Кыргызстандын тарыхын, калкын, экономикасын жана табиятын изилдөөдө жаңы этап Россияга кошулгандан кийин башталды. Цардык өкмөт ушул «белгисиз» өлкөлөр жөнүндө так маалыматка муктаж болчу, алардын ички саясий жана экономикалык абалы, табигый жана эмгек ресурстары, байланыш жолдору. XIX кылымдын экинчи жарымында орус илимдер коомдору тарабынан Кыргызстанга 250 илимий экспедиция жөнөтүлгөн.
Кыргызстанды изилдөөгө чоң салым кошкон көрүнүктүү илимпоздор: П.П. Семенов-Тянь-Шанский, Н.А. Северцов, А.П. Федченко, И. В. Мушкетов, В. В. Бартольд, В. В. Радлов, Ч.Ч. Валиханов жана башкалар.
Ортолук Тянь-Шаня илим үчүн ачуу П. П. Семенов-Тянь-Шанскому таандык. Валиханов — Манас эпосунан Кокотай-ханга арналган эскерүү бөлүгүн жазган биринчи илимпоз.
Северцов Туркестанда 9 ири экспедиция өткөрүп, бай ботаникалык, зоологиялык жана минералогиялык материалдарды чогулткан.
Кыргыз тилин жана кыргыздардын өзгөчө поэтикалык чыгармачылыгын изилдөөгө приоритет илимпоз Радловго таандык.
Кыргыз тарых илимдеринин негизин белгилүү чыгыш таануучу Бартольд койгон. 1893-1894-жылдары Семиречеде болгон экспедициянын катышуучусу болуп, Талас жана Чүй өрөөндөрүн, Прииссыккуль жана Ортолук Тянь-Шанды изилдеген, ал эми 1902-жылы Ош шаарынын тарыхый өткөнүн жана анын айланасын изилдеген.
А. М. Фетисовдун аты Кыргызстандагы бакчачылык менен байланыштуу. 1881-жылы Карагачевую рощасын негиздеген, ал эми 1889-жылы Пишпек шаарында айыл чарба мектебин ачкан.
Кыргыздардын жашоосу жана турмушу, археология жана антропология боюнча изилдөөчү дарыгер Ф. В. Поярков.
Приисыккуль краеведдеринин бири, Рус Географиялык коомунун чыныгы мүчөсү Я. И. Корольков. 1881-жылы метеорологиялык станцияны түзүп, үзгүлтүксүз байкоо жүргүзгөн.
