Новый этап исследования истории, населения, экономики и природы Кыргызстана начался после присоединения его к России. Царское правительство нуждалось в достоверных сведениях об этих «неведомых» странах, их внутреннем политическом и экономическом положении, природных и трудовых ресурсах, путях сообщения. Только во второй половине XIX века силами росс. научных обществ в КР было направлено 250 научных экспедиций.
Значительный вклад в изучение КР внесли такие выдающиеся ученые П.П.Семенов-Тянь-Шанский, Н.А.Северцов, А.П. Федченко, И. В. Мушкетов, В. В. Бартольд, В. В. Радлов, Ч.Ч. Валиханов и другие.
Честь открытия для науки Центрального Тянь-Шаня принадлежит П. П. Семенову-Тянь-Шанскому. Валиханов первый из ученых, кто записал отрывок из эпоса Манас, посвящен-й поминкам Кокотай-хана.
Северцов совершил 9 крупных экспедиций в Туркестане, им были собраны богатейшие ботанические, зоологические и минералогические материалы.
Приоритет в изучении кыргызского языка и самобытного поэтического творчества кыргызов принадлежит ученому Радлову.
Основы кыргызской историографии заложены крупнейшим востоковедом Бартольдом. В 1893-1894 г.г, является участником экспедиции по Семиречью, он обследовал Таласскую и Чуйскую долины, Прииссыккулье и Центральный Тянь-Шань, а в 1902 году изучал историческое прошлое города Ош и его окрестностей.
С именем А. М. Фетисова связано развитие садоводства в Кыргызстане. В 1881 году он заложил Карагачевую рощу, а в 1889 году организовал открытие сельскохозяйственной школы в г. Пишпек.
Исследователем жизни и быта кыргызов, археологом и антропологом является врач Ф. В. Поярков.
Краеведом Приисыккулья был действительный член Русского Географического общества Я. И. Корольков. В 1881 году он создал метерелогическую станцию и постоянно вел наблюдения.
