Ведутся переговоры по делимитации государственных границ между правительственными комиссиями двух государств по делимитации границ после длительного вынужденного перерыва. Переговорный процесс был прерван в 1998 году в связи с внутриполитической ситуацией в Таджикистане, вызванной последствиями гражданской войны в этом государстве. Подписан Протокол о комплексном рассмотрении двусторонних вопросов между Кыргызстаном и Таджикистаном (1996), где намечено приступить к рассмотрению пограничных проблем.
На 990-километровой границе с Таджикистаном, в Баткенском и Лайлякском районах, насчитывается около 70 спорных участков. Положение осложняется и тем, что Таджикистан имеет анклавы Ворух, Чоркух и Сурх в Кыргызстане.
В 1944 году колхоз «Ленин» Баткенского района Киргизской ССР и колхоз им. Ленина Исфаринского района Таджикской ССР объединили для совместного выращивания хлопка, в результате чего кыргызские территории: Шаркырак, Орус мазар (ГМЗ, Новабод), Маатпари, САНТО (КИМ), Кокшок, Ниязбек, Мархам, Каракчы-Кум, Жигдали, Катаган, Кысакоз, Гафурово (Кожобакырган-Сай), г. Чкаловск, ст. Доргомыр, Дегимай, Пролетарск — общей площадью 1,5 тыс. м2 остались в составе Таджикистана.
Анклав Ворух. Население — 40 тыс. этнических таджиков. Через анклав проходит дорога стратегического значения — это единственная транспортная магистраль, соединяющая соседний с Баткеном Ляйлякский район с остальной частью страны.
Вокруг анклава и прилегающей к ней пограничной линии имеется несколько спорных участков.
Кыргызы с таджиками издавна не могут поделить эти участки. Причина споров — нехватка орошаемых земель и поливной воды.
В настоящее время решается много задач по уточнению и определению межгосударственных границ с Узбекистаном и Таджикистаном. Закончена демаркация линии кыргызско-китайской границы и создается система соглашений по режиму на кыргызско-китайской границе. Проводится демаркация кыргызско-казахской границы.
Работа по определению государственной границы ведется согласно правилам, принятым в мировой практике, с соблюдением необходимых внутригосударственных процедур и привлечением соответствующих государственных структур к разработке позиции страны. Для решения пограничных вопросов в стране был создан государственный механизм: Совет безопасности и правительственная комиссия по пограничным вопросам вели и ведут систематическую работу по данной проблеме. Делегации, непосредственно проводящие переговоры по конкретному участку границы, состоят из специалистов республиканских, областных и районных ведомств.
