Растительный и животный мир на территории республики отличается большим разнообразием.
Распределение растительности зависит от сложности рельефа и определяется расположением хребтов, высокой зональностью, экспозицией склонов. Если теплолюбивые, засухоустойчивые растения произрастают на южных склонах, то на северных - влаголюбивые, морозостойкие. В предгорьях развиты полупустыни с господством полыни и примеси дерновинных злаков. В горных степях преобладают ковыль, типчак. Луговые степи занимают более высокие пространства.
В нижних поясах горно-лесо-лугово-степной зоны (до 1700 м) распространены кустарниковые заросли и лиственные леса, а в верхнем — еловые, елово-пихтовые леса и арчевники. Для склонов Чаткальского, Ферганского хребтов характерны субтропические полупустыни и горные степи. Имеются также леса из грецкого ореха, клена, занимающие нижние пояса лесо-лугово-степной зоны (Краткая географическая энциклопедия. 1961. С. 281, 282).
В зависимости от адаптированности к разным высотным поясам и особенностям пространства с растительностью на территории республики встречаются различные виды грызунов, птиц, диких зверей, парнокопытных животных. Если такие млекопитающие, как большой тушканчик, джейран, обитают на предгорьях, то горный козел (текё)у горный баран (архар) водятся на скалистых местах с каменными россыпями, расположенных на больших высотах. Ареалами распространения снежных барсов (илбирс) являются высотные пояса альпийских лугов.
Бурый медведь, рысь, косуля, горностай, серый волк, ястреб-перепелят ник, лесная мышь и другие виды млекопитающих, птиц, грызунов придают разнообразие животному миру лесов.
На озерах и реках встречается около 50 видов рыб. Такие виды, как чебак, осман, маринка и некоторые другие, водились на Иссык-Куле с глубины веков. Во второй половине XIX в. крестьяне-переселенцы были приятно удивлены изобилием рыбы на озере и реках. В советское время на высокогорном озере Сон-Куль адаптировали пелядь, сигу. В водоемах и реках республики можно встретить сазана, щуку, толстолоба и др.
