Природный парк Кыргыз-Ата расположен в бассейне одноименной реки, стекающей с северного склона хребта Кичик-Алай, на расстоянии около 40 км от г. Ош по дороге, ведущей до с. Иски-Наукат. Со всех сторон долину окружают удивительные по красоте остроконечные, увешанные снежными шапками вершины отрога Кичик-алай. Скалы сложены известняками с выходами разноцветного мрамора.
В верхней части зоны выделяются урочища Мазар, Калдай и Карагой, в которых собраны воедино все красоты природы. В Верховьях Кыргыз-Аты находится перевал Первомайский и некоторые другие, ведущие в ущелье Кичик-Алай Восточный.
Из верховий открывается вид на множество шпилеподобных и башнеобразных вершин, большей частью не имеющих общепринятых названий. Русло реки полностью меняет характер: узкие глубокие каньоны сменяются широкими участками живописнейших горных урочищ, утопающих в зелени арчовых лесов.
В нижнем течении, у слияния Кыргыз-Аты и Хосчана в Наукатской долине находится каньон, известный среди местного населения под названием Араванское Данги. Здесь река пробила каменную гряду горного массива Туя-Муюна высотой почти в полкилометра. На отвесных стенах на правом борту р. Араван-Сай выбиты изображения горных козлов, скакунов и ритуальных знаков, известные как Наукатские наскальные рисунки.
В районе каньона находятся интереснейшие пещеры, легкодоступные для посещения. В ущелье Кыргыз-Ата в среднем течении реки на ее левом берегу находится одноименный ботанический заказник площадью 30 га, созданный с целью охраны участков произрастания шафрана и некоторых видов тюльпана.
Здесь имеются несколько источников минеральных вод. Среди них термальный источник «Туя-Муюн», расположенный в одноименном горном массиве и источник «Иски-Наукат» - в междуречье Араван-Сая и Ак-Бууры. По территории Кыргыз-Аты разбросано много историко-культурных памятников, главным образом древних городищ и могильников, на территории которых найдены керамика, оружие, орудия труда, украшения, предметы быта.
