчөсүнүн кызыкчылыктарын көрсөттү. 1987-жылга чейин Уставда белгиленген мөөнөттө республиканын профсоюздарынын 7—15-съездери үзгүлтүксүз өтүп турду.
1987-жылдын январь айында Кыргызстандын 15-съезди өттү. Анын иши өлкөнүн коомдук-саясий жана экономикалык системасын кайра куруу мезгилине туура келди. Мындай тарыхый шартта профсоюздар Советтер бийлиги жылдарында эмнелерди жеңип алганын сактап калууга аракет кылышты, жумушчулардын жана алардын үй-бүлөлөрүнүн мыйзамдуу укуктарын жана кызыкчылыктарын коргоо маселелеринде.
Кыргызстандын 16-съезди 1990-жылдын октябрь айында СССРдин кулашы алдында өтүп, анда коюлган маселелердин мазмуну жана профсоюздук кыймылдын келечеги боюнча мамилелер принципиалдуу түрдө айырмаланды. Мамлекеттеги кырдаалды эске алып, съезд Кыргыз Республикасынын профсоюздар кеңешин жоюу жана Кыргызстандын профсоюздар федерациясын түзүү жөнүндө чечим кабыл алды. Анын Уставы, иш-аракеттер программасы бекитилип, республиканын профсоюздарынын ишмердүүлүгүн негизинен жаңылоо боюнча милдеттер белгиленди, жетекчилик органдар шайланды. Кыргызстандын профсоюздар федерациясы жумушчулардын өз алдынча кесиптик уюмдарын бириктирген, укуктарын жана кызыкчылыктарын коргоо, жалпы милдеттерди чечүү үчүн аракеттерди бириктирүү, аракеттерди координациялоо максатында түзүлгөн ыктыярдуу бирикме болуп калды.
Кыргызстандын профсоюздарынын кезектеги 17-съезди (же профсоюздар федерациясынын үчүнчү съезди) 1996-жылдын 6-октябрында өтүп, өлкөнүн көз карандысыздыгынын биринчи беш жылдыгындагы профсоюздардын ишинин жыйынтыктарын талдап, жалпы кризис шартында профсоюздар өздөрүнүн уюштуруу негиздерин, массалык, тармактык жана аймактык структураларын, кадрларын, материалдык базасын сактап кала алышкандыгы жөнүндө жыйынтык чыгарды. Алардын негизги функциясы коргоо болду. Профсоюздар социалдык-баардык багытталган рыноктук экономиканы, жумушчулардын кепилдиктерин сактоону, өндүрүштү өнүктүрүү негизинде адамдардын керектүү материалдык жактан камсыздандыруусун жана жашоо деңгээлин камсыздоону, жарандык тынчтыкты, улуттук биримдикти, өз ара түшүнүшүүнү жана коомдогу туруктуулукту камсыздоону колдошот. 1998-жылдын 5-октябрында Кыргыз Республикасынын «Профсоюздар жөнүндө» мыйзамы кабыл алынды. Бул мыйзам профсоюздардын иши үчүн күчтүү укуктук базаны жана кеңири ыйгарым укуктарды берди. 1997-жылдан тартып үч тараптуу негизде: өкмөт—профсоюздар—жумуш берүүчүлөр арасында Генералдык келишим түзүлдү. Кыргызстандын профсоюздар федерациясы Бүткүл дүйнөлүк профсоюздар конфедерациясынын курамына кирип, анын ишмердүүлүгүнө активдүү катышууда. Профсоюздар федерациясынын кеңеши Казакстан, Кыргызстан, Тажикстан, Түркмөнстан, Өзбекстан, Азербайжан жана Түркиянын профсоюз борборлорунун Координациялык кеңешинин негиздөөчүлөрүнүн бири болуп саналат. Анын түзүлүшү социалдык-экономикалык кырдаалдын өзгөчөлүктөрү, тарыхтын биримдиги, тилдин, салттардын, маданияттын окшоштугу менен шартталган. Чет өлкөдөгү профсоюздар менен байланыш кеңейүүдө.
2000-жылдын 29-сентябрында Кыргызстандын профсоюздарынын 19-съезди өтүп, анда Кыргызстандын профсоюздар федерациясынын 2001—2005-жылдарга практикалык иш-аракеттер программасы, профсоюздардын Уставына өзгөртүүлөр жана толуктоолор кабыл алынды, республиканын профсоюздарынын ишмердүүлүгүнүн бардык аспектилерин камтыйт. Учурда профсоюздар федерациясы 20 республикандык тармактык профсоюздарды, 6 облустук аралык бирикмелерди — облсовпрофторду жана 8060 баштапкы профсоюздук уюмдарды, 966 миң профсоюз мүчөсүн бириктирет.
