Чуй өрөөнүнүн фаунасы Батыш-Тенир-Тоос зоогеографиялык аймагынын курамына кирет. Бул жерде адистердин маалыматы боюнча 300дөн ашык сөөктүү жаныбарлар жашайт, анын ичинде 15тен ашык балык, 280ден ашык куш, 50дөн ашык сүт эмүүчүлөр бар. Чуй өрөөнүнүн тыгыз эл жашаган жазык жерлери негизинен иштетилген, табигый ландшафт абдан өзгөртүлгөн, ошондуктан жыл сайын жаныбарлардын саны азайып жатат. XIX кылымдын аягында Чуй өрөөнүндө камыштуу жерлерде жолборс, кабан жана башка жаныбарлар кездешчү. 40-45 жыл мурун бул жерде жашаган стрепет, дрофа, тетерев, журавль азыркы учурда кездешпейт. Мурда камыштуу жерлерде суу жайлардын жээгинде жана баткак жерлерде үйрөктөр, гусей, крачки, чайки, нырки, аист, чибис жана башка жаныбарлар кездешчү. Кымбат мехи үчүн жоголуп бараткан ондатралар жок кылынган. Жазык жердин көпчүлүгү кайра иштетилген жана иштетилген, ошондуктан көптөгөн куштар өзүнүн жашоо чөйрөсүн жоготуп, башка аймактарга көчүп кетишти. Далилдүү аймакта жорго жаныбарлардан ящерицы, жыландар, гадюки, щитомордники, полоздор жана башка жаныбарлар кездешет. Дарыялардын өрөөндөрүндө көптөгөн куштар жашайт: жоворонок, ак тоо жана узун кулак фазандар, камыштуу пищуха, усатая синица, миноловка, соловей, дрозды, голуби, индийский скворец, летучие мыши, удод, кекилик, куропатка, беркут, бородач жана башка.
Чуй өрөөнүндө сүт эмүүчүлөрдөн полевки, тушканчики, жер казуучулар, волк, лисица, барсуки, сурок, белка, косули, медведь, горный баран, архары, барс кездешет. Жерлерди дагы иштетүү жана сугаттоо, браконьерство жаныбарлардын санына терс таасир этүүдө. Мисалы, чоң жана кичине тушканчиктер, степная жана лесная мыши жоголуу коркунучунда, ал эми айыл чарба өсүмдүктөрүнүн аймагын кеңейтүү менен кээ бир түрлөрдүн саны (домовая мышь, серый хомяк жана башка) кескин көбөйдү. Иштетилген тоо этектеринде жаныбарлардын жашоо чөйрөсү кыскарууда, ал эми кээ бир түрлөр жок кылынууда. Снежный барс, туркестанская рысь, горный козел, архар жана башка жаныбарлар толугу менен жоголуу коркунучунда.
Бул жаныбарлардын арасында көптөгөн сейрек жана пайдалуу, коргоого муктаж жаныбарлар бар. Алардын катарына архар, горные козлы, медведь, снежный барс сыяктуу чоң жана баалуу жаныбарлар кирет. Архар абдан чоң (салмагы 160-180 кг.) жана бир эле учурда зор жаныбар. Эркек архардын башында - чоң спиралга окшош мыктар бар, алар дүйнөлүк базарда абдан баалуу. Ал эми барс узундугу үч метрге чейин жетет. Ал тастыкталган жерден үнсүз жакындап, чоң секрүү менен жаныбарды кулап түшүрөт, ал эми коркунучтуу тиштери курмандыктын тамагын жыртат.
Лес жана дарак-булак өсүмдүктөрүнүн бөлүктөрү баалуу аңчылык жана промысловый жаныбарлардын биотопторун түзөт. Алар косули, кабан, фазаны жана башка жаныбарлардын жашоосу менен байланыштуу, ал эми тик таштуу жантайыштар жана жамгырлар тоо козолорунун жашоосу үчүн орун болуп саналат.
Дарыяларда жана суу жайларда 15тен ашык балык түрлөрү (сазан, карп, османы, сом, щука жана башка) кездешет. Специальдуу суу жайларда карп, ак амур, толстолобик жана башка балыктар өстүрүлөт.
Адамдын чарба ишмердүүлүгү көбүнчө жаныбарлар дүйнөсүнүн кедейленишине алып келет. Жаныбарлар жана куштар өздөрүнө азык жана жашоо үчүн жайларды таба алган өсүмдүктөрдүн камыштары жок болуп кетүүдө; жырткычтардын жашоосунун шарттары жаман болуп жатат.
Жаныбарлар дүйнөсү - Чуй жазыгынын табигый байлыктарынын маанилүү бөлүгү. Ал өнөр жай, дары-дармек сырьёсу, азык-түлүк жана калк үчүн жана эл чарбасы үчүн зарыл болгон башка материалдык баалуулуктарды алуу үчүн булак болуп кызмат кылат.
