Фауна Чуйской долины входит в состав Западно-Тенир-Тооского зоогеографического района. Здесь по данным специалистов обитают свыше 300 видов позвоночных, в т.ч. более 15 видов рыб, около 280 видов птиц, 50 видов млекопитающих. Густонаселенные равнины Чуйской долины в основном освоены, природный ландшафт сильно изменен, поэтому с каждым годом численность животных сокращается. В конце XIX века в Чуйской долине среди камышовых зарослей встречались тигры, кабаны и др. Обитавшие здесь 40-45 лет назад стрепет, дрофа, тетерев, журавль в настоящее время не встречаются. Раньше в камышовых зарослях на берегах водоемов и в болотистых местах встречались утки, гуси, крачки, чайки, нырки, аист, чибисы и др. Из-за ценного меха истреблены и находятся на грани исчезновения ондатры. Большая часть равнины перепахана и освоена, поэтому многие птицы потеряли свою среду обитания и поселились в другие районы. В степной зоне из пресмыкающихся встречаются ящерицы, змеи, гадюки, щитомордники, полозы и др. В долинах рек обитают многие виды птиц: жоворонок, белогорный и длинохвостый фазаны, камышовая пищуха, усатая синица, миноловка, соловей, дрозды, голуби, индийский скворец, летучие мыши, удод, кекилик, куропатка, беркут, бородач и др.
В Чуйской долине из млекопитающих встречаются полевки, тушканчики, землеройки, волк, лисица, барсуки, сурок, белка, косули, медведь, горный баран, архары, барс. Дальнейшее освоение и орошение земель, браконьерство отрицательно сказываются на численности животных. Так, большой и малый тушканчик, степная и лесная мыши находятся на грани исчезновения и, наоборот, с расширением посевов сельскохозяйственных культур численность некоторых видов (домовая мышь, серый хомяк и др.) резко возросла благодаря сильному питанию. Суживаются на освоенных предгорных участках ареалы обитания животных, а некоторые виды истребляются. Снежный барс, туркестанская рысь, горный козел, архар и др. находятся на грани полного исчезновения.
Среди всех этих животных много редких и полезных, нуждающихся в охране. К их числу относятся такие крупные и ценные животные, как архары, горные козлы, медведь, снежный барс. Из них архар очень крупное (вес до 160-180 кг.) и вместе с тем грандиозное животное. На голове у самца - прекрасные рога, закрученные в виде огромной спирали, которые очень ценятся в мировом рынке. А барс достигает в длину около трех метров. Он бесшумно подкрадывается из-за скал и огромным прыжком и ударом мощной лапы валит животное, а страшные клыки рвут горло жертвы.
Лес и отдельные участки древесно-кустарниковой растительности представляют собой биотопы ценных охотничье- промысловых животных. С ними связано обитание косули, кабана, фазана и других животных, а крутые каменистые склоны и осыпи являются местом обитания горных козлов.
В речках и водоемах встречаются около 15 видов рыб (сазан, карп, османы, сом, щука и др.) В специальных водоемах разводятся карп, белый амур, толстолобик и др.
Хозяйственная деятельность человека зачастую приводит к обеднению животного мира. Исчезают заросли растений, в которых звери и птицы находили себе корм и укрытие, выводили потомства; ухудшаются условия существования дичи в лесных, водно-болотных и прочих типах местообитаний.
Животный мир - важнейшая составная часть природных богатств Чуйской впадины. Он служит источником для получения промышленного, лекарственного сырья, пищевых продуктов и других материальных ценностей, необходимых для удовлетворения потребностей населения и народного хозяйств.
